Re: [R-br] Usando o R em grandes bases de dados
bigmemory não suporta (ou não suportava, pelo menos) caracteres. On 20 Nov 2012 05:07, Vinicius Brito Rocha viniciusbri...@gmail.com wrote: fiquei brincando com o bigmemory e carreguei uma tabela mas os campos character vieram como NA. Quando usava a opção type=char piorava e alterava os valores dos campos numéricos. O melhor ( ou menos pior resultado) foi carregar a tabela com a opção type=double Alguem sabe o que pode ser? Abs. Vinicius Brito Rocha Em 19 de novembro de 2012 15:40, Richard Santos jamesrichardsan...@gmail.com escreveu: Valeu!! Toda e qq ajuda nesse sentido é bem vinda! Abç. Richard Em 19/11/12, Daniel C Bezerradanielcbeze...@gmail.com escreveu: Eu encontrei estas apresentações e achei legal dividir com vcs: http://goo.gl/l6fuC Tem link para os slides, código do R e tudo mais por lá. Abs, Daniel ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *Vinicius Brito Rocha.* *Estatístico e Atuário (IM / UFRJ)** Mestre em Pesquisa Operacional (COPPE / UFRJ)* www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores. - Albert Einstein. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Experimento fatorial. Desdobramento
Esses dados e tantos outros (de consultorias com permissão dos proprietários e de livros/materiais didáticos) estão disponíveis no diretório http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/ À disposição. Walmes. == Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] excluir mar no ETOPO
Carlos e colegas, bom dia!
Vou aproveitar um script anterior, fazendo algumas alterações. Como da
outra vez, creio que dá pra adaptar facilmente pro seu caso.
Vou trabalhar extraindo o vetor de interesse, substituindo este vetor no
objeto origem ao final...
# begin #
require(sp); require(rgdal)
### Download do exemplo (399 Kb)
download.file('https://dl.dropbox.com/u/117618178/dourados/DDOS.tif',
file.path(getwd(),'DDOS.tif'), mode='wb')
alt = readGDAL(DDOS.tif); gridded(alt) ### 'importa' o geotiff
image(alt, col=terrain.colors(21)) ## visualização
slotNames(alt) ### nome dos slots (S4)
proj4string(alt) ### projeçãoo definida no geotiff
head(alt@data) ### observe os valores dos dados
head(alt@data$band1) ### observe os valores dos dados
### Opção para fatiar (0 ou 1)
alt2 - alt ### para manipular uma cópia do objeto
z - alt2@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse
n - length(z); n
for(i in 1:n){if (z[i]400){z[i]=0} else{z[i]=1}}; head(z) ### 0 ou 1
alt2@data$band1 - z ### substitui o vetor manipulado no objeto
image(alt2) ## visualização
### Opção para mascarar valores abaixo de critério (com 0 ou NA)
alt3 - alt ### para manipular outra cópia do objeto
z - alt3@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse
n - length(z); n
for(i in 1:n){if (z[i]400){z[i]=0}}; head(z) ### 0 ou 1
#for(i in 1:n){if (z[i]400){z[i]=NA}}; head(z) ### 0 ou 1
alt3@data$band1 - z ### substitui o vetor manipulado no objeto
image(alt3) ## visualização
# end #
Éder Comunello
Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ)
Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W]
Researcher at Embrapa Western Region Agriculture
Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
UTC-03:00
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Re: [R-br] (sem assunto)
Edson e colegas, bom dia! Ao invés de deixar o campo 'motivo' em branco (NA), experimente atribuir um valor, p. ex. 'sem resposta', e rode novamente. Assim estes casos serão considerados e aparecerão na saída. Vale pros outros campos. Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] UTC-03:00 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] excluir mar no ETOPO
Carlos,
Eu tentaria algo assim:
library (raster) #carrega pacote exigido
r - raster('ETOPO1_Ice_g_geotiff.tif') #carrega arquivo de trabalho
r [ r0 ] - NA #atribui NA a todos os valores negativos no raster.
E caso você queira atribuir NA a um escopo de valores, pode ser mais fácil
criar uma função:
vals - c(0,24,32,56) # estes são os valores que você quer eliminar da tabela
de dados do raster
fun - function (x) {
x - ifelse (x %in% vals, 1, NA) # aqui você substitui os valores acima por
1 e atribui NA para todo o resto. Você pode substituir o 1 por vals
}
E então aplicá-la sobre o raster:
r.new - calc (r, fun)
Uma vantagem de usar funções é pode realizar uma tarefa para diversos arquivos
sem precisar repetir comandos para cada um deles.
Espero que ajude,
Thiago.
From: D'Apolito carlosdapol...@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Sent: Monday, November 19, 2012 8:15 PM
Subject: [R-br] excluir mar no ETOPO
Prezados,
Estou graficando mapas com os dados do ETOPO01 de elevação e gostaria de
excluir o mar, para que os dados iniciem em zero ao invés de números negativos
(profundidades dos oceanos).
Qualquer ajuda é bem vinda, desde já agradeço
Att
Carlos
#código:
library(raster)
library(rgdal)
etopo-ETOPO1_Ice_g_geotiff.tif
r.etopo-raster(etopo)
ext - extent(-95,-35,-31,31)
zoom(r.etopo, ext=ext,col=rev(gray.colors(12)))
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Re: [R-br] excluir mar no ETOPO
Ola Eder,
O arquivo de origem dos dados (ETOPO1) `e muito grande, de maneira que
tenho obtido erro constantemente, Tentei aumentar a capacidade da memoria
com memory.limit() mas tambem nao funcionou.
att
Carlos
Em 20 de novembro de 2012 11:30, Eder Comunello ecomu...@gmail.comescreveu:
Carlos e colegas, bom dia!
Vou aproveitar um script anterior, fazendo algumas alterações. Como da
outra vez, creio que dá pra adaptar facilmente pro seu caso.
Vou trabalhar extraindo o vetor de interesse, substituindo este vetor no
objeto origem ao final...
# begin #
require(sp); require(rgdal)
### Download do exemplo (399 Kb)
download.file('https://dl.dropbox.com/u/117618178/dourados/DDOS.tif',
file.path(getwd(),'DDOS.tif'), mode='wb')
alt = readGDAL(DDOS.tif); gridded(alt) ### 'importa' o geotiff
image(alt, col=terrain.colors(21)) ## visualização
slotNames(alt) ### nome dos slots (S4)
proj4string(alt) ### projeçãoo definida no geotiff
head(alt@data) ### observe os valores dos dados
head(alt@data$band1) ### observe os valores dos dados
### Opção para fatiar (0 ou 1)
alt2 - alt ### para manipular uma cópia do objeto
z - alt2@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse
n - length(z); n
for(i in 1:n){if (z[i]400){z[i]=0} else{z[i]=1}}; head(z) ### 0 ou 1
alt2@data$band1 - z ### substitui o vetor manipulado no objeto
image(alt2) ## visualização
### Opção para mascarar valores abaixo de critério (com 0 ou NA)
alt3 - alt ### para manipular outra cópia do objeto
z - alt3@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse
n - length(z); n
for(i in 1:n){if (z[i]400){z[i]=0}}; head(z) ### 0 ou 1
#for(i in 1:n){if (z[i]400){z[i]=NA}}; head(z) ### 0 ou 1
alt3@data$band1 - z ### substitui o vetor manipulado no objeto
image(alt3) ## visualização
# end #
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*Carlos D'Apolito - PhD candidate - ID:1239480*
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[R-br] Graficos de decomposição
Boa tarde prezados, Estou realizando um trabalho em que utilizo a decomposição, análises de previsão usando o modelo ARIMA e Holt-Winters e goataria de mudar os títulos do gráfico e titulos dos eixos. Com os comandos main, xlab e ylab não esta dando certo, poderiam me dar uma luz ou me ajudar como faço para gerar essas modificações? Desde já agradeço. Atenciosamente, Kauê P. Veras da Cunha Estatística - UERJ MSN: kaueve...@hotmail.com E-mail: kaueve...@gmail.com Cel: (21) 8254-9601 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Gráfico de distribuiçoes estimadas
mais alguem pode me ajudar? Em 10 de novembro de 2012 13:21, Edson Lira edinhoes...@yahoo.com.brescreveu: Mateus, no pacote MASS acho que tem alguns gráficos empírica x teórica. [. ]'s. Edson Lira Estatístico Ma-Am Em 10/11/2012, às 02:20, Matheus Monteiro matheusm...@gmail.com escreveu: Boa noite, obtive as densidades aproximadas da 't' e da 'normal', gostaria de compara-las através de graficos dessas densidades estimadas. Alguma sugestão, como faria isso? *t * fitdistr(x[,1],t) msdf -0.0018744140.0091227383.522064232 ( 0.001726835) ( 0.001862692) ( 2.234067399)* **normal* fitdistr(x[,1],normal) mean sd 0.0001040816 0.0128201843 (0.0018314549) (0.0012950342) x são dados simulados. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] (sem assunto)
Mas Eder a idéia do NA é não considerar estas respostas na contagem e/ou no percentual. Mas valeu e muito obrigado. Peço desculpas a todos, esqueci de colocar o assunto na mensagem Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas De: Eder Comunello ecomu...@gmail.com Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Terça-feira, 20 de Novembro de 2012 7:39 Assunto: Re: [R-br] (sem assunto) Edson e colegas, bom dia! Ao invés de deixar o campo 'motivo' em branco (NA), experimente atribuir um valor, p. ex. 'sem resposta', e rode novamente. Assim estes casos serão considerados e aparecerão na saída. Vale pros outros campos. Éder Comunello Ph.D. Student in Agricultural Systems Engineering (USP/ESALQ) Piracicaba, SP, Brazil [22 42.7'S, 47 37.8'W] Researcher at Embrapa Western Region Agriculture Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] UTC-03:00 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Usando o R em grandes bases de dados
Bigmemory eu acredito que lide somente com matrizes, não com data frames, resumo: todos os campos devem ter o mesmo tipo. []s Leonard de Assis http://about.me/ldeassis Em 20/11/2012 03:06, Vinicius Brito Rocha escreveu: fiquei brincando com o bigmemory e carreguei uma tabela mas os campos character vieram como NA. Quando usava a opção type=char piorava e alterava os valores dos campos numéricos. O melhor ( ou menos pior resultado) foi carregar a tabela com a opção type=double Alguem sabe o que pode ser? Abs. Vinicius Brito Rocha Em 19 de novembro de 2012 15:40, Richard Santos jamesrichardsan...@gmail.com mailto:jamesrichardsan...@gmail.com escreveu: Valeu!! Toda e qq ajuda nesse sentido é bem vinda! Abç. Richard Em 19/11/12, Daniel C Bezerradanielcbeze...@gmail.com mailto:danielcbeze...@gmail.com escreveu: Eu encontrei estas apresentações e achei legal dividir com vcs: http://goo.gl/l6fuC Tem link para os slides, código do R e tudo mais por lá. Abs, Daniel ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- /Vinicius Brito Rocha./ /Estatístico e Atuário (IM / UFRJ)// Mestre em Pesquisa Operacional (COPPE / UFRJ)/ www.aplicademic.blogspot.com http://www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores. - Albert Einstein. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] matrizes de correlação
Olá, a actualização do R resultou para o meu problema. agora preciso de ajuda pois tou a tentar fazer uma matriz de correlação e outra de covariancias de 4 variaveis de um dataframe e dame estes erros: ##matriz de correlação cor.p-cor.ps(dados[,2:4], Pearson=TRUE,NAs=TRUE) cor.p dados=na.omit(dados[,2:4]) cat(valores NA retirados\n) x11() pairs(dados) x11() boxplot(dados) dados=dados[,2:4] x11() boxplot(dados) correl=cor(dados[2:4]) result=correl return(list(sumario=summary(dados),resultado=result)) cor(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) cor.test(dados[,2:4], method='pearson')$p.value cor_with_p_test(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) ct - cor.test(X1s10, X1s12) ct$p ct$v #matriz de covariancias cov(dados[,2:4], na.rm=TRUE) cor.p-cor.ps(dados[,2:4], Pearson=TRUE,NAs=TRUE) Error: could not find function cor.ps cor.p Error: object 'cor.p' not found dados=na.omit(dados[,2:4]) cat(valores NA retirados\n) valores NA retirados correl=cor(dados[2:4]) Error in `[.data.frame`(dados, 2:4) : undefined columns selected result=correl Error: object 'correl' not found return(list(sumario=summary(dados),resultado=result)) Error: object 'result' not found cor(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) Error in cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12) : object 'X1s09' not found cor.test(dados[,2:4], method='pearson')$p.value Error in `[.data.frame`(dados, , 2:4) : undefined columns selected cor_with_p_test(cbind(X1s09, X1s10, X1s11, X1s12)) Error: could not find function cor_with_p_test ct - cor.test(X1s10, X1s12) Error in cor.test(X1s10, X1s12) : object 'X1s10' not found ct$p Error: object 'ct' not found ct$v Error: object 'ct' not found #matriz de covariancias cov(dados[,2:4], na.rm=TRUE) Error in cov(dados[, 2:4], na.rm = TRUE) : unused argument(s) (na.rm = TRUE) cumprimentos e obrigada Ana Rocha ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] ExpDes - Comparações múltiplas
Boa tarde, estou aqui tentando reproduzir algumas análises do ExpDes. A analise abaixo não me deu as comparações múltiplas como faço para tais comparações? require(ExpDes) Carregando pacotes exigidos: ExpDes data(ex1) attach(ex1) dic(trat, ig, quali = FALSE, sigF = 0.05) André Oliveira Souza___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Dúvida sobre IC simultâneos para modelagem de variáveis binarias no R (multcomp)
Seu exemplo não é reproduzível. O guia de postagem não recomenda envio de dados como anexo das mensagens. Hospede os dados na núvem e acrescente comandos para leitura do arquivo. Assim rapidamente podemos reproduzir sua análise e ajudar você. À disposição. Walmes. == Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04
Versão ExpDes_1.1.1.tar.gz agora sim consegui instalar no linux. André Oliveira Souza De: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Para: Eric Ferreira ericbferre...@gmail.com Enviadas: Quinta-feira, 5 de Janeiro de 2012 11:05 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 O Walmes me disse, aqui mesmo na lista, ha algum tempo que realmente o pacote para linux em português ele não consegui colocar para funcionar. E no caso do windows eu não sabia que estava em inglês! Obrigado André Oliveira Souza De: Eric Ferreira ericbferre...@gmail.com Para: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Enviadas: Quinta-feira, 5 de Janeiro de 2012 10:55 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 Olá Andre, Que bom que não desistiu. Vamos por partes que solucionaremos todos os seus problemas. Quanto ao Windows, não se esqueça que a versão do CRAN está em ingles. Portanto, após carregar, voce deve pedir o help da função cdr (completely randomized design) e não dic, ou seja ?crd Veja se funciona. Quanto ao linux, talvez voce deva escrever para o Walmes, que faz parte dessa lista. Ele usa o ExpDes no Linux e diz que funciona perfeitamente. abs Eric. Em 5 de janeiro de 2012 10:42, Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br escreveu: Eric, eu acompanhei o pacote no seu site e nunca consegui coloca-lo para funcionar no Linux a versão em português. Agora com ele no CRAN voltei a tentar colocar o pacote para funcionar no Linux, mas sem sucesso. E para minha surpresa no windows não está funcionado também. Olha a minha tentativa no windows! require(ExpDes) Carregando pacotes exigidos: ExpDes ?dic No documentation for ‘dic’ in specified packages and libraries: you could try ‘??dic’ Estou ansioso para colocar este pacote para funcionar por aqui. Já li o TCC e o manual sobre o mesmo e vi a importância do mesmo. Visto que antes tinha que usar muitos pacotes para a mesma análise e com o ExpDes é muito mais prático. André Oliveira Souza De: Eric Ferreira ericbferre...@gmail.com Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Janeiro de 2012 18:25 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (EspDes) no Linux Ubuntu 10.04 Olá André, Se quiser trocar uma ideia em particular, posso tentar te ajudar. Sou o criador do ExpDes, mas não usu Linux. Não sei se serei útil. A princípio, posso te dizer que existe o pacote no CRAN e na minha página pessoal: https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1 Tente pegar o pacote de lá para ver se o erro se repete. Peço gentilmente aos usuárioas de (R no) Linux que me ajudem a exclarecer o André. Atenciosamente, Eric. Em 4 de janeiro de 2012 16:39, Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br escreveu: Opa vacilo meu erro no nome do pacote install.packages(ExpDes, dep=T) André Oliveira Souza De: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Janeiro de 2012 16:36 Assunto: [R-br] Problema para reinstalar pacote (EspDes) no Linux Ubuntu 10.04 Pessoal estou com problemas para reinstalar o EspDes !! Alguém saberia dizer o que pode ser? install.packages(EspDes, dep=T) Installing package(s) into ‘/home/andre/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.14’ (as ‘lib’ is unspecified) --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Carregando a interface Tcl/Tk ... pronto Mensagens de aviso perdidas: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘EspDes’ is not available (for R version 2.14.1) André Oliveira Souza obrigado ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Dr Eric B Ferreira Exact Sciences Department Federal University of Alfenas Brazil -- Dr Eric B Ferreira Exact Sciences Department Federal University of Alfenas Brazil___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04
Em português no linux! André Oliveira Souza De: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Para: Eric Ferreira ericbferre...@gmail.com; r-br@listas.c3sl.ufpr.br r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Terça-feira, 20 de Novembro de 2012 16:30 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 Versão ExpDes_1.1.1.tar.gz agora sim consegui instalar no linux. André Oliveira Souza De: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Para: Eric Ferreira ericbferre...@gmail.com Enviadas: Quinta-feira, 5 de Janeiro de 2012 11:05 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 O Walmes me disse, aqui mesmo na lista, ha algum tempo que realmente o pacote para linux em português ele não consegui colocar para funcionar. E no caso do windows eu não sabia que estava em inglês! Obrigado André Oliveira Souza De: Eric Ferreira ericbferre...@gmail.com Para: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Enviadas: Quinta-feira, 5 de Janeiro de 2012 10:55 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (ExpDes) no Linux Ubuntu 10.04 Olá Andre, Que bom que não desistiu. Vamos por partes que solucionaremos todos os seus problemas. Quanto ao Windows, não se esqueça que a versão do CRAN está em ingles. Portanto, após carregar, voce deve pedir o help da função cdr (completely randomized design) e não dic, ou seja ?crd Veja se funciona. Quanto ao linux, talvez voce deva escrever para o Walmes, que faz parte dessa lista. Ele usa o ExpDes no Linux e diz que funciona perfeitamente. abs Eric. Em 5 de janeiro de 2012 10:42, Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br escreveu: Eric, eu acompanhei o pacote no seu site e nunca consegui coloca-lo para funcionar no Linux a versão em português. Agora com ele no CRAN voltei a tentar colocar o pacote para funcionar no Linux, mas sem sucesso. E para minha surpresa no windows não está funcionado também. Olha a minha tentativa no windows! require(ExpDes) Carregando pacotes exigidos: ExpDes ?dic No documentation for ‘dic’ in specified packages and libraries: you could try ‘??dic’ Estou ansioso para colocar este pacote para funcionar por aqui. Já li o TCC e o manual sobre o mesmo e vi a importância do mesmo. Visto que antes tinha que usar muitos pacotes para a mesma análise e com o ExpDes é muito mais prático. André Oliveira Souza De: Eric Ferreira ericbferre...@gmail.com Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Janeiro de 2012 18:25 Assunto: Re: [R-br] Problema para reinstalar pacote (EspDes) no Linux Ubuntu 10.04 Olá André, Se quiser trocar uma ideia em particular, posso tentar te ajudar. Sou o criador do ExpDes, mas não usu Linux. Não sei se serei útil. A princípio, posso te dizer que existe o pacote no CRAN e na minha página pessoal: https://sites.google.com/site/ericbferreira/unifal/downloads-1 Tente pegar o pacote de lá para ver se o erro se repete. Peço gentilmente aos usuárioas de (R no) Linux que me ajudem a exclarecer o André. Atenciosamente, Eric. Em 4 de janeiro de 2012 16:39, Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br escreveu: Opa vacilo meu erro no nome do pacote install.packages(ExpDes, dep=T) André Oliveira Souza De: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 4 de Janeiro de 2012 16:36 Assunto: [R-br] Problema para reinstalar pacote (EspDes) no Linux Ubuntu 10.04 Pessoal estou com problemas para reinstalar o EspDes !! Alguém saberia dizer o que pode ser? install.packages(EspDes, dep=T) Installing package(s) into ‘/home/andre/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.14’ (as ‘lib’ is unspecified) --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- Carregando a interface Tcl/Tk ... pronto Mensagens de aviso perdidas: In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) : package ‘EspDes’ is not available (for R version 2.14.1) André Oliveira Souza obrigado ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Dr Eric B Ferreira Exact Sciences Department Federal University of Alfenas Brazil -- Dr Eric B Ferreira Exact Sciences Department Federal University of Alfenas Brazil ___ R-br mailing list
Re: [R-br] Dúvida em summary em regressão logística
Obrigado Benilton, Mas o modelo parece estar correto, estou seguindo a metodologia empregada por Farhad et al. 2011 pag 2., Equação 1. (Foraging behavior of Praon Volucre doi: 10.1155/2011/868546). Achei um erro no meu CMR que ficaria: # ### #Regressão logística entre a proporção de herbivoros predados e a densidade de herbivoros oferecidos # pred-c(1,2,2,3,1,4,2,3,2,3,5,6,5,5,3,7,7,6,2 + ,3,15,12,14,12,11,11,11,13,13,13,18,14,27,26 + ,17,18,20,22,10,15,29,30,36,40,23,50,30,40,29,52)##Número de herbívoros predados dens-sort(rep(2^(2:6),10)) Densidade de herbivoros oferecidos ## ##Regressão pred/dens = exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N3)/1+ exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N3) p.model1-glm(pred/dens~dens+I(dens^2)+I(dens^3),family=binomial) Mensagens de aviso perdidas: In eval(expr, envir, enclos) : #sucessos não-inteiro em um glm binomial! summary(p.model1) Call: glm(formula = pred/dens ~ dens + I(dens^2) + I(dens^3), family = binomial) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -0.85240 -0.17292 -0.05812 0.19453 1.10008 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(|z|) (Intercept) -5.744e-01 1.231e+00 -0.467 0.641 dens 2.238e-01 2.244e-01 0.997 0.319 I(dens^2) -8.846e-03 9.018e-03 -0.981 0.327 I(dens^3) 8.671e-05 9.154e-05 0.947 0.344 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 8.1347 on 49 degrees of freedom Residual deviance: 6.8751 on 46 degrees of freedom AIC: 67.087 Number of Fisher Scoring iterations: 4 # Mas é exatamente o seu exemplo que eu procurava, pois eu queria os coeficientes de P0, P1, P2 e P3, seguindo sua ajuda: naoPred-dens-pred p.model2-glm(cbind(pred, naoPred)~poly(dens, 3, raw=TRUE), family='binomial') summary(p.model2) Call: glm(formula = cbind(pred, naoPred) ~ poly(dens, 3, raw = TRUE), family = binomial) Deviance Residuals: Min 1Q Median 3Q Max -3.2393 -0.9997 -0.0732 0.9515 4.2567 Coefficients: Estimate Std. Error z value Pr(|z|) (Intercept) -8.399e-01 4.949e-01 -1.697 0.089672 . poly(dens, 3, raw = TRUE)1 2.688e-01 7.444e-02 3.611 0.000305 *** poly(dens, 3, raw = TRUE)2 -1.055e-02 2.755e-03 -3.828 0.000129 *** poly(dens, 3, raw = TRUE)3 1.033e-04 2.681e-05 3.853 0.000117 *** --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1) Null deviance: 148.29 on 49 degrees of freedom Residual deviance: 121.77 on 46 degrees of freedom AIC: 280.61 Number of Fisher Scoring iterations: 4 # Obrigado pelas dicas e correções, Alexandre De: Benilton Carvalho beniltoncarva...@gmail.com Para: r-br r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Alexandre Santos alexandresanto...@yahoo.com.br Enviadas: Terça-feira, 20 de Novembro de 2012 16:30 Assunto: Re: [R-br] Dúvida em summary em regressão logística Seu exemplo nao e' reproduzivel e seu modelo nao esta' correto. Consulte seu estatistico local para esclarecimentos mais detalhados. Uma regressao logistica modela a probabilidade de sucesso dado um conjunto de covariaveis. No seu caso, sucesso (para o predador) parece ser o herbivoro ser predado. Dito isso, se naoPred fosse o numero de herbivoros que nao foram predados, a especificacao do seu modelo seria glm(cbind(pred, naoPred)~poly(dens, 3, raw=TRUE), family='binomial') Se vc usar a representacao na escala probalistica (note que faltam uns parenteses na sua representacao): Prob(Sucesso) = exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N^3)/(1+exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N^3)) o resultado do summary (os coeficiences) mostrado(s) representa(m) respectivamente P0, P1, P2 e P3. b 2012/11/20 Alexandre Santos alexandresanto...@yahoo.com.br Boa tarde Pessoal, Estou ajustando uma regressão logística e me deparei com a seguinte dúvida: ### #Regressão logística entre a proporção de herbívoros predados e a densidade de herbívoros oferecidos # pred-c(1,2,2,3,1,4,2,3,2,3,5,6,5,5,3,7,7,6,2 ,3,15,12,14,12,11,11,11,13,13,13,18,14,27,26 ,17,18,20,22,10,15,29,30,36,40,23,50,30,40,29,52)##Número de herbívoros predados dens-sort(rep(2^(2:6),10)) Densidade de herbivoros oferecidos ## ##Regressão pred/dens = exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N3)/1+ exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N3) p.model1-glm(pred/par~dens+I(dens^2)+I(dens^3),family=binomial) summary(p.model1) # Minha dúvida é se o coeficiente linear que aparece no summary esta transformado em exp(x)/1+exp(x) ou trata-se do valor sem transformação? Obrigado, -- == Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e
Re: [R-br] Usando o R em grandes bases de dados
Benilton, acho que a nova versão suporta. Tem opção CHAR, mas tem que ser todo o objeto(tabela) de char. Att. Em 20 de novembro de 2012 07:29, Benilton Carvalho beniltoncarva...@gmail.com escreveu: bigmemory não suporta (ou não suportava, pelo menos) caracteres. On 20 Nov 2012 05:07, Vinicius Brito Rocha viniciusbri...@gmail.com wrote: fiquei brincando com o bigmemory e carreguei uma tabela mas os campos character vieram como NA. Quando usava a opção type=char piorava e alterava os valores dos campos numéricos. O melhor ( ou menos pior resultado) foi carregar a tabela com a opção type=double Alguem sabe o que pode ser? Abs. Vinicius Brito Rocha Em 19 de novembro de 2012 15:40, Richard Santos jamesrichardsan...@gmail.com escreveu: Valeu!! Toda e qq ajuda nesse sentido é bem vinda! Abç. Richard Em 19/11/12, Daniel C Bezerradanielcbeze...@gmail.com escreveu: Eu encontrei estas apresentações e achei legal dividir com vcs: http://goo.gl/l6fuC Tem link para os slides, código do R e tudo mais por lá. Abs, Daniel ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *Vinicius Brito Rocha.* *Estatístico e Atuário (IM / UFRJ)** Mestre em Pesquisa Operacional (COPPE / UFRJ)* www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores. - Albert Einstein. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *Vinicius Brito Rocha.* *Estatístico e Atuário (IM / UFRJ)** Mestre em Pesquisa Operacional (COPPE / UFRJ)* www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores. - Albert Einstein. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Dúvida em summary em regressão logística
Obrigado Vinícius, Mas o Benilton já havia chamado a atenção para uma questão crucial: regressão logística modela a probabilidade de sucesso dado um conjunto de covariaveis, então no modelo original que estava trabalhando existem erros conceituais, uma aproximação do que eu queria que era a obtenção dos coeficientes do intercepto, linear, quadrático e cúbico, ficou: pred-c(1,2,2,3,1,4,2,3,2,3,5,6,5,5,3,7,7,6,2 ,3,15,12,14,12,11,11,11,13,13,13,18,14,27,26 ,17,18,20,22,10,15,29,30,36,40,23,50,30,40,29,52)##Número de mumias dens-sort(rep(2^(2:6),10)) Densidade de pulgoes oferecidos ## ##Prob(Sucesso) = exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N^3)/(1+exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N^3)) naoPred-dens-pred # p.model2-glm(cbind(pred, naoPred)~poly(dens, 3, raw=TRUE), family=binomial) summary(p.model2) # Abs Alexandre De: Vinicius Brito Rocha viniciusbri...@gmail.com Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Alexandre Santos alexandresanto...@yahoo.com.br Enviadas: Terça-feira, 20 de Novembro de 2012 21:32 Assunto: Re: [R-br] Dúvida em summary em regressão logística Alexandre, acho que vc chamou o modelo de forma errada. deveria ser glm(cbind(evento,1-evento)~VA1+VA2+...VAp,data=dados,family=binomial(link = logit)) normalmente nos softwares o coeficiente resposta é o do modelo linear, como vc esta usando a funçao logit log(P(X=evento)/P(X=nao evento))= beta0+beta1*X1+beta2*X2+...+betap*Xp Abs. Mas o Walmes provavelmente vai poder te responder melhor. Abs Vinicius Brito Rocha Em 20 de novembro de 2012 16:49, Alexandre Santos alexandresanto...@yahoo.com.br escreveu: Boa tarde Pessoal, Estou ajustando uma regressão logística e me deparei com a seguinte dúvida: ### #Regressão logística entre a proporção de herbívoros predados e a densidade de herbívoros oferecidos # pred-c(1,2,2,3,1,4,2,3,2,3,5,6,5,5,3,7,7,6,2 ,3,15,12,14,12,11,11,11,13,13,13,18,14,27,26 ,17,18,20,22,10,15,29,30,36,40,23,50,30,40,29,52)##Número de herbívoros predados dens-sort(rep(2^(2:6),10)) Densidade de herbivoros oferecidos ## ##Regressão pred/dens = exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N3)/1+ exp(P0+P1*N+P2*N^2+P3*N3) p.model1-glm(pred/par~dens+I(dens^2)+I(dens^3),family=binomial) summary(p.model1) # Minha dúvida é se o coeficiente linear que aparece no summary esta transformado em exp(x)/1+exp(x) ou trata-se do valor sem transformação? Obrigado, -- == Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso - Campus Cáceres Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresanto...@yahoo.com.br alexandre.san...@cas.ifmt.edu.br == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Vinicius Brito Rocha. Estatístico e Atuário (IM / UFRJ) Mestre em Pesquisa Operacional (COPPE / UFRJ) www.aplicademic.blogspot.com http://twitter.com/viniciusbritor Não se preocupe muito com as suas dificuldades em Matemática, posso assegurar-lhe que as minhas são ainda maiores. - Albert Einstein.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Preencher um serie temporal
Caros,
Eu gostaria de expandir os dados abaixo para realizar uma análise
temporal de base diária.
O meu período inicial é '2012-07-01' até '2012-10-06'. É possível eu
fazer isso com meu data frame ou eu terei que criar um novo data frame
com a sequencia de dias e juntar as duas tabelas?
Meu data frame final deveria repetir os valores apresentados nas
colunas até que uma nova medida surgisse já que os pontos de medida
que tenho são exporádicos. Alguém já expandiu um data frame assim pra
me dizer como fazer?
structure(list(Date.beg = structure(c(15635, 15617, 15615, 15610,
15609, 15605, 15604, 15601, 15593, 15593, 15586, 15581, 15580,
15577, 15572, 15565, 15552, 15540, 15530, 15516), class = Date),
Date.end = structure(c(15619, 15619, 15616, 15615, 15610,
15607, 15604, 15602, 15595, 15594, 15587, 15582, 15581, 15579,
15572, 15567, 15554, 15541, 15533, 15517), class = Date),
Pollster = structure(c(1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 4L, 1L, 2L,
1L, 1L, 2L, 1L, 4L, 1L, 2L, 2L, 1L, 3L, 1L), .Label = c(Datafolha,
Ibope, Veritá, Vox Populi), class = factor), Serra.PSDB = c(24,
22, 23, 19, 22, 17, 17, 21, 19, 20, 21, 20, 22, 22, 27, 26,
26, 30, 31.4, 31), Russomanno.PRB = c(23, 22, 25, 27, 30,
34, 34, 35, 35, 32, 35, 31, 31, 31, 31, 26, 25, 26, 17.7,
24), Haddad.PT = c(20, 22, 19, 18, 18, 18, 17, 15, 15, 17,
16, 16, 14, 14, 8, 9, 6, 7, 9.5, 6), Chalita.PMDB = c(11,
11, 11, 10, 9, 7, 5, 8, 6, 8, 7, 5, 7, 5, 6, 5, 5, 6, 4.3,
6), Others = c(8, 7, 7, 4, 7, 6, 4, 5, 6, 7, 9, 5, 8, 6,
10, 12, 15, 15, 8.6, 16), Null = c(8, 8, 8, NA, 8, 10, 10,
NA, 13, 9, 8, 12, 10, NA, 10, 12, 14, 11, 13.1, 11), Undecided = c(6,
8, 6, NA, 6, 8, 13, NA, 6, 7, 4, 9, 7, 13, 6, 10, 9, 6, 13.3,
5), Round = structure(c(3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L), .Label = c(year before,
off campaign, first, second), class = factor), Stage =
structure(c(2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c(0, 1, 2), class = factor),
Serra.Haddad = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c(,
1, 0), class = factor), N = c(3959, 1204, 2099, 1204,
1799, 1204, 2000, 1802, 1001, 1221, 1078, 1001, 1069, 1200,
1077, 805, 805, 1075, 1331, 1081), Err = c(2, 3, 2, 3, 2,
3, 2.2, 2, 3, 3, 3, 3, 3, 2.8, 3, 3, 3, 3, 2.7, 3)), .Names =
c(Date.beg,
Date.end, Pollster, Serra.PSDB, Russomanno.PRB, Haddad.PT,
Chalita.PMDB, Others, Null, Undecided, Round, Stage,
Serra.Haddad, N, Err), row.names = c(6, 7, 8, 9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20,
21, 22, 23, 24, 25), class = data.frame)
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