Re: [R-br] excluir mar no ETOPO
Carlos,
Eu tentaria algo assim:
library (raster) #carrega pacote exigido
r - raster('ETOPO1_Ice_g_geotiff.tif') #carrega arquivo de trabalho
r [ r0 ] - NA #atribui NA a todos os valores negativos no raster.
E caso você queira atribuir NA a um escopo de valores, pode ser mais fácil
criar uma função:
vals - c(0,24,32,56) # estes são os valores que você quer eliminar da tabela
de dados do raster
fun - function (x) {
x - ifelse (x %in% vals, 1, NA) # aqui você substitui os valores acima por
1 e atribui NA para todo o resto. Você pode substituir o 1 por vals
}
E então aplicá-la sobre o raster:
r.new - calc (r, fun)
Uma vantagem de usar funções é pode realizar uma tarefa para diversos arquivos
sem precisar repetir comandos para cada um deles.
Espero que ajude,
Thiago.
From: D'Apolito carlosdapol...@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Sent: Monday, November 19, 2012 8:15 PM
Subject: [R-br] excluir mar no ETOPO
Prezados,
Estou graficando mapas com os dados do ETOPO01 de elevação e gostaria de
excluir o mar, para que os dados iniciem em zero ao invés de números negativos
(profundidades dos oceanos).
Qualquer ajuda é bem vinda, desde já agradeço
Att
Carlos
#código:
library(raster)
library(rgdal)
etopo-ETOPO1_Ice_g_geotiff.tif
r.etopo-raster(etopo)
ext - extent(-95,-35,-31,31)
zoom(r.etopo, ext=ext,col=rev(gray.colors(12)))
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[R-br] Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2)
Pessoal,
Alguém domina bem a produção de gráficos usando o pacote ggplot2? Meus dados
contém a frequência de dados em 13 classes diferentes ao longo de vários anos
(simulação climática). Segue o link para baixar o arquivo contendo os
dados: https://www.dropbox.com/s/50loxmtd2z2eqco/rcp26.csv (a primeira coluna
pode ser ignorada).
Gostaria de fazer algo parecido com esse
gráfico: https://www.dropbox.com/s/8p3g42c54w3dnof/Untitled.png. Meus dados
contém todas as informações para montar o gráfico: as classes (eixo x) e suas
frequências (ao invés de hectares - eixo y) e os anos (três barras).
Por enquanto, o código mínimo reprodutível que eu consigo enviar é apenas a
abertura dos arquivos:
a - read.csv ('~/Dropbox/web/rcp26.csv')
b - read.csv ('~/Dropbox/web/rcp85.csv')
Preciso de ajuda para reproduzir a imagem acima usando meus dados, com os
anos 1700, 2005 e 2100 no lugar de 1985, 1993 e 2005.
Agradeço desde já,
Thiago.
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mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2)
Olá Walmes, Obrigado pelas dicas. A mensagem que você mostrou é de dez/11, e desde então eu acredito que o dropbox mudou algumas coisas no protocolo. Por exemplo, na época da mensagem que você mostrou o protocolo de acesso ainda não era o http seguro como é hoje. Suspeito que isso impeça a leitura direta. De qualquer forma, você chegou a dar uma olhada nos dados? Acho que o dataframe está organizado de uma maneira ligeiramente diferente do que os pacotes de gráfico esperam... Um abraço, Thiago. From: Walmes Zeviani walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Thiago Veloso thi_vel...@yahoo.com.br Sent: Tuesday, October 30, 2012 12:33 PM Subject: Re: [R-br] Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2) Seu código ainda não é reproduzível. Para ser, deveria fazer importação direto do link. No caso tenho que fazer download pra minha máquina e ler. Tente prepara-lo para ser lido de maneira semelhante a essa a - read.csv(https://www.dropbox.com/s/50loxmtd2z2eqco/rcp26.csv;;) Erro em file(file, rt) : não é possível abrir a conexão Além disso: Mensagens de aviso perdidas: In file(file, rt) : esquema de URL não suportado Eu sei que é possível fazer dowload direto porque o Fernado Toledo faz assim, veja http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Medidas-repetidas-na-mesma-unidade-experimental-td4209426.html#a4211300 A sua dúvida é simples. Se consultar a documentação da função barplot() vai saber como usar. Para um exemplo veja https://ridiculas.wordpress.com/2011/06/13/como-fazer-legendas-em-graficos/ o código para gerar o gráfico de barras verdes. À disposição. Walmes. == Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2)
Walmes,
Depois de mais algum tempo investido no código, acredito que esteja mais
fácil entender os dados. Entretanto, ainda não consegui baixar o arquivo do
Dropbox direto no R, será necessário baixar primeiramente no seu pc. Aqui está
o link para o arquivo: https://www.dropbox.com/s/50loxmtd2z2eqco/rcp26.csv. O
código que estou usando vem a seguir:
# Load required packages
library (reshape)
library (ggplot2)
# Read data
dump - read.csv ('~/Dropbox/web/rcp26.csv')
# trim to just data we want
dump - dump[c(value, X1700, X2005, X2099)]
# rename first column
names(dump)[1] - Classes
# melt so in a form convenient for ggplot
dump - melt(dump, id.vars=1)
# nice-looking year
dump$Year - substr(dump$variable,2,5)
# trim again
dump - dump[c(Classes, value, Year)]
# now, a real sample:
dump
Classes value Year
1 1 2902 1700
2 2 221 1700
3 3 546 1700
4 4 47 1700
5 6 258 1700
6 7 7 1700
7 9 152 1700
8 10 1512 1700
9 11 252 1700
10 12 179 1700
11 13 78 1700
12 14 193 1700
13 15 33 1700
14 1 2906 2005
15 2 217 2005
16 3 548 2005
17 4 46 2005
18 6 257 2005
19 7 7 2005
20 9 149 2005
21 10 1514 2005
22 11 249 2005
23 12 181 2005
24 13 79 2005
25 14 195 2005
26 15 32 2005
27 1 2906 2099
28 2 217 2099
29 3 548 2099
30 4 48 2099
31 6 256 2099
32 7 9 2099
33 9 137 2099
34 10 1523 2099
35 11 244 2099
36 12 189 2099
37 13 76 2099
38 14 192 2099
39 15 35 2099
Agora acredito que tenha ficado mais fácil entender o conjunto de dados: em
cada ano (1700, 2005 e 2099) existe uma distribuição (value) diferente de dados
em 13 classes (coluna Classes, que vai de 1 a 15 mas sem a presença de 5 e 8).
De posse desses dados, gostaria de fazer um gráfico como
esse: https://www.dropbox.com/s/8p3g42c54w3dnof/Untitled.png
Agradeço desde já qualquer ajuda,
Thiago.
From: Walmes Zeviani walmeszevi...@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Thiago Veloso thi_vel...@yahoo.com.br
Sent: Tuesday, October 30, 2012 12:33 PM
Subject: Re: [R-br] Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2)
Seu código ainda não é reproduzível. Para ser, deveria fazer importação direto
do link. No caso tenho que fazer download pra minha máquina e ler. Tente
prepara-lo para ser lido de maneira semelhante a essa
a - read.csv(https://www.dropbox.com/s/50loxmtd2z2eqco/rcp26.csv;;)
Erro em file(file, rt) : não é possível abrir a conexão
Além disso: Mensagens de aviso perdidas:
In file(file, rt) : esquema de URL não suportado
Eu sei que é possível fazer dowload direto porque o Fernado Toledo faz assim,
veja
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Medidas-repetidas-na-mesma-unidade-experimental-td4209426.html#a4211300
A sua dúvida é simples. Se consultar a documentação da função barplot() vai
saber como usar. Para um exemplo veja
https://ridiculas.wordpress.com/2011/06/13/como-fazer-legendas-em-graficos/
o código para gerar o gráfico de barras verdes.
À disposição.
Walmes.
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Walmes Marques Zeviani
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código
mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2)
Ok, depois da dica do Benilton, o diretório público permite download direto
dos arquivos. Segue abaixo o código atualizado com essa facilidade:
# Load required packages
library (reshape)
library (ggplot2)
# Read data
dump - read.csv ('http://dl.dropbox.com/u/27700634/rcp26.csv')
# trim to just data we want
dump - dump[c(value, X1700, X2005, X2099)]
# rename first column
names(dump)[1] - Classes
# melt so in a form convenient for ggplot
dump - melt(dump, id.vars=1)
# nice-looking year
dump$Year - substr(dump$variable,2,5)
# trim again
dump - dump[c(Classes, value, Year)]
- Original Message -
From: Thiago Veloso thi_vel...@yahoo.com.br
To: Walmes Zeviani walmeszevi...@gmail.com; r-br@listas.c3sl.ufpr.br
r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Cc:
Sent: Tuesday, October 30, 2012 9:32 PM
Subject: Re: [R-br] Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2)
Walmes,
Depois de mais algum tempo investido no código, acredito que esteja mais
fácil entender os dados. Entretanto, ainda não consegui baixar o arquivo do
Dropbox direto no R, será necessário baixar primeiramente no seu pc. Aqui está
o link para o arquivo: https://www.dropbox.com/s/50loxmtd2z2eqco/rcp26.csv. O
código que estou usando vem a seguir:
# Load required packages
library (reshape)
library (ggplot2)
# Read data
dump - read.csv ('~/Dropbox/web/rcp26.csv')
# trim to just data we want
dump - dump[c(value, X1700, X2005, X2099)]
# rename first column
names(dump)[1] - Classes
# melt so in a form convenient for ggplot
dump - melt(dump, id.vars=1)
# nice-looking year
dump$Year - substr(dump$variable,2,5)
# trim again
dump - dump[c(Classes, value, Year)]
# now, a real sample:
dump
Classes value Year
1 1 2902 1700
2 2 221 1700
3 3 546 1700
4 4 47 1700
5 6 258 1700
6 7 7 1700
7 9 152 1700
8 10 1512 1700
9 11 252 1700
10 12 179 1700
11 13 78 1700
12 14 193 1700
13 15 33 1700
14 1 2906 2005
15 2 217 2005
16 3 548 2005
17 4 46 2005
18 6 257 2005
19 7 7 2005
20 9 149 2005
21 10 1514 2005
22 11 249 2005
23 12 181 2005
24 13 79 2005
25 14 195 2005
26 15 32 2005
27 1 2906 2099
28 2 217 2099
29 3 548 2099
30 4 48 2099
31 6 256 2099
32 7 9 2099
33 9 137 2099
34 10 1523 2099
35 11 244 2099
36 12 189 2099
37 13 76 2099
38 14 192 2099
39 15 35 2099
Agora acredito que tenha ficado mais fácil entender o conjunto de dados: em
cada ano (1700, 2005 e 2099) existe uma distribuição (value) diferente de dados
em 13 classes (coluna Classes, que vai de 1 a 15 mas sem a presença de 5 e 8).
De posse desses dados, gostaria de fazer um gráfico como
esse: https://www.dropbox.com/s/8p3g42c54w3dnof/Untitled.png
Agradeço desde já qualquer ajuda,
Thiago.
From: Walmes Zeviani walmeszevi...@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Thiago Veloso thi_vel...@yahoo.com.br
Sent: Tuesday, October 30, 2012 12:33 PM
Subject: Re: [R-br] Ajuda para plotar dados (usando o ggplot2)
Seu código ainda não é reproduzível. Para ser, deveria fazer importação direto
do link. No caso tenho que fazer download pra minha máquina e ler. Tente
prepara-lo para ser lido de maneira semelhante a essa
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Erro em file(file, rt) : não é possível abrir a conexão
Além disso: Mensagens de aviso perdidas:
In file(file, rt) : esquema de URL não suportado
Eu sei que é possível fazer dowload direto porque o Fernado Toledo faz assim,
veja
http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Medidas-repetidas-na-mesma-unidade-experimental-td4209426.html#a4211300
A sua dúvida é simples. Se consultar a documentação da função barplot() vai
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Re: [R-br] [OFF] Ajuda na obtenção de artigo
O site da revista disponibiliza o artigo, mas segue o link direto: http://files.bvs.br/upload/S/0101-5907/2010/v24n2/a2125.pdf From: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br To: Rafael Pimentel Maia eumaia2...@yahoo.com.br; r-br@listas.c3sl.ufpr.br r-br@listas.c3sl.ufpr.br Sent: Wednesday, October 10, 2012 10:16 AM Subject: Re: [R-br] [OFF] Ajuda na obtenção de artigo Olá obrigado. Este artigo são dos mesmos autores, mas não é sobre tamanho amostral. Se tiver o link doartigo diretrizes para o cálculo do tamanho da amostra por favor compartilha comigo. obrigado André Oliveira Souza De: Rafael Pimentel Maia eumaia2...@yahoo.com.br Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Enviadas: Quarta-feira, 10 de Outubro de 2012 3:09 Assunto: Re: [R-br] [OFF] Ajuda na obtenção de artigo Olá André, veja se consegue abrir este link http://files.bvs.br/upload/S/0101-5907/2009/v23n3/a1967.pdf []s Rafael De: Andre Oliveira andreolso...@yahoo.com.br Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Quarta-feira, 10 de Outubro de 2012 5:27 Assunto: [R-br] [OFF] Ajuda na obtenção de artigo Alguém tem este artigo em pdf para compartilhar? Fontelles MJ, Simões MG, Almeida JC, Fontelles RGS. Metodologia da pesquisa: diretrizes para o cálculo do tamanho da amostra. Rev Paran Med. 2010;24:57-64. André Oliveira Souza ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Converter list em data.frame
Olá pessoal, Uma dúvida básica: possuo uma lista de objetos que contam a frequência de valores (count) em classes (value). Nessa lista, cada índice ([[1]], [[2]] etc) corresponde a um passo de tempo. Vejam abaixo uma amostra: head(resd) [[1]] ! essa é a primeira unidade de tempo. value count [1,] 1 267 ! na classe '1' foram encontradas 267 ocorrências, e assim por diante [2,] 6 86 [3,] 7 21 [4,] 8 7 [5,] 9 3683 [6,] 10 537 [7,] 11 135 [8,] 12 17 [9,] 13 74 [10,] NA 2228 [[2]] ! essa é a segunda unidade de tempo. value count [1,] 1 2257 ! na classe '1' foram encontradas 2257 ocorrências, e assim por diante [2,] 2 57 [3,] 3 289 [4,] 4 2 [5,] 6 88 [6,] 7 13 [7,] 8 32 [8,] 9 1137 [9,] 10 756 [10,] 11 99 [11,] 12 22 [12,] 13 67 [13,] 14 1 [14,] 15 7 [15,] NA 2228 [[3]] value count [1,] 1 2170 [2,] 2 61 [3,] 3 316 [4,] 4 3 [5,] 6 74 [6,] 7 1 [7,] 8 12 [8,] 9 781 [9,] 10 1100 [10,] 11 66 [11,] 12 160 [12,] 13 46 [13,] 14 9 [14,] 15 28 [15,] NA 2228 [[4]] value count [1,] 1 2174 [2,] 2 56 [3,] 3 300 [4,] 4 3 [5,] 6 62 [6,] 8 4 [7,] 9 564 [8,] 10 1317 [9,] 11 75 [10,] 12 113 [11,] 13 42 [12,] 14 85 [13,] 15 32 [14,] NA 2228 [[5]] value count [1,] 1 2174 [2,] 2 58 [3,] 3 301 [4,] 4 5 [5,] 6 54 [6,] 8 4 [7,] 9 469 [8,] 10 1393 [9,] 11 83 [10,] 12 76 [11,] 13 41 [12,] 14 136 [13,] 15 33 [14,] NA 2228 [[6]] value count [1,] 1 2185 [2,] 2 52 [3,] 3 300 [4,] 4 4 [5,] 6 52 [6,] 8 3 [7,] 9 397 [8,] 10 1457 [9,] 11 83 [10,] 12 74 [11,] 13 38 [12,] 14 146 [13,] 15 36 [14,] NA 2228 Como converter essa lista em um data.frame, mantendo o índice, e salvar em um arquivo ascii? Agradece pelas dicas, Thiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Duvida unzip no R
Humberto, No R você pode invocar comandos do sistema através do system. Veja um exemplo que lista os arquivos do diretório atual: system(ls -F) - Original Message - From: Humberto Hazin hgha...@hotmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Cc: Sent: Monday, June 18, 2012 7:31 PM Subject: [R-br] Duvida unzip no R Olá Pessoal Tenho uma pasta que contem vários arquivos com extensão bz2! Gostaria de saber como descomprimir no R. Alguém pode me ajudar com um exemplo? Humberto ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Problemas com R 2.15
Olá Tite, O problema ocorre porque a biblioteca netcdf não foi encontrada no sistema. Experimente instalar a biblioteca: sudo apt-get install netcdf libnetcdf6 libnetcdf-dev e depois tente instalar o pacote de novo. Espero que ajude, Thiago. --- On Wed, 2/5/12, Tito Conte tito.co...@gmail.com wrote: From: Tito Conte tito.co...@gmail.com Subject: [R-br] Problemas com R 2.15 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Wednesday, 2 May, 2012, 20:15 Acabei de instalar o R para Ubuntu e não estou conseguindo instalar nenhum pacote novo, fiz isso para o pacote ncdf, e tentei pra mais alguns e nada todos dão o mesmo erro (achava que era problema com o NetCDF) a mensagem que aparece segue abaixo installing *source* package ‘ncdf’ ...** package ‘ncdf’ successfully unpacked and MD5 sums checkedchecking for nc-config... /usr/bin/nc-config configure: creating ./config.statusconfig.status: creating src/Makevars** libsgcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/include -fpic -O3 -pipe -g -c ncdf.c -o ncdf.o ncdf.c:3:20: fatal error: netcdf.h: No such file or directorycompilation terminated.make: *** [ncdf.o] Error 1ERROR: compilation failed for package ‘ncdf’* removing ‘/home/tito/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/ncdf’ The downloaded source packages are in ‘/tmp/Rtmpn8hiQ4/downloaded_packages’Warning message:In install.packages(ncdf) : installation of package ‘ncdf’ had non-zero exit status Obrigado Tito -Inline Attachment Follows- ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Loop varrendo quantidade enorme de arquivos
Obrigado pela sugestão, Benilton. Vou consultar a documentação sugerida.
A outra dúvida que eu lancei na lista, alguns meses atrás, também envolvia
grande quantidade de arquivos, mas sua filosofia era diferente.
Saudações, Thiago.
--- On Wed, 2/5/12, Benilton Carvalho beniltoncarva...@gmail.com wrote:
From: Benilton Carvalho beniltoncarva...@gmail.com
Subject: Re: [R-br] Loop varrendo quantidade enorme de arquivos
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Date: Wednesday, 2 May, 2012, 21:21
Leia documentação para: assign(), gsub()... E, posso estar enganado, mas eu
próprio já resolvi algo assim aqui em um post seu? b
On Thursday, 3 May 2012, Thiago Veloso wrote:
Boa noite pessoal,
Preciso de ajuda para fazer um loop que percorra uma lista enorme de arquivos.
Organizei uma série (+50GB) de imagens de satélite que está organizada em
anos (2001 a 2011) e, por ano, a cada oito dias (julianos).
lai200101.tif
lai200109.tif
lai200117.tif
lai200125.tif
.
.
.
lai2011361.tif
onde a nomenclatura segue o padrão: lai{ano}{diajuliano}.tif. Percebam que o
incremento entre os dias é sempre oito.
Preciso fazer duas operações nesse banco de dados:
1) um loop para abrir cada um dos arquivos, nomeando a variável com o ano e
mês, e multiplicar a mesma por 0.001. Algo assim:
library(raster)
lai{ano}{diajuliano}-raster('lai{ano}{diajuliano}.tif') #carregando imagem
lai{ano}{diajuliano}-lai{ano}{diajuliano}*0.001 #calibrando imagem
2) Ao longo de todos os arquivos, somar cada quatro para produzir um mês de
dados, por exemplo:
lai_jan_2001 - lai200101.tif + lai200109.tif + lai200117.tif + lai200125.tif
lai_feb_2001 - lai200133.tif + lai200141.tif + lai200149.tif + lai200157.tif
.
.
.
lai_dec_2011 - lai2011337.tif + lai2011345.tif + lai2011353.tif +
lai2011361.tif
Um verdadeiro desafio de programação, concordam? Alguém pode me dar uma ideia
de como começar?
Agradece desde já,
Thiago.
___
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Re: [R-br] Loop varrendo quantidade enorme de arquivos
Jonatan e Tito
Também agradeço as sugestões de vocês. Vou usá-las para construir uma função,
o que parece ser mais eficiente em termos de otimização de uso de memória e
consumo de disco.
Saudações, Thiago.
--- On Thu, 3/5/12, Jônatan jdtat...@gmail.com wrote:
From: Jônatan jdtat...@gmail.com
Subject: Re: [R-br] Loop varrendo quantidade enorme de arquivos
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Date: Thursday, 3 May, 2012, 2:24
Thiago,
tente usar a funcao zApply do proprio pacote raster.
## datas de 8 em 8 dias, extraidas dos nomes dos arquivos tiff
t8d - seq(as.Date(2000-01-01), length.out=100, by=8 days)
## stack dos arquivos tiff
s - stack(list.files(pattern=tiff$))
## definindo variavel z como t8d
s - setZ(s, t8d, name=8day)
require(zoo)
res - zApply(s, by=as.yearmon, fun=mean, name=meses)
2012/5/2 Thiago Veloso thi_vel...@yahoo.com.br
Boa noite pessoal,
Preciso de ajuda para fazer um loop que percorra uma lista enorme de arquivos.
Organizei uma série (+50GB) de imagens de satélite que está organizada em
anos (2001 a 2011) e, por ano, a cada oito dias (julianos).
lai200101.tif
lai200109.tif
lai200117.tif
lai200125.tif
.
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lai2011361.tif
onde a nomenclatura segue o padrão: lai{ano}{diajuliano}.tif. Percebam que o
incremento entre os dias é sempre oito.
Preciso fazer duas operações nesse banco de dados:
1) um loop para abrir cada um dos arquivos, nomeando a variável com o ano e
mês, e multiplicar a mesma por 0.001. Algo assim:
library(raster)
lai{ano}{diajuliano}-raster('lai{ano}{diajuliano}.tif') #carregando imagem
lai{ano}{diajuliano}-lai{ano}{diajuliano}*0.001 #calibrando imagem
2) Ao longo de todos os arquivos, somar cada quatro para produzir um mês de
dados, por exemplo:
lai_jan_2001 - lai200101.tif + lai200109.tif + lai200117.tif + lai200125.tif
lai_feb_2001 - lai200133.tif + lai200141.tif + lai200149.tif + lai200157.tif
.
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lai_dec_2011 - lai2011337.tif + lai2011345.tif + lai2011353.tif +
lai2011361.tif
Um verdadeiro desafio de programação, concordam? Alguém pode me dar uma ideia
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Agradece desde já,
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--
#--#
# Jônatan Dupont Tatsch
#
# Climate and Biosphere Laboratory #
# Department of Atmospheric Sciences #
# Institute of Astronomy, Geophysics and Atmospheric Sciences #
# University of São Paulo
#
# Rua do Matão, 1226
#
# Cid. Universitária, São Paulo, SP, Brazil, CEP: 05508-090 #
# Phone:+55 11 3091-4772, Fax:+55 11 3091-4714 #
# http://jonatandupont.weebly.com/index.html #
#--#
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anos (2001 a 2011) e, por ano, a cada oito dias (julianos).
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lai200109.tif
lai200117.tif
lai200125.tif
.
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lai2011361.tif
onde a nomenclatura segue o padrão: lai{ano}{diajuliano}.tif. Percebam que o
incremento entre os dias é sempre oito.
Preciso fazer duas operações nesse banco de dados:
1) um loop para abrir cada um dos arquivos, nomeando a variável com o ano e
mês, e multiplicar a mesma por 0.001. Algo assim:
library(raster)
lai{ano}{diajuliano}-raster('lai{ano}{diajuliano}.tif') #carregando imagem
lai{ano}{diajuliano}-lai{ano}{diajuliano}*0.001 #calibrando imagem
2) Ao longo de todos os arquivos, somar cada quatro para produzir um mês de
dados, por exemplo:
lai_jan_2001 - lai200101.tif + lai200109.tif + lai200117.tif + lai200125.tif
lai_feb_2001 - lai200133.tif + lai200141.tif + lai200149.tif + lai200157.tif
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incremento entre os dias é sempre oito.
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1) um loop para abrir cada um dos arquivos, nomeando a variável com o ano e
mês, e multiplicar a mesma por 0.001. Algo assim:
library(raster)
lai{ano}{diajuliano}-raster('lai{ano}{diajuliano}.tif') #carregando imagem
lai{ano}{diajuliano}-lai{ano}{diajuliano}*0.001 #calibrando imagem
2) Ao longo de todos os arquivos, somar cada quatro para produzir um mês de
dados, por exemplo:
lai_jan_2001 - lai200101.tif + lai200109.tif + lai200117.tif + lai200125.tif
lai_feb_2001 - lai200133.tif + lai200141.tif + lai200149.tif + lai200157.tif
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Um verdadeiro desafio de programação, concordam? Alguém pode me dar uma ideia
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Re: [R-br] Projeção mapas
Taynãna, Talvez eu pudesse ajudar um pouco mais se tivesse uma amostra dos seus dados, mas para trabalhar com projeções eu recomendaria que você desse uma olhada no pacote rgdal. Com esse pacote você deve ser capaz de importar e reprojetar seus dados com mais facilidade. Aqui está a página com maiores informações: http://cran.r-project.org/web/packages/rgdal/index.html Espero que ajude, Thiago. --- On Mon, 9/4/12, Taynãna César Simões tay_estatist...@yahoo.com.br wrote: From: Taynãna César Simões tay_estatist...@yahoo.com.br Subject: [R-br] Projeção mapas To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Monday, 9 April, 2012, 20:51 Prezados, Tenho um padrão de pontos com projeção em latlong. Tentei tranformar para UTM, usando a função convUL (library 'PSBmapping'), zona 24, em metros.Mas ainda assim, não consigo sobrepor os pontos em um mapa com projeção UTM datum SAD69, zona 24. Na função não há disponibilidade para colocar o datum.Alguém já teve uma experiência parecida? Att, TaynãnaENSP-FIOCRUZ ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -Inline Attachment Follows- ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Trabalhando com datas
Sérgio, Seu problema pode ser resolvido com o pacote date, veja só: http://cran.r-project.org/web/packages/date/ Espero que ajude, Thiago. --- On Tue, 10/4/12, Sérgio Henrique almeida da silva ju sergio.edfis...@gmail.com wrote: From: Sérgio Henrique almeida da silva ju sergio.edfis...@gmail.com Subject: [R-br] Trabalhando com datas To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tuesday, 10 April, 2012, 13:09 Olá Tenho duas variáveis que são: Inicio do tratamento e fim do tratamento, como faço para criar uma terceira variável que é o tempo de tratamento em anos? Ex: x = Inicio do tratamentoy = Fim do tratamentoz = Tempo de tratamento em anos x y z 01/01/2010 10/12/2012 ? 04/01/2010 05/01/2012 ?10/01/2011 06/02/2012 ?01/02/2011 07/02/2012 ?07/02/2011 12/12/2012 ? Se ao invés de ano eu queira calcular em dia ou em mês, como faço? Obrigado mais uma vez. -- Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 Tel: (21) 94429486/78101651 id: 123*20942 -Inline Attachment Follows- ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Ajuda parar exibir variação temporal de dados em mapas
Olá Fernando.
O objetivo naquele trecho seria criar fatores 2000, 2001 e 2002 no
objeto que contém os dados já categorizados. Isso garante ser possível plotar
os três histogramas juntos, lado a lado, nos trechos posteriores de código
responsáveis pela plotagem dos dados.
Grato pela ajuda, Thiago Veloso.
--- On Sat, 17/3/12, Fernando Mayer fernandoma...@gmail.com wrote:
From: Fernando Mayer fernandoma...@gmail.com
Subject: Re: [R-br] Ajuda parar exibir variação temporal de dados em mapas
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Date: Saturday, 17 March, 2012, 16:11
abaixo...
---
Fernando Mayer
Universidade Federal de Santa Catarina - UFSC
Departamento de Ecologia e Zoologia - ECZ/CCB
URL: http://sites.google.com/site/fernandomayer
e-mail: fernandomayer [@] gmail.com
2012/3/16 Thiago Veloso thi_vel...@yahoo.com.br
Pessoal,
Possuo três mapas (em formato raster) de desmatamento na Amazônia em
diferentes anos. Essas taxas de desmatamento variam de 0 a 1. A minha intenção
é mostrar a variação temporal do desmatamento através de histogramas que
mostram a contagem de células em diferentes classes (p. ex., de 0 a 0.3, de 0.3
a 0.6 e de 0.6 a 1) em cada ano. Aqui está uma ideia conceitual do que preciso
fazer (apenas ilustrativa, criada com dados hipotéticos):
http://img24.imageshack.us/img24/6416/examplezxt.png e aqui disponibilizo um
arquivo com amostra do arquivo de dados http://db.tt/XXDtRee1. Trata-se um
netcdf com três níveis de tempo.
Na lista de SIG do R eu já recebi algumas dicas para fazer isso. Entretanto,
estou recebendo um erro ao tentar criar fatores nos dados. Será que alguém aqui
consegue me dar uma auxílio? Segue o código que estou utilizando e a mensagem
de erro:
#Load required packages library
(raster)
Loading required package: spraster version 1.9-70 (27-February-2012) library
(ggplot2) library (reshape2)
#Load
data deforest - brick(/home/thiago/Dropbox/defor-3-years.nc)Loading
required package: ncdf
#Probe layer names and plot raster data layerNames(deforest)[1] X0.1
X0.2 X0.3
plot(deforest) #Convert spatial object to data frame (omitting NAs) meltR
- melt(as.array(deforest),na.rm=TRUE)
#Define classes used to count grids meltR$class - cut(meltR$value,
c(0,0.3,0.6,1)) #Define factors to plot individual years
meltR$X3 - factor(meltR$X3, labels=c('2000','2001','2002'))Error in
factor(meltR$X3, labels = c(2000, 2001, 2002)) :
invalid labels; length 3 should be 1 or 0
No objeto meltR não existe nenhum X3 como componente, por isso não há como
criá-lo. Qual era o objetivo aqui?
O código continuaria assim:
#Plot datap =
ggplot(meltR,aes(x=class))p + geom_histogram(aes(fill=class))+facet_grid(. ~
X3)
Caso seja útil, segue o sumário do sessionInfo():
sessionInfo()R version 2.14.1 (2011-12-22)Platform: x86_64-pc-linux-gnu
(64-bit)
locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5]
LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=C
LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11]
LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:[1] stats
graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:[1] ncdf_1.6.6 reshape2_1.2.1 ggplot2_0.9.0
raster_1.9-70 sp_0.9-97
loaded via a namespace (and not attached): [1] colorspace_1.1-1
dichromat_1.2-4 digest_0.5.2 grid_2.14.1
[5] lattice_0.20-6 MASS_7.3-17 memoise_0.1 munsell_0.3
[9]
plyr_1.7.1 proto_0.3-9.2 RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0
[13] stringr_0.6
Um verdadeiro desafio - estou desde 4a feira quebrando a cabeça com isso.
Agradeço desde já qualquer contribuição!
Thiago.
___
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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mínimo reproduzível.
[R-br] Ajuda parar exibir variação temporal de dados em mapas
Pessoal,
Possuo três mapas (em formato raster) de desmatamento na Amazônia em
diferentes anos. Essas taxas de desmatamento variam de 0 a 1. A minha intenção
é mostrar a variação temporal do desmatamento através de histogramas que
mostram a contagem de células em diferentes classes (p. ex., de 0 a 0.3, de 0.3
a 0.6 e de 0.6 a 1) em cada ano. Aqui está uma ideia conceitual do que preciso
fazer (apenas ilustrativa, criada com dados hipotéticos):
http://img24.imageshack.us/img24/6416/examplezxt.png e aqui disponibilizo um
arquivo com amostra do arquivo de dados http://db.tt/XXDtRee1. Trata-se um
netcdf com três níveis de tempo.
Na lista de SIG do R eu já recebi algumas dicas para fazer isso. Entretanto,
estou recebendo um erro ao tentar criar fatores nos dados. Será que alguém aqui
consegue me dar uma auxílio? Segue o código que estou utilizando e a mensagem
de erro:
#Load required packages library
(raster)Loading required package: spraster version 1.9-70 (27-February-2012)
library (ggplot2) library (reshape2) #Load data deforest -
brick(/home/thiago/Dropbox/defor-3-years.nc)Loading required package: ncdf
#Probe layer names and plot raster data layerNames(deforest)[1] X0.1 X0.2
X0.3 plot(deforest) #Convert spatial object to data frame (omitting NAs)
meltR - melt(as.array(deforest),na.rm=TRUE) #Define classes used to count
grids meltR$class - cut(meltR$value, c(0,0.3,0.6,1)) #Define factors to plot
individual years meltR$X3 - factor(meltR$X3,
labels=c('2000','2001','2002'))Error in factor(meltR$X3, labels = c(2000,
2001, 2002)) : invalid labels; length 3 should be 1 or
0
O código continuaria assim:
#Plot datap =
ggplot(meltR,aes(x=class))p + geom_histogram(aes(fill=class))+facet_grid(. ~
X3)
Caso seja útil, segue o sumário do sessionInfo():
sessionInfo()R version 2.14.1
(2011-12-22)Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3]
LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5]
LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=C
LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:[1] stats graphics grDevices utils datasets
methods base
other attached packages:[1] ncdf_1.6.6 reshape2_1.2.1 ggplot2_0.9.0
raster_1.9-70 sp_0.9-97
loaded via a namespace (and not attached): [1] colorspace_1.1-1
dichromat_1.2-4 digest_0.5.2 grid_2.14.1 [5] lattice_0.20-6
MASS_7.3-17 memoise_0.1 munsell_0.3 [9] plyr_1.7.1
proto_0.3-9.2 RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0 [13] stringr_0.6
Um verdadeiro desafio - estou desde 4a feira quebrando a cabeça com isso.
Agradeço desde já qualquer contribuição! Thiago.___
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Re: [R-br] Obter coordenadas a partir de endereço
Luís Gustavo,
Muito obrigado pela sua dica. Com ela consegui fazer a conversão que
necessitava.
Agradeço também aos demais participantes que responderam a minha dúvida.
Um abraço,
Thiago Veloso.
--- On Fri, 5/8/11, Luís Gustavo lgsilvaesi...@gmail.com wrote:
From: Luís Gustavo lgsilvaesi...@gmail.com
Subject: Re: [R-br] Obter coordenadas a partir de endereço
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Date: Friday, 5 August, 2011, 12:04
Prezado Thiago,
Se não estou enganado você consegue as coordendas a partir do CEP, da seguinte
forma:
require(XML)
coordenadas- function(cep) {
url_lat_lon -
paste(sprintf(http://maps.google.com/maps/api/geocode/xml?address=%s,;,
cep),%20Brasilsensor=false, sep=)
lat_lon=xmlApply(xmlRoot(xmlTreeParse(
readLines(url_lat_lon)))[['result']][['geometry']][['location']], [[, 1)
return(lat_lon)
}
cep=36026300
coordenadas(cep)
Obs.: Existe posts passados abordando estes assunto, lembro que salvei esse
script em alguns desses posts, porém não
me lembro exatamente quem postou, portanto fica as minhas desculpas pela a
falta de referência.
Em 5 de agosto de 2011 00:19, Daniel Marcelino dmsilva...@gmail.com escreveu:
Olá Thiago,
Deve haver mais opções para fazer isso, eu conheço o PBSmapping. Há
inclusive um material vendido pelo O' Reilly's com o passo-a-passo para
conseguir isso.
Daniel
2011/8/4 Thiago Veloso thi_vel...@yahoo.com.br
Olá pessoal,
Tenho quase certeza que esse assunto já foi discutido aqui na lista, porém
não estou conseguindo encontrar o tópico.
Possuo uma lista com cerca de 40 endereços em Porto Alegre. Gostaria de
obter a localização geográfica destes endereços para mostrá-la em um mapa.
Apesar de ter somente o endereço, com um pouco de esforço é possível
conseguir o CEP de cada um deles.
Sendo assim, há algum pacote combinado R/google maps que permita conhecer
as coordenadas de um endereço a partir do seu CEP?
Grato desde já,
Thiago Veloso.
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[R-br] Obter coordenadas a partir de endereço
Olá pessoal, Tenho quase certeza que esse assunto já foi discutido aqui na lista, porém não estou conseguindo encontrar o tópico. Possuo uma lista com cerca de 40 endereços em Porto Alegre. Gostaria de obter a localização geográfica destes endereços para mostrá-la em um mapa. Apesar de ter somente o endereço, com um pouco de esforço é possível conseguir o CEP de cada um deles. Sendo assim, há algum pacote combinado R/google maps que permita conhecer as coordenadas de um endereço a partir do seu CEP? Grato desde já, Thiago Veloso. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] R e análise criminal
David, Você pode procurar por informações no site do CrimeStat[1]. Embora as análises não sejam feitas em R, pode ser que você se interesse por algum método e busque por um pacote no R que o utilize. Espero que ajude, Thiago. [1] - http://www.icpsr.umich.edu/CrimeStat/ --- On Wed, 27/4/11, David orais morai...@gmail.com wrote: From: David orais morai...@gmail.com Subject: [R-br] R e análise criminal To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Wednesday, 27 April, 2011, 18:25 Prezados colegas Alguém da lista usa o R para análise de dados criminais. Desde já agradeço. Atenciosamente David Morais Universidade Candido Mendes Rio de Janeiro - RJ -Inline Attachment Follows- ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Re: [R-br] Off-topic: atualização Ubuntu 11.04 (Natty)
Daniel e Jakson, Muito obrigado por compartilhar as dicas. Ja tive oportunidade de usar a interface Unity na versão Netbook do Ubuntu, e não gostei da experiência. Ótimo saber que na versão Desktop será possível mudar para o esquema antigo (o que não é possível na versão Netbook). Saudações, Thiago. --- On Sun, 24/4/11, Jakson Alves de Aquino jalve...@gmail.com wrote: From: Jakson Alves de Aquino jalve...@gmail.com Subject: Re: [R-br] Off-topic: atualização Ubuntu 11.04 (Natty) To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Sunday, 24 April, 2011, 19:30 2011/4/24 Daniel C Bezerra danielcbeze...@gmail.com: Como sei que um grande número de pessoas nesta lista usa Ubuntu resolvi dar uma dica após atualizar o meu Ubuntu para a nova versão 11.04 beta (a atualização oficial virá na 5a feira). Se vcs como eu não gostarem da nova interface (Unity), é facil voltar atrás. Estou tentando me acostumar com a nova interface, e essa página tem sido útil: http://www.techdrivein.com/2011/04/31-useful-ubuntu-1104-unity.html -- Jakson ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Re: [R-br] Dica para instalar pacotes.
Bernardo, Muito obrigado pela dica. Mas acho que é bom deixar claro que esse parâmetro irá paralelizar somente a compilação do pacote. Isso não significa que seu uso posterior no R fará escalonamento dos processadores, ok? Ainda assim é muito útil para aqueles pacotes cuja instalação é muito demorada... Saudações, Thiago. --- On Tue, 5/4/11, Bernardo Rangel Tura t...@centroin.com.br wrote: From: Bernardo Rangel Tura t...@centroin.com.br Subject: Re: [R-br] Dica para instalar pacotes. To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tuesday, 5 April, 2011, 21:18 On Tue, 2011-04-05 at 21:01 -0300, Leandro Marino wrote: Bernardo, desta forma nao iria depender de pacotes de terceiros, como por.exemplo o multicore?? Vc sabe como.este parametro funciona? Um abraco Atenciosamente, Leandro Marino Leandro ele funciona com o R instalação padrão, como ele fizeram isto eu não sei ... -- []s Tura ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
