Hello, I am trying to test for the effect of different variables on cortical thickness. The variables (with type) are: index (continuous). Gender(factor), Age(continuous), Years of education (continuous), Depression (factor), Vascular comorbidity (factor), and MMSE (continuous). Later, I need to correlate thickness with my variable of interest (index). Depending on the results of the current analysis, I will choose which of the other variables will be my covariates.
Here is what I attempted to do so far and the error I got: I have constructed the fsgd file according to the example with one group and covariates (see attahced to this email). My contrasts look like, for example: 0 1 0 0 0 0 0 (to test effects of gender), and 0 0 1 0 0 0 0 (to test for the effects of age). I am following the commands in the Group Analysis tutorial. I pass successfully mris_preproc and mri_surf2surf. When I get to mri_glmfit, I receive the error: ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08 Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. 1. My command line is mri_glmfit --y lh.newindex.thickness.10.mgh --fsgd FSGD.fsgd dods --C index.mtx --C gender.mtx --C age.mtx --C education.mtx --C depression.mtx --C vascularc.mtx --C MMSE.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh.newindex.glmdir2. Please find attachced my fsgd file 3. Find attached the Design matrix What is the best way to construct the fsgd and contrasts? In the version I am sending, I have demeaned all continuous variables. Is that something you will recommend to do? (I tried the group analysis with a fsgd file containing the normal, non-demeaned values, but got the same error). Thank you for the help! Best,Teodora
FSGD.fsgd
Description: Binary data
Design matrix ------------------
1.000 57.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 104.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 95.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 81.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 73.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 37.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 75.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 60.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 36.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 83.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 68.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 100.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 82.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 79.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 112.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 112.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 74.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 82.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 85.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 51.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 106.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 72.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 70.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 83.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 67.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 121.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 96.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 124.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 92.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 48.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 50.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 51.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 130.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 103.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 129.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 95.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 64.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 102.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 95.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 127.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 98.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 74.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 95.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 130.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 105.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 124.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 46.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 77.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 117.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 134.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 106.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 71.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 65.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 57.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 115.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 99.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 66.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 78.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 131.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 86.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 68.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 79.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 56.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 92.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 122.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 84.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 108.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 71.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 92.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 68.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 86.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 86.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 68.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 76.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 81.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 103.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 42.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 119.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 50.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 112.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 106.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 80.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 115.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 102.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 93.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 87.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 102.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 85.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 91.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 119.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 31.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 64.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 112.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 87.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 67.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 44.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 85.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 89.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 112.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 27.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 96.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 124.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 99.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 73.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 115.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 105.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 73.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 83.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 59.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 111.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 116.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 101.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 52.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 85.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 111.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 87.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 97.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 63.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 110.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 130.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 71.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 95.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 79.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 109.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 61.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 96.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
1.000 107.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000;
--------------------------------
ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08
--------------------------------
Possible problem with experimental design:
Check for duplicate entries and/or lack of range of
continuous variables within a class.
If you seek help with this problem, make sure to send:
1. Your command line:
mri_glmfit --y lh.newindex.thickness.10.mgh --fsgd newindex.fsgd dods --C
index.mtx --surf fsaverage lh --cortex --glmdir lh.newindex.glmdir
2. The FSGD file (if using one)
3. And the design matrix above
teodora@siv:/data-02/teodora/FreeSurfer/NewIndex$
_______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error but does not contain patient information, please contact the sender and properly dispose of the e-mail.
