Re: [R-br] Parcelas sub-divididas com fatorial nas parcelas
Obrigado pelas dicas Walmes. E aproveito para fazer mais duas perguntas. Para aplicar a abordagem de modelos mistos para o exemplo que enviei o efeito aleatório deveria ser Parcela/Sub-parcela? Com os artifícios presentes no tutorial que você me indicou eu consigo ajustar o efeito de cada uma das testemunhas já que cada uma delas pertence a um extrato (temperatura) específico. Desde já agradeço pela ajuda. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Engenheiro Agrônomo pelo CCA-UFES Mestrando em Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Tue, 14 Jul 2015 00:41:01 -0300 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Parcelas sub-divididas com fatorial nas parcelas Veja os html nesse endereço http://www.leg.ufpr.br/~walmes/tutorial/ para exemplos de análise de fatorial duplo com dois tratamentos adicionais (que também servem para um adicional). A análise do fatorial triplo vai seguir a mesma ideia, no entanto, como você tem dois estratos, o jeito mais fácil de acomodar isso é com modelo misto, nlme::lme() ou lme4::lmer(). aov() também pode ser usado mas eu não encorajo pela escassez de métodos disponíveis para a classe aovList e supor experimento regular/balanceado. À disposição. Walmes. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Parcelas sub-divididas com fatorial nas parcelas
Boa noite pessoal, estou com experimento de três fatores e gostaria da opinião de vocês para modelar uma análise de variância. De forma mais direta eu tenho dois ambientes e em cada um deles tenho um experimento em arranjo fatorial em DIC com um tratamento adicional. #CMR set.seed(102) resp - rnorm(100,50,13) resp # O primeiro fator se refere a dois ambientes (temperaturas diferentes). temp - gl(2,50) # O segundo fator se refere a duas substâncias aplicadas e um controle com a ausência das substâncias dentro de cada um dos # ambientes. subs - factor(c(gl(2,20),rep(Adicional1,10),gl(2,20),rep(Adicional2,10))) # O terceiro fator se refere a duas doses de cada uma das substâncias e um controle (dose 0 - já citado a cima) # dentro de cada um dos ambientes. dose - factor(c(gl(2,10),gl(2,10),rep(Adicional1,10),gl(2,10),gl(2,10),rep(Adicional2,10))) O arquivo de dados seria o seguinte: dat - data.frame(temp,subs,dose,resp) Por fim montei um quadro para a provável ordem das fontes de variação que consegui enxergar para o modelo. Vocês concordam com a ordem e com as fontes de variação? Alguém tem ideia de como modelar este problema via função aov() ou lm()? FV temp resíduo 1 subs dose subs x dose subs x temp dose x temp subs x dose x temp temp1 / adicional1 x fatorial1 temp2 / adicional2 x fatorial2 resíduo 2 Agradeço desde já por qualquer ajuda. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Engenheiro Agrônomo pelo CCA-UFES Mestrando em Genética e Melhoramento de Plantas pelo CCA-UFES # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Método de Jacobi
Da uma olhada neste site e verifique se os códigos te atendem.
http://morotalab.org/Mrode2005/mme/mme.html#section0002
Att.
Tiago.
Wecsley Prates wopra...@gmail.com escreveu:
Olá a todos...
Gostaria de saber se alguém tem o algoritmo do Método de Jacobi em
linguagem do r para encontrar solução de equações lineares. Encontrei uma
programação, mas está dando erro.
Essa programação me fornece um erro do tipo
Erro em a[i, j] - a[i, j] - m * a[k, j] :
substituto tem comprimento zero.
Como resolvo???
Agradeço a atenção
a = matriz dos coeficientes
b - vetor das constantes
x - chute inicial do vetor das variáveis
for (k in 1:length(x)-1){
for (i in k+1:length(x)){
m - a[i,k]/a[k,k]
a[i,k] - 0
for(j in k+1:length(x)){
a[i,j] - a[i,j]-m*a[k,j]
b[i] - b[i]-m*b[k]
}
}
}
x[length(x)] - b[length(x)]/a[length(x),length(x)]
for (k in length(x)-1:1){
s - 0
for (j in k+1:length(x)){
s - s+a[k,j]*x[j]
}
x[k] - (b[k]-s)/a[k,k]
}
--
* Wecsley O. Prates*
*Doutorando em Estatística - Universidade Federal de Minas Gerais*
___
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Re: [R-br] Sistema é computacionalmente singular - Matriz/Mahalanobis
Boa tarde Andre,
como o Walmes afirmou seu exemplo ainda não é reproduzível. Entretanto, segue
um exemplo para servir de inspiração para o seu problema.
Uma dica é você buscar entendimento da lógica de obtenção da matriz de
variância e covariância Σ nas documentações da função mahalanobis.dist()
do pacote StatMatch.
O exemplo que trago a seguir é para uma condição experimental então utilizei a
matriz de variância e covariância S
(matriz de soma de quadrados e produtos residuais/graus de liberdade dos
resíduos). Entretanto, você pode tentar adaptar para sua condição
definindo a matriz de variância e covariância de interesse.
# Dados para o exemplo.
dat - structure(list(trat = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L,
4L, 4L, 4L), .Label = c(1, 2, 3, 4), class = factor), x1 =
c(50.039225756996, 51.7825110686358, 48.1384396336807, 50.4489824448722,
48.4220046908771, 44.5221770682025, 52.2588301216718, 54.1412387912868,
48.8071610383588, 53.8184419408507, 53.5005661405145, 48.8892313217333), x2
= c(40.0577191986925, 36.6154386398641, 45.1013819536244, 37.9422687414707,
41.204733925, 33.3243892012254, 33.0139305834796, 35.7751641361826,
47.7243822772713, 39.8005702375829, 38.3100567194852, 44.0757780378149), x3
= c(10.4591588838242, 10.6373435622737, 10.3189328544074, 10.0386650378322,
9.96842284038367, 10.6003051066032, 10.8695539960311, 10.143593400873,
9.45082912208145, 9.28742328152705, 9.60271226420169, 10.1566398296013)),
.Names = c(trat, x1, x2, x3), row.names = c(NA, -12L), class =
data.frame)
attach(dat)
# Matriz contendo as variáveis que serão analizadas.
resp = as.matrix( dat[,2:ncol(dat)] )
# Realização da Manova para obtenção da matriz de covariância residual (S).
mav - manova(resp ~ trat)
quadro = summary(mav,test=Wilks)
glr - df.residual(mav)
S - quadro$SS$Residuals/glr
# Obtenção das médias dos tratamentos
medtrat - aggregate(resp, by = list(trat), FUN = mean)[,2:ncol(dat)]
medtrat - as.matrix(medtrat)
# Obtenção da matriz D2 de Mahalanobis
nla = numeric(0)
nlb = numeric(0)
acd = (nrow(medtrat)-1):1
acc=1:(nrow(medtrat)-1)
acc1=2:nrow(medtrat)
D2 - mat.or.vec(nrow(medtrat),nrow(medtrat))
for(i in 1:length(acd)){ nla - c(nla, rep(
acc[i],each=acd[i] )) nlb - c(nlb, acc1[i]:nrow(medtrat) ) }
for(i in 1:length(nla)){ D2[nla[i], nlb[i]] -
t(medtrat[nla[i],] - medtrat[nlb[i],])%*%solve(S)%*%(medtrat[nla[i],] -
medtrat[nlb[i],]) D2[nlb[i], nla[i]] - D2[nla[i], nlb[i]]}
# Matriz D2 de Mahalanobis
D2
# Tiago de
Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
#
Date: Fri, 26 Jun 2015 00:34:46 +
From: andreolso...@yahoo.com.br
To: walmeszevi...@gmail.com; r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Sistema é computacionalmente singular - Matriz/Mahalanobis
Desculpas pela falta de clareza Walmes, é que não citei que a função faz é
D_{ij}^2 = (x_i - x_j)' (Σ^-1) (x_i - x_j) e a matriz Σ, neste caso não tem
inversa comum. Já tentei várias funções e de fato todas funções para tal método
usam a função solve(Σ) como padrão. Desisti de usar a matriz de Mahalanobis,
pensei em distancia Euclidiana, mas seria importante eu conseguir usar um
método que envolvesse a matriz de covariâncias para obter D2. Minha pergunta é
se teria uma forma de usar, neste caso, um outro tipo de inversa (outro
algorítimo) e sem comprometer a matriz D2 ou se vou mesmo ter ficar com
distancia Euclidiana e variantes.
setwd(/home/andre)
dados - read.csv(dados.txt, sep=)
str(dados)
'data.frame': 6 obs. of 10 variables: $ ch : int 146 26 44 56 73 101 $
lam: int 126 14 20 104 54 156 $ esfr : int 208 1 1 36 73 22 $ cut:
int 43 10 9 20 22 40 $ fleh : int 16 1 1 2 9 5 $ tmont : int 45 5 12 15
11 27 $ mont : int 18 8 16 25 21 32 $ montco : int 6 0 3 2 2 3 $ vocal :
int 106 14 21 105 97 151 $ respaud: int 123 44 64 113 56 79
dados ch lam esfr cut fleh tmont mont montco vocal respaudA 146 126 208 43
1645 18 6 106 123B 26 141 101 58 0
14 44C 44 201 9112 16 321 64D 56 104 36
20215 25 2 105 113E 73 54 73 22911 21
297 56F 101 156 22 40527 32 3 151 79
require(StatMatch)D2=mahalanobis.dist(dados)mahalanobis.dist(dados)Error in
solve.default(cov, ...) : sistema é computacionalmente singular: condição
recíproca número = 1.53112e-19
require(biotools)Cov=cov(dados)
D2=D2.dist(dados, Cov) D2=D2.dist(dados, Cov) Error in solve.default(cov, (x[i,
] - x[j, ])) : sistema é computacionalmente singular: condição recíproca número
= 1.53112e-19
André Oliveira
Re: [R-br] Dúvida sobre escrito em xlab
expression (t ha^-1) Att. Tiago. Cesar Rabak cesar.ra...@gmail.com escreveu: Veja no help (e no demo do R) expression 2015-05-15 17:08 GMT-03:00 Leonardo Monteiro monteiroleonar...@gmail.com: Senhores, boa noite. Como modifico o formato da legenda: t/ha para t ha-1? Sendo que o -1 deve ficar sobreescrito. obrigado, Leonardo ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Fatorial tiplo com dados adicionais
Te indico o pacote ExpDes se você quer uma rotina simples. Att. Tiago. Alisson Lucrécio alisson.lucre...@ifgoiano.edu.br escreveu: Caro Colegas da lista r-br, Preciso de uma ajudar para montar uma análise de variância para um fatorial tripo (Solo x Solução de Extração x Concentração) e um fator adicional água. Os dados fatoriais são compostos por 5 níveis de solos, 2 níveis de solução e 3 níveis de concentração. Os dados adicionais são compostos por 5 níveis de solo e 1 nível de solução (Água). Segue um exemplo abaixo. fat_data - data.frame(Solo = gl(5, 18, la = LETTERS[1:5]), Sol = gl(2, 9, length = 90, la = c(PO4, SO4)), Conc = gl(3, 3, length = 90, la = c(0.10, 0.25, 0.50))) Rep - apply(data.frame(Solo = rep(1:5, each = 18), Sol = rep(rep(c(0.5, 1), each = 9), 5), Conc = rep(rep(c(0.4, 0.9, 1.5), each = 3), 10)), 1, sum) fat_data$Rep - Rep + rnorm(length(Rep),0,0.5) adi_data - data.frame(Solo = gl(5, 3, la = LETTERS[1:5]), Sol = rep(Água, 15)) Rep - rep(1:5, each = 3) adi_data$Rep - Rep + rnorm(length(Rep),0,0.5) Muito obrigado. -- Alisson Lucrecio da Costa ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Algoritimo newtonRaphson
André tente este adaptação:
newtonRaphson - function (x) { x - ((exp(-x^2) - x^3 + 2) / (-2 * exp(-x^2)
- 3 * x^2))}
x - 0.5# valor inicial old - 0# valor anterior tol - 0.0001y - xi
- 0
while (abs(old - x) tol) { i - i + 1 old - x x - newtonRaphson(x) #
Repetir se delta x maior tol cat(\nIteração:,i,\n)
cat(\nRaiz:,x,\n) }
Att.
Tiago.
# Tiago de
Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
#
Date: Sat, 2 May 2015 19:39:41 +
From: andreolso...@yahoo.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Algoritimo newtonRaphson
Pessoal já tentei e não consegui. Como colocar para exibir os valores das
iterações passo a passo? E não só a estimativa da raiz. Já tentei colocar
i=NULL para receber as iterações ..ma não consegui.
newtonRaphson -function (x){x - ((exp(-x^2) - x^3 + 2) / (-2 * exp(-x^2) - 3 *
x^2)) }x - 0.5# valor inicial old - 0# valor anterior tol -
0.0001while (abs(old - x) tol){old - xx - newtonRaphson(x) # Repetir
se delta x maior tol}print(paste(Raiz: , x)) obrigado
André Oliveira Souza.
Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de
Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES
___
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Re: [R-br] Partição de somas de quadrado usando contrastes ortogonais
Sim Walmes esta é a saída que desejo. No entanto, observe que se eu alterar a ordem dos contrastes as somas de quadrado alteram. Exemplo que você me enviou:mat.c [,1] [,2][1,] -12[2,]0 -1[3,] 1 -1 Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(F)trat 2 91.5 45.75 0.915 0.435 trat: C.orto.1 1 78.5 78.47 1.569 0.242 # soma de quadrados corretatrat: C.orto.2 1 13.0 13.03 0.261 0.622 # esperava para este contrate (2 - 1 -1) o valor de 34.4Residuals 9 450.0 50.00 Agora invertendo a ordem de declaração dos contrastes: mat.c [,1] [,2][1,] 2 -1[2,] -10[3,] -11 Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(F)trat 2 91.5 45.75 0.915 0.435 trat: C.orto.1 1 34.4 34.41 0.688 0.428 # soma de quadrados correta trat: C.orto.2 1 57.1 57.09 1.142 0.313 # esperava para este contrate (-1 + 0 + 1) o valor de 78.5Residuals 9 450.0 50.00 Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Thu, 16 Apr 2015 16:06:33 -0300 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Partição de somas de quadrado usando contrastes ortogonais Seria isso? str(exp) contrasts(exp$trat) mat.c - matrix(c(-1,0,1,2,-1,-1), nc=2) contrasts(exp$trat) - mat.c m0 - aov(y~trat, data=exp) summary(m0, split=list(trat=list(C.orto.1=1, C.orto.2=2))) À disposição. Walmes. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] [Regressao logística] - comparacao de coeficientes beta
Acho que você deseja fazer a analise de identidade de modelos. O procedimento foi descrito por Regazzi (2004, 2010) para o delineamento inteiramente ao acaso e blocos ao acaso respectivamente. Caso tenha interesse nesta metodologia em R é só entrar em contato. Att. Tiago. Manuella Lech Cantuaria manuellal...@gmail.com escreveu: Olá a todos, Alguém de vcs conhece algum teste estatístico para comparacao de coeficientes beta obtidos por regressao logistica? Estou analisando diferentes modelos nos quais vario uma das variáveis independentes e minhas amostras sao dependentes. Desde já, muito obrigada :-) Manuella ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Gráfico/CL50
Use a função points() Att. Tiago. Flavia Batista Gomes - Embrapa Amazonia Ocidental - CPAA flavia.b.go...@embrapa.br escreveu: Olá, Tenho um gráfico dose-resposta e preciso marcar um ponto específico, o ponto que representa a CL50. Como insiro essa informação no gráfico? Obrigada, Flávia - Mensagem original - De: walmes . walmeszevi...@gmail.com Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Segunda-feira, 19 de janeiro de 2015 22:49:32 Assunto: Re: [R-br] Probit/CL50 O pacote MASS tem funções para cálculo de dl50. Como a DL50 é uma função (não linear) dos parâmetros do preditor linear de um modelo glm, sua estimação intervalar geralmente se dá por meio da aplicação do método delta. O pacote car pode ser considerado par isso. Se não estiver enganado, a função chama se deltaMethod(). Consulte a documentação para exemplos de uso. À disposição. Walmes. -- == Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 skype: walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. Aviso de confidencialidade Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada e ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. Confidentiality note This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Sub-matrizes em R
Obrigado izi mas creio que ainda não é o que procuro, pois, eu posso chegar a ter um número indefinido de sub-matrizes. Desta forma eu teria que declarar uma a uma. Ex: a, b, c ... k. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # From: salah3.1...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tue, 31 Mar 2015 03:15:57 -0300 Subject: Re: [R-br] Sub-matrizes em R Caro, veja se isso lhe serve mat = matrix(1:25, nc = 5) a = mat[c(1, 2), c(1, 2)] b = mat[c(4, 5), c(4, 5)] ## unindo rbind(a, b) -- Salah Saudações! ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Sub-matrizes em R
Boa noite, alguém sabe como selecionar 2 ou mais sub-matrizes de uma matriz maior de forma direta sem usar um loop CMR: mat - matrix(1:25,nc=5) z = c(1,4)lz = c(2,5)k - numeric(0) for(j in 1:2) print( k - mat[z[j]:lz[j],z[j]:lz[j]] ) # Gostaria de chegar a este resultado sem o loop Estou tentando evitar este loop, pois, ele esta dentro de while. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] for dentro de while
Boa noite,
estou com um código que necessita o uso de um for dentro de um while.
Entretanto, o uso do for aumentou o tempo de execução.
Gostaria de saber se alguém tem alguma sugestão para contornar este
problema Acredito que a questão seja organizacional, portanto, não estou
enviando um CMR mas caso seja necessário será encaminhado!!!
dif - 1 tol - 1e-05
i - 0
neff - c(2) while(dif tol){
i - i + 1
LHS - rBind( cBind(XpX, XpZ), cBind(ZpX, (ZpZ + Ginv)) )
invLHS - solve(LHS)est -
solve(LHS,RHS)b - est[1:ncol(X.f),]
u - est[(ncol(X.f) + 1):nrow(est),]
sig2E - (ypy - t(b)%*%Xpy - t(u)%*%Zpy)/(N - rankX)
sig2U - numeric(0)
for(j in 1:length(neff)){
sig2U - c(sig2U, (
t(est[z[j]:lz[j],])%*%est[z[j]:lz[j],] + sig2E*sum(diag( invLHS[z[j]:lz[j],
z[j]:lz[j]] )) )/neff[j])
}
sig2U - do.call(rBind,lapply(sig2U,as.matrix))
rel - as.numeric(sig2E)/sig2U
if(!is.null(var)){
lamb - rel
ratio - rep(lamb,neff)newvar
- rBind(sig2U,sig2E)cds -
sig2U/sum(newvar) dif -
as.numeric(max(abs(newvar - ovar)))
}
if(is.null(var)){lamb - rel
ratio - rep(lamb,neff)
newvar - rBind(sig2U,sig2E)
cds - sig2U/sum(newvar)
dif - as.numeric(max(abs(cds - ocds)))
}
ovar - newvar
ocds - cds oratio - ratio
olamb - lamb Ginv
- Diagonal(sum(neff),oratio)
}Desde já
agradeço por qualquer colaboração.
Atenciosamente,
Tiago.
# Tiago de
Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
#
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Re: [R-br] Matrizes de variâncias e covariâncias do pacote nlme
Obrigado pela dica Walmes, no entanto, estou trabalhando com um arquivo de dados extraído Searle et al. (1992) e citado por Marcelino Lemma (2000). E quando comparo as estimativas utilizando a estrutura padrão do R (Componentes de variância - Variâncias heterogêneas) os resultados batem. Mas quando tento utilizar a opção de simetria composta os resultados divergem dos encontrados pelos autores. Portanto, acho que devo estar declarando algo errado. Os altores Marcelino Lemma (2000) utilizaram o aplicativo SAS. Segue abaixo o CMR: data = structure(list(fa = c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2), fb = c(1, 1, 2, 3, 1, 2, 2, 3), rep = c(1, 2, 1, 1, 1, 1, 2, 1), y = c(7.9, 8.1, 6, 2, 8, 4.8, 7.2, 12)), .Names = c(fa, fb, rep, y), row.names = c(NA, -8L), class = data.frame) require(nlme) int = interaction(fa,fb) mod - lme(y ~ fa, random=list(~1|fb,~1|int))summary(mod) # resultado bate int - interaction(fa,fb)mod1 - lme(y ~ fa, random=list(~1|fb,~1|int), correlation=corCompSymm())summary(mod1) # resultado não bate Gostaria de saber se eu posso obter todas as seguintes estruturas no pacote nlme(): não estruturada (UN), Toeplitz (T) e Huynh-Feldt. Agradeço desde já por toda ajuda!!! Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Tue, 11 Nov 2014 06:26:37 -0200 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Matrizes de variâncias e covariâncias do pacote nlme São várias. Veja as respectivas documentações. help(corClasses) help(varClasses) À disposição. Walmes. Em 10/11/2014 21:19, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Boa noite pessoal, gostaria de saber quais as estruturas de matrizes eu posso obter combinando os argumentos correlation e weights nas funções lme e gls?? Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Matrizes de variâncias e covariâncias do pacote nlme
Agradeço mais uma vez pelas valiosas recomendações Walmes. Vou verificar os pontos que você mencionou. Mas fiquei com uma ultima dúvida. Eu consegui reproduzir as estimativas de componentes de variância da função lme4::lmer() com a função nlme::lme() usando o comando list. Mas não consegui inserir os argumento do termo random (lme) no termo corCompSymm() como mostrado a baixo. int - interaction(fa,fb)mod1 - lme(y ~ fa, random=list(~1|fb,~1|int), correlation=corCompSymm(form=list(~1|fb,~1|int))) # Um erro é mostrado acho que é por causa do comando list(). Não encontrei outra forma de declarar os dois fatores simultaneamente para a função corCompSymm(). Desde já agradeço. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Tue, 11 Nov 2014 21:49:30 -0200 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Matrizes de variâncias e covariâncias do pacote nlme Ao comparar 2 aplicativos certifique-se: 1) a documentação de ambos se refere ao mesmo modelo/estrutura/parametrização/suposição? 2) ambos estão utilizando o mesmo algorítimo de estimação, inclusive os mesmos critérios de parada/convergência? 3) simule dados de estrutura/modelo/parâmetros conhecida e estime pelos dois aplicativos. Das 3 estruturas que você mencionou, eu nunca vi nada relacionado com a terceira em implementações em R. À disposição. Walmes. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Ajuste de um semivariograma
Obrigado Luis Paulo. Luis Paulo Braga lpbr...@geologia.ufrj.br escreveu: Não entendi muito bem o que vc quer. Um exemplo de ajuste de variograma no R é o seguinte: *vgm1=variogram(Cd~1,locations=~Xloc+Yloc,data=prediction.dat)#variograma experimental* *f-fit.variogram(vgm1,vgm(0.8,Sph,2,0.5))#ajuste por regressão não linear com “chutes” iniciais para os #parametros* *ff-variogramLine(f,maxdist=2,n=500,min=1.0e-6)#geração de pontos do modelo* *plot(ff,col=blue)#plotando o modelo* *points(vgm1[,2],vgm1[,3], col=red)#plotando o variograma experimental* Em 7 de novembro de 2014 15:33, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Boa tarde pessoal, gostaria de saber como faço para manipular os pares de pontos no semivariograma ? Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Matrizes de variâncias e covariâncias do pacote nlme
Boa noite pessoal, gostaria de saber quais as estruturas de matrizes eu posso obter combinando os argumentos correlation e weights nas funções lme e gls?? Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Ajuste de um semivariograma
Boa tarde pessoal, gostaria de saber como faço para manipular os pares de pontos no semivariograma ? Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Multivariada no R
A bibliotecas 'candisc', 'MASS'. E es próprias funções da interface R (dos pacotes básicos) manova(), hclust(), dist(), heatmap() entre outras. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Fri, 17 Oct 2014 12:16:02 + From: andreolso...@yahoo.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Multivariada no R Pessoal,além da vegan, bpca qual outra biblioteca vocês me recomendariam para trabalhar com multivariada. obrigado André Oliveira Souza. Graduação em Matemática, mestrado em estatística aplicada.Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espirito Santo. IFES ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Ordenamento entre colunas
Uma maneira eficiente é usando o comando sort(). CMR: data = structure(c(-1.66349302275793, -0.403539151411636, 0.516649058010755, -0.865397435428028, -1.63106115127737, 0.447384559126393, 0.358753627652744, 1.37063744488393, -2.05266509010824, 0.275401420277465, 0.108863869878301, -2.16384597593086, -0.0623880074716112, -2.53944148204211, -0.638676968207138, 0.745172990984117, -0.0532422889211327, 0.142258016714619, 0.107653063251218, -1.63485690488819, 0.267489735777298, 2.047508898566, 0.0832815725148328, -1.07511434239112, -0.617184083885271, -0.516244522320962, 0.116793668607709, 0.53259467642, -1.17444573981863, -0.949328900774086, 0.239779971638603, 0.546629525756769, -0.734312492910245, 0.969199029461088, -0.522633843018996, -0.612561553842439, 0.886503685403391, -1.07550782265081, -0.63535224443624, -0.0422782730994563, -1.45974445219073, -0.894907315693235, 1.34540888027823, -0.810534599290594, 0.628206784743178, 0.252281570452009, -0.787880118033348, 1.10931326353184, -0.383857443960367, 1.76409085866641, 0.434287784285127, -0.190366301464796, 1.43393156950952, 0.806787611767122, -0.0321032304472207, -0.84788717168935, -0.356312686941328, 0.0435894473561876, 0.434792381996236, 0.400626652631123, 1.16318356603707, 0.379451847067719, -1.26822523607581, -0.361721724824044, 1.0523221212654, 0.352367613746594, -0.609472971018546, -0.812420815465766, 2.43523789894, -0.391462855654174, 0.296845796905594, -0.536401223275081, -2.00641803854186, 0.848782066049641, -1.43798404845549, -1.05407066630124, 0.20731149079089, 1.53737485548998, 0.626655970546005, -0.354365955205156), .Dim = c(10L, 8L), .Dimnames = list(NULL, c(A5, A3, A1, A4, A2, B2, B1, B3))) data[,sort(colnames(data))] Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Fri, 17 Oct 2014 12:12:55 + From: giselle_d...@yahoo.com.br To: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Ordenamento entre colunas Prezados, Como eu consigo ordenar as seguintes colunas de uma matriz no R : A5, A3, A1, A4, A2, B2, B1, B3 ?O objetivo é que elas fiquem assim: A1, A2, A3, A4, A5, B1, B2, B3 Utilizei o comando order, mas o ordenamento ocorre somente dentro das colunas e não entre como eu preciso. Desde já agradeço a atenção. Att, Giselle ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Ordenamento entre colunas
Tenta deixar o cabeçalho da seguinte forma F09 D07 F05 F04 D02 F03 F02 D05 D06 F01 D03 F06 D04 D08 D01 F07 D09 D10 F08. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Fri, 17 Oct 2014 15:19:03 + From: giselle_d...@yahoo.com.br To: paulo...@leg.ufpr.br; r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Ordenamento entre colunas Infelizmente não funcionou !!!Era assim: head(dados)SNPName F9 D7 F5 F4 D2 F3 F2 D5 D6 F1 D3 F6 D4 D8 D1 F7 D9 D10 F81 S1_10045 . . G G G G G G G G G G G G G G G G C2 S1_222471 C C C C C C C C T C C C C C C C C C C3 S1_222473 T T T T T T T T T T T T T T T T T T T4 S1_239225 G C G G G C G G G G C C G G G G G G G5 S1_623890 C C C C C C C C C C C C C C C C C C C6 S1_645264 T T T T T T T T T T T C T T T T T T T E ficou assim:dialelo- dados[,sort(colnames(dados))] head(dialelo) D1 D10 D2 D3 D4 D5 D6 D7 D8 D9 F1 F2 F3 F4 F5 F6 F7 F8 F9 SNPName1 G G G G G G G . G G G G G G G G G C . S1_100452 C C C C C C T C C C C C C C C C C C C S1_2224713 T T T T T T T T T T T T T T T T T T T S1_2224734 G G G C G G G C G G G G C G G C G G G S1_2392255 C C C C C C C C C C C C C C C C C C C S1_6238906 T T T T T T T T T T T T T T T C T T T S1_645264 Continuo aceitando sugestões Desde já agradeço Att, Giselle Em Sexta-feira, 17 de Outubro de 2014 11:23, Paulo Justiniano paulo...@leg.ufpr.br escreveu: se M é sua matrix neste casoM[,sort(colnames(M)]vai ordenar como desejadoOn Fri, 17 Oct 2014, Giselle Davi wrote: Prezados, Como eu consigo ordenar as seguintes colunas de uma matriz no R : A5, A3, A1, A4, A2, B2, B1, B3 ? O objetivo é que elas fiquem assim: A1, A2, A3, A4, A5, B1, B2, B3 Utilizei o comando order, mas o ordenamento ocorre somente dentro das colunas e não entre como eu preciso. Desde já agradeço a atenção. Att, Giselle ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] ADAPTAR UMA MATRIZ NO R
Boa noite pessoal,estou trabalhando com o desenvolvimento matricial dos efeitos dialélicos dos modelos de Griffing no R.No entanto, estou tendo dificuldade para adaptar a matriz CR (mostrada abaixo) para a matriz CR1 (mostrada abaixo) que codifica os efeitos recíprocos. Qualquer sugestão é bem vinda.diall = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 2L, 5L, 6L, 7L, 3L, 6L, 8L, 9L, 4L, 7L, 9L, 10L), .Label = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10), class = factor)mat - model.matrix(~-1+diall)mat[,colSums(mat)==1] = 0CR = matCR1 - structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(16L, 10L), .Dimnames = list(c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16), c(dia1, dia2, dia3, dia4, dia5, dia6, dia7, dia8, dia9, dia10)), assign = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), contrasts = structure(list(dia = contr.treatment), .Names = dia)) Att.Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] ADAPTAR UMA MATRIZ NO R
Obrigado pelas considerações Walmes. A tal matriz que enviei é só parte de uma matriz maior que codifica efeitos dos cruzamentos, blocos, capacidade de combinação geral, capacidade de combinação especifica, efeito materno e efeito recíproco. A matriz de incidência para os efeitos recíprocos codifica as diferenças observadas referentes a alternância dos genitores (fêmea-macho / macho-fêmea) e no caso os efeitos codificados por ela nos informa quem deve ser o genitor feminino e quem deve ser o masculino. Tal rotina que estou trabalhando foi implementada no SAS na dissertação http://www.cm.colpos.mx/2010/images/tesis/tesis_osval.pdf. Agora estou implementando em R. Minha dúvida na verdade era como formar contrastes entre os cruzamentos recíprocos na matriz CR do post. Desculpe pela falta de clareza na mensagem anterior. Agradeço pela ajuda. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Wed, 15 Oct 2014 23:56:23 -0300 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] ADAPTAR UMA MATRIZ NO R Bem, eu confesso que também não teria entendido nada se eu tivesse um tiquinho de conhecimento bem pequeno em experimento dialelo. Do pouco que sei e nas vezes que precisei, tive que gerar a matriz que você menciona e fiz isso a partir da informação dos genitores. O CMR abaixo mostra como obter uma matrix com 1 e -1 em cada linha para genitor I e genitor II (não deveria ser 0.5 e 0.5 haja visto que o genótipo resultante tem como esperado 0.5 do efeito aditivo de cada genitor? Enfim...). ## 5 genótipos. Dialelo completo. gen - gl(5,1) ## m - diag(nlevels(gen)) ## U - upper.tri(m) ## cbind(col(m)[U], row(m)[U]) da - as.data.frame(t(combn(5, 2))) ## Equivalente porém mais conveniente. names(da) - c(genitor1,genitor2) da - transform(da, genitor1=factor(genitor1, levels(gen)), genitor2=factor(genitor2, levels(gen))) levels(da$genitor1) levels(da$genitor2) X1 - model.matrix(~0+genitor1, da) X2 - model.matrix(~0+genitor2, da) X - X1-X2 da$y - rnorm(nrow(X)) lm(da$y~0+X) À disposição. Walmes. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Ajuda em análise de trilha (path analysis)
O pacote agricolae realiza a análise de trilha. Uma boa abordagem teórica você vai encontrar no livro Modelos Biométricos Aplicados ao melhoramento Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Mon, 16 Dec 2013 13:55:14 -0800 From: alisson...@yahoo.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Ajuda em análise de trilha (path analysis) Caro Colegas,Boa noite. Eu estou fazendo uma análise de trilha (path analysis) para um colega, entretanto nunca realizei uma análise desse tipo. Assim gostaria de uma ajuda de vocês com sugestões e materiais para consulta. Esse colega conduziu um experimento em fatorial com 4 níveis de solo e 6 níveis de amenizantes para metais pesados com cultivo de planta indicadoras. Ele determinou os metais nos solos e mediu os parâmetros de crescimento das plantas que foram cultivadas nesses solos com os amenizantes. Ele estudou relações causa e efeito com as variáveis mediadas. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Teste de Tukey em experimento fatorial
Uma opção mais simples seria utilizar o package ExpDes. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Mon, 16 Dec 2013 03:32:41 -0800 From: ari072...@yahoo.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Teste de Tukey em experimento fatorial Prezados, como faço para realizar o teste de Tukey neste experimento? Att, Ari Clecius Alves de LimaEngenheiro QuímicoMe. Engenharia Civil(085)87687786(085)33669042 # Experimento factorial completolibrary(qualityTools)exp1 = facDesign( k = 3 , replicates=2)names ( exp1 ) = c ( pH , Volume da amostra , Volume de eluição )units(exp1)=c(, mL, mL)lows ( exp1 ) = c (3, 250,2) highs ( exp1 ) = c (7.5,500,4) summary( exp1 )y=c(301194.3, 163197.05, 236720.8, 67201.2, 142970.3, 145672.55, 346889.9, 1470375.4, 156877.15, 74782.75, 129978, 144724.8, 67715.85, 74768.9, 149722.25, 168859.55)response(exp1)=data.frame(y)summary( exp1 )lm.1=lm(y~A*B*C,data=exp1)summary(lm.1) exp2=data.frame(exp1)A=c(exp2$A)B=c(exp2$B)C=c(exp2$C)y=(exp2$y)exp3=data.frame(cbind(A,B,C,y))exp3A=as.factor(A)B=as.factor(B)C=as.factor(C)exp3aov=aov(y~A*B*C,data=exp3)TukeyHSD(exp3aov) Error in TukeyHSD.aov(exp3aov) : nenhum fator no modelo ajustadoIn addition: Warning messages:1: In replications(paste(~, xx), data = mf) : non-factors ignored: A2: In replications(paste(~, xx), data = mf) : non-factors ignored: B3: In replications(paste(~, xx), data = mf) : non-factors ignored: C4: In replications(paste(~, xx), data = mf) : non-factors ignored: A, B5: In replications(paste(~, xx), data = mf) : non-factors ignored: A, C6: In replications(paste(~, xx), data = mf) : non-factors ignored: B, C7: In replications(paste(~, xx), data = mf) : non-factors ignored: A, B, C ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Histograma e boxplot juntos
Você pode fazer isso usando o comando par() para dividir a janela gráfica e depois usar as funções boxplot() e hist(). Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Sat, 14 Dec 2013 10:15:27 -0800 From: andreolso...@yahoo.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Histograma e boxplot juntos Pessoal,estava precisando de um pacote que plota o boxplot e um histograma juntos. Dei uma olhando a internet achei, mas não deu certo parece que o pacote Simple saiu dos repositórios. Tem um pacote que plota y~x e na margem de x e y plota o histograma. Estou precisando desta duas coisas eu sei que existe, mas não me lembro qual pacote faz estas dois gráficos. library(Simple)data(emissions)attach(emissions)simple.scatterplot(perCapita,CO2)title(GDP/capita vs. CO2 emissions 1999) obrigado ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Gráfico de pontos
Nos envie um CMR para que possamos tentar ajudá-lo. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Wed, 4 Dec 2013 08:12:29 -0200 From: alxc...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Gráfico de pontos Ao grupo r-br, por favor, eu criei um gráfico de pontos onde o tamanho e cor de cada um é baseado no quartil ao qual ele pertence, o trecho do código está abaixo. Entretanto estou com dificuldades de criar a legenda. Alguém poderia me orientar? attach(dadosT1) par(mfrow=c(1,1)) ramp-colorRamp(c(yellow, red))points(dadosT1,xlab=Coordenada X (coluna), ylab=Coordenada Y (linha), pt.divide=quartiles, col=rgb(ramp(seq(0,1, length=5)), max=255)) Desde já agradeço, Alex Santos ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Algoritmo de Fisher's Scoring para o procedimento REML
Bom dia pessoal, Estou trabalhando com a estimação de componentes de variância via modelos mistos usando o procedimento de máxima verossimilhança restrita (REML), no entanto, em minhas pesquisas pela internet encontrei o algoritmo de Fisher's Scoring para solução do seguinte modelo: y = Xa + Zg + e em que: y é o vetor de dados a e g são vetores de efeito fixo e aleatório respectivamente. X e Z são as matrizes de incidência dos efeitos fixo e aleatório respectivamente. Gostaria de poder adicionar mais efeitos aleatórios no modelo como por exemplo y = Xa + Zg + Wp + e, e encontrar as soluções dos componentes de variância pelo algoritmo de Fisher's Scoring. Alguém me indica algum material onde possa encontrar algo a respeito? Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Plotar média de dois grupos
Talvez a função lattice::barchart() seja o que você esta procurando. De uma olhada no link: http://ridiculas.wordpress.com/2011/05/21/fatorial-com-desdobramento-da-interacao-grafico-e-tabela-de-medias/ Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Wed, 4 Dec 2013 06:08:25 -0800 From: andreolso...@yahoo.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Plotar média de dois grupos Pessoal,dei uma pesquisada e não consegui plotar o que desejo. Estou com os comandos. require(gdata)dados-read.xls(multinacional.xls, encoding = latin1)str(dados)attach(dados)library(doBy)require(lattice)xyplot(salario~escolaridade|sexo) summaryBy(salario~escolaridade|sexo,dados,FUN=c(mean)) escolaridadesexo salario.mean 1 médioFeminino 12.8 2 médio Masculino 10.77500 3 pós-graduaçãoFeminino 32.0 4 pós-graduação Masculino 33.28000 5superiorFeminino 21.67000 6superior Masculino 25.13478 Como plotar em um mesmo gráfico os gráficos de barras das médias dos três escolaridade que tenho por sexo um com cada cor? Tem como fazer isto de forma automática ou vou ter que criar os dados em um data frame para plotar? obrigado ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Parcela subdividida: problema na declaração do erro associado a parcela
Mesmo com o aviso use o comando summary(m0) e o quadro será formado. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Wed, 4 Dec 2013 18:20:19 -0200 From: joseclaudio.fa...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Parcela subdividida: problema na declaração do erro associado a parcela Pessoal, O CMR abaixo é da apostila do Walmes. #-- # dados ps - expand.grid(BL=c(I, II, III, IV), ES=c(e1, e2), AD=c(a1, a2, a3)) ps$alt - c(58,77,38,52,44,59,30,34,85,90,73,77,59,68,45,55,66,93,67,64,54,75,53,48) str(ps) # #-- # análise de variância (erro A = BL x AD) m0 - aov(alt ~ BL + AD + Error(BL:AD) + ES + AD:ES, data=ps) # termo Error para declarar erro A m0 - aov(alt ~ BL + AD * ES + Error(BL:AD), data=ps) # o mesmo com fórmula comprimida summary(m0) #-- Encontrei muitos outros exemplos (na web e em livros) com essa notação: Error(BL:AD) Contudo o R (3.0.2patched) não está aceitando essa notação! Fornece sempre a mensagem de erro: In aov(alt ~ BL + AD + Error(BL:AD) + ES + AD:ES, data = ps) : modelo Error() é singular Contudo o R está aceitando esse modelo: m0 - aov(alt ~ BL + AD + Error(BL/AD) + ES + AD:ES, data=ps) Mas nesse caso o resíduo A (associado a bloco e parcela - AD) não fica correto. Alguém que anda trabalhando com esses modelos poderia ajudar? Ab, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)9100.7351 - TIM 55(73)8817.6159 - OI ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Selecionar as variáveis físicas e químicas que melhor correlacionam com uma variável visual em experimento em fatorial 2x3
De uma olhada na análise de correspondência, ela esta implementada no pacote MASS. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Tue, 19 Nov 2013 15:21:49 -0800 From: alisson...@yahoo.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Selecionar as variáveis físicas e químicas que melhor correlacionam com uma variável visual em experimento em fatorial 2x3 Caro Colegas, Eu analisei, em laboratório, 15 propriedades físicas e 10 propriedades químicas do solo e, no campo, 1 score com nota de 1 a 5, relacionado com atributos visual e indicando a qualidade do solo, essas analise foram feitas em um experimento em fatorial com 3 solo (LV, CX e NV) e com 3 profundidade (0-20, 20-40, 40-60 cm). Eu gostaria selecionar as variáveis físicas e químicas, medidas em laboratório, que melhor relacionam com esse score visual. Assim. gostaria de algum sugestão de vocês de como poderia fazer essa análise. Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Interface em R
Boa tarde pessoal, Andei dando uma olhada no pacote tclk e suas funcionalidades na criação de interfaces. No entanto, gostaria de saber se existe algum plugin que possa ser instalado no computador para que a interface pudesse ser construida via netbeans. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Substituir NA em data.frame 1 por dados data.frame 2
Alison, da uma olhada se os códigos abaixo resolvem.
c1-read.table(clima1)
c2 -read.table(clima2)
for(k in 1:(ncol(c1)-3)){
for(i in 1:nrow(c1)){
for(j in 1:nrow(c2)){
if(c1[i,1]==c2[j,1] c1[i,3]==c2[j,3] is.na(c1[i,(k+3)])){
c1[i,(k+3)]-c2[j,(k+3)]
break
}
}
}
}
Att.
Tiago.
# Tiago de
Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
#
Date: Thu, 17 Oct 2013 17:07:19 -0700
From: alisson...@yahoo.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Substituir NA em data.frame 1 por dados data.frame 2
Segue recorte das data.frame 1 (normais.clima) e 2 (inmet.mensal).
Obrigado. Alisson Lucrécio da Costa
On Thursday, October 17, 2013 8:54 PM, Tiago Souza Marçal
tiagosouzamar...@hotmail.com wrote:
Envie um CMR para podermos ajuda-lo. att.
Tiago.# Tiago
de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
# Date: Thu,
17 Oct 2013 16:34:44 -0700From: alisson...@yahoo.com.brto:
r...@listas.c3sl.ufpr.brSubject: [R-br] Substituir NA em data.frame 1 por dados
data.frame 2Caro Colegas da r-br,Boa noite.Eu tenho 2 data.frame, uma com dados
originais publicado e outra como dados gerados a partir de
dados de estação climatológicas do Brasil. A primeira data.frame tem alguns
NA, os quais preciso substituir pelos valores calculado, assim preciso fazer
uma função que encontre o valor e substitua pelo valor na data.frame 2,
entretanto essas duas data.frame não tem e numero de linha e ordem.Obrigado.
Alisson Lucrécio da Costa___
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[R-br] Remover NULL de um output da função lapply
Bom dia pessoal,
gostaria de saber como remover os NULL do CMR abaixo.
x=c(b,a,c)
u=lapply(1:3,function(i){
if(x[i]==a){
1}
}
)
att.
Tiago.
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[R-br] Subscrito em textos
Boa noite, gostaria de saber se ao escrever um texto em R é possível representar 2^ns na forma 2ns. CMR cat(\n 2^ns \n) Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Produção de Gráficos: PCA
Vinícius, já usei o pacote scatterplot3d para plotar gráficos de variáveis canônicas em 3D. Segue um CMR: dat - data.frame(x=1:10, y=1:10, z=1:10, label=letters[1:10]) library(scatterplot3d) s3d - scatterplot3d(dat$x, dat$y, dat$z) text(s3d$xyz.convert(dat$x, dat$y, dat$z), labels=dat$label, pos=1) Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Thu, 26 Sep 2013 09:24:17 -0300 From: vinynegre...@gmail.com To: listas.c3sl.ufpr.br: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Produção de Gráficos: PCA Prezados, Estou começando a aplicar PCA usando R, mas anteriormente o fazia no Statistica. Tenho utilizado os pacotes 'psych' e 'GPArotation' pois prefiro utilizar rotações em Varimax, porém os gráficos não ficaram ao meu gosto. Depois de algum esforço, eu consegui trocar as labels do meu gráfico, mas além disto gostaria de retirar o histograma, e plotar gráficos da dispersão das amostras(labels) e das variáveis entres os componentes, em 2D e 3D. Segue meu CMR. Desde já, obrigado. # instalando os pacotes install.packages(psych) install.packages(GPArotation) #carregando require (psych) install.packages (GPArotation) #entrada de dados (https://www.dropbox.com/s/l8v9g6qub27oig0/enqalog.xls) read.table(file = clipboard, header = TRUE, sep = \t, dec = ,)- d #entrada de dados1 read.table(file = clipboard, header = TRUE, sep = \t, dec = ,)- enqa enqa - d attach(d) names(d) summary(d) #PCA(Varimax)/psych dpca-principal(d[,2:16], nfactors=3, rotate=varimax, scores=T) #Scree plot plot (dpca$values, type=b, ylab=Eigenvalue, xlab=Component, lab=c(5,5,5)) #biplot biplot(dpca, labels=d[,1], cex=c(0.75,1)) Vinícius -- -- Atenciosamente, VINÍCIUS LIONEL MATEUS, M.Sc (http://lattes.cnpq.br/6501001637020665) Bacharel em Química - Doutorando em Química Analítica Laboratório de Química Atmosférica - Departamento de Química Pontifícia Universidade Católica - Rio de Janeiro (PUC - Rio) Rua Marquês de São Vicente, 225, Gávea - Rio de Janeiro, RJ - Brasil CEP.: 22451-900 Telefone: (+55) (21) 3527-1327 (+55) (21) 9358-8051 www.puc-rio.br ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Fatorial desbalanceado em bloco
Walmes, ao analisar um experimento similar me deparei com a seguinte situação a função popMeans() ajusta as médias pelo número de repetições existentes e na hora da obtenção das médias marginais ela usa a média aritmética, já o pacote TukeyC utiliza como estimador das médias marginais a média ponderada. Qual o melhor estimador para as médias marginais a média aritmética ou a média ponderada? Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Fri, 13 Sep 2013 13:30:50 -0300 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Fatorial desbalanceado em bloco Sendo o R uma linguagem de programação não se aplica essa de o R faz. O que você precisa pode ainda não ter sido implementado. No caso é possível fazer o que você pede. Consulte a documentação do pacote doBy, em especial a função popMeans(). À disposição. Walmes. == Walmes Marques ZevianiLEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paranáfone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszevianitwitter: @walmeszevianihomepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218== ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Obtendo valores de x a partir de valores determinados y em uma equação de segundo grau
Alisson, se você não quer usar a solução algébrica você pode encontrar a
solução por tentativas.
Ex:
fx=function(x){-0.0042*x^2 + 1.3248*x}
x=seq(99,99.1,0.01)
y=fx(x)
plot(y~x)
abline(h=90)
abline(v=99.02)
Att.
Tiago.
# Tiago de
Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
#
Date: Thu, 12 Sep 2013 06:53:54 -0700
From: alisson...@yahoo.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Obtendo valores de x a partir de valores determinados y em uma
equação de segundo grau
Caro Colegas da lista r-br,
Bom dia.
Eu estou fazendo um trabalho de fertilidade do solo e preciso obter o
níveis de potássio (K) do solo que correspondem a 90, 70 e 50 % da
produtividade relativa (PR), eu fiz um ajuste para de uma equação do segundo
grau (PR = -0.0042 K^2 + 1.3248 K ), assim para obter o K no solo posso fazer
pelo delta, mas não queria resolver por delta para encontrar os valores de K da
função, assim alguém saberia me dizer se existe outro foma?
Obrigado.
Alisson Lucrécio da Costa
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Re: [R-br] matematica com o R
Samuel,
não utilizo a função optim portanto, não sei o procedimento que ela usa. Uma
maneira seria as tentativas baseadas em aproximações gráficas embora ao se
igualar a segunda derivada a zero a solução seria analítica (x = -b^2/2*b).
Outra sugestão é você dar uma olhada na função while() e organizar um código
que procure o valor de x que zere a segunda derivada em um intervalo de -0.01
y'' 0.01
Ex:
x=seq(0.1,2,0.01)
fx=function(x){exp(3.3-1.2/x)}
fx2 - function(x) exp(3.3 - 1.2/x) * (-1.2 * (2 * x)/(x^2)^2) + exp(3.3 -
1.2/x) * (-1.2/x^2) * (-1.2/x^2)
y=fx(x)
y2=fx2(3.3,-1.2,x)
plot(y~x)
par (new=T)
plot(y2~x,axes=F)
axis(4)
abline(h=0)
abline(v=0.6)
Att.
Tiago.
# Tiago de
Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
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#
Date: Thu, 12 Sep 2013 09:17:39 -0700
From: samuk...@yahoo.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] matematica com o R
Caros, boa tarde!Alguém poderia por gentileza auxiliar com a duvida relativa ao
codigo abaixo?
# RCMRy - expression(exp(a+b/x))D(y,'x') #primeira derivadady.dx -
expression(-(exp(a + b/x) * (b/x^2))) #resultado da primeira derivada
D(dy.dx, 'x') #segunda derivadafx - function(a,b,x) exp(a + b/x) * (b * (2 *
x)/(x^2)^2) + exp(a + b/x) * (b/x^2) * (b/x^2) #resultado da segunda
derivadaoptim(c(1), fx, a=3.3,b=-1.2,method=BFGS)
# A ideia é encontrar o ponto de inflexao para o modelo representado pelo
objeto y. Por definição o ponto de inflexao é o valor de x que faz a segunda
derivada da # função igual a zero. Montei este rcmr porém não estou certo se a
otimização de fx está igualando a zero, até porque os resultados não estão
condizentes.# Gostaria se possível também de alguma dica de algum livro que
tenha dicas de cálculos matemáticos com o R pois gostaria de adaptar algumas
rotinas do maple # para o R, até porque recentemente precisei isolar um termo
de um modelo não linear que manualmente não é tão simples e gostaria de fazer
estes calculos com o # R e nao mais com o maple. Segue um exemplo simples de um
calculo que gostaria de reproduzir com o R
y = b0 + b1xb0=?b0 = y - b1x # esta é a saída que gostaria de
encontrar com o R. Ate cheguei a ver um pouco sobre o pacote Ryacas mas sem
muito sucesso.
Ja deixo aqui meus agradecimentos
Samuel P. C. Carvalho
Engº Florestal [UFLA]Mestre em Ciências Florestais [UFLA]Doutor em Recursos
Florestais [ESALQ/USP]=
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Re: [R-br] ExpDes
Natalia, envie um CMR para tentarmos ajuda-la Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Wed, 14 Aug 2013 15:50:42 -0300 From: nsmbarr...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] ExpDes Prezados, Ao rodar a programação notei ainda que os g.l do bloco estão errados (tenho 3 blocos, logo g.l=2) rm(list=ls())dados - read.table(G:/dados.txt, head=T) head(dados) __ produtividade hibrido populacao bloco zona 1 101 30A3760 112 131 30A3760 113 138 30A3760 11 4 128 30A3760 115 101 30A3760 11689 30A3760 11 library(ExpDes) fat3.rbd(dados$hibrido, dados$populacao, dados$zona, dados$bloco, dados$produtividade, sigT=0.1, sigF=0.1) Legend:FACTOR 1: F1 FACTOR 2: F2 FACTOR 3: F3 Analysis of Variance Table DFSS MS Fc PrFcBlock 259.4167 7279.352 28.060460.1136 1 F13. 1149513.560 383171.18652 1551.6394 0F24.3798747.062 949686.765453845.7259 0F32. 714265.142 357132.57111 1446.1968 0 F1*F212. 202406.00116867.16674 68.3030F1*F3 6. 13306.876 2217.81275 8.981 0F2*F3 8. 23012.734 2876.59176 11.6487 0 F1*F2*F3 24.62022.7212584.28002 10.4650Residuals 15563. 3843221.113 246.94603Total 15622. 9813774.560 628.20219 Erro em shapiro.test(anava$residuals) : sample size must be between 3 and 5000 Em 14 de agosto de 2013 14:37, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Natalia ente nos códigos da função e edite esta parte retirando o teste de Shapiro wilk. Depois e só colar a função no R e utilizar a função que você tinha mostrado. fat3.rbd(hibrido, populacao, zona, bloco, Prod, sigT = 0.1, sigF = 0.1) # A propósito o alpha que você esta utilizando é de 10%. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Wed, 14 Aug 2013 14:03:08 -0300 From: nsmbarr...@gmail.com To: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] ExpDes Boa tarde prezados, estou fazendo uma anova com 3 fatores e bloco fat3.rbd(hibrido, populacao, zona, bloco, Prod, sigT = 0.1, sigF = 0.1) No entanto, a analise nao 'e finalizada pois o teste de shapiro nao 'e aplicado para amostras maiores que 5000. Por favor o que devo fazer para utilizar esse pacote? Att -- Natália da Silva Martins Contato: (19) 8306-4743 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestra em Ciências: Area de concentração: Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Doutoranda em Ciências: Area de concentração: Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin
[R-br] Função de busca em um arquivo de dados
Prezados, estou com uma dificuldade de criar uma função de busca em um data.frame(). A situação é a seguinte eu tenho um arquivo de dados com rótulos identificados em ordem crescente de 1 a n. carac id 1 A1 1 2 A2 2 3 A3 3 4 A4 4 5 A5 5 6 B2 6 7 B3 7 8 C4 8 9 C8 9 10C9 10 Agora eu sorteei 3 números aleatórios das identificações (9,3,5). Gostaria que esta função capturasse os rotulos da coluna carac na sequencia dos números sorteados aleatoriamente (9,3,5) CMR: carac=c(A1,A2,A3,A4,A5,B2,B3,C4,C8,C9) id=1:10 id2=c(9,3,5) dados=data.frame(carac,id) dados Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Função de busca em um arquivo de dados
Obrigado Manuel.
Depois também acabei adaptando um algoritmo.
resp=numeric(0)
for(j in 1:3){
for(i in 1:10){
t=if(id2[j]/dados[i,2]==1){as.matrix(dados[i,1])}
resp=c(resp,t)
}
}
resp
att.
Tiago.
# Tiago de
Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
#
Date: Tue, 13 Aug 2013 08:10:02 -0300
From: mcz@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Função de busca em um arquivo de dados
Vê se resolve.
Sorteio = c(9, 3, 5)
dados$caracu[Sorteio ]
Em 13/08/2013 03:09, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com
escreveu:
Prezados,
estou com uma dificuldade de criar uma função de busca em um data.frame().
A situação é a seguinte eu tenho um arquivo de dados com rótulos identificados
em ordem crescente de 1 a n.
carac id
1 A1 1
2 A2 2
3 A3 3
4 A4 4
5 A5 5
6 B2 6
7 B3 7
8 C4 8
9 C8 9
10C9 10
Agora eu sorteei 3 números aleatórios das identificações (9,3,5).
Gostaria que esta função capturasse os rotulos da coluna carac na sequencia dos
números sorteados aleatoriamente (9,3,5)
CMR:
carac=c(A1,A2,A3,A4,A5,B2,B3,C4,C8,C9)
id=1:10
id2=c(9,3,5)
dados=data.frame(carac,id)
dados
Att.
Tiago.
# Tiago de
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[R-br] Função str()
Prezados, andei dando uma olhada na saída do str() do exemplo da função aov() e fiquei com uma dúvida. Como posso definir a saída de dados para que eles apareçam de forma resumida no formato Named num como mostrado abaixo: List of 13 $ coefficients : Named num [1:13] 54.88 1.71 1.68 -1.82 -1.01 ... ..- attr(*, names)= chr [1:13] (Intercept) block1 block2 block3 ... $ residuals: Named num [1:24] -1.39 4.47 -5.03 1.94 -5.3 ... ..- attr(*, names)= chr [1:24] 1 2 3 4 ... $ effects : Named num [1:24] -268.83 4.84 8.23 -12.63 -9.07 ... Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] R em pesquisa operacional
Rodolfo, da uma olhada na documentação do pacote boot. No link abaixo você vai encontrar exemplos resolvidos pelo método simplex no pacote boot. http://www.google.com.br/url?sa=trct=jq=esrc=sfrm=1source=webcd=1ved=0CC0QFjAAurl=http%3A%2F%2Fprope.unesp.br%2Fxxii_cic%2Fver_resumo.php%3Farea%3D100046%26subarea%3D13149%26congresso%3D30%26CPF%3D00605039046ei=cs0EUtqSNKjc4APgloB4usg=AFQjCNEFO6m3Vz6e3IYoMvC6iu2WGXlSQQsig2=jP8Es3tTm4PBErOnNGW8-Abvm=bv.50500085,d.dmg Outra opção é você usar o pacote lpSolveAPI que tem um tutorial em http://pedrounb.blogspot.com.br/2012/11/programacao-linear-no-r.html e mais informações podem ser encontradas na documentação do pacote. Mais informações sobre pesquisa operacional no R podem ser encontradas em http://cran.r-project.org/web/views/Optimization.html Espero ter contribuído. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Fri, 9 Aug 2013 07:19:18 -0300 From: zhushaz...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] R em pesquisa operacional -BEGIN PGP SIGNED MESSAGE- Hash: SHA256 Bom dia, alguém tem material específico do R para trabalhar com otimização e tomada de decisão? De fato, algum material onde se compara o uso do R no lugar do Solver®? Att - -- - --- Rodolfo T. da Silva -BEGIN PGP SIGNATURE- Version: GnuPG v2.0.20 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Thunderbird - http://www.enigmail.net/ iF4EAREIAAYFAlIEwiYACgkQSYE5fAFtI6skegD+I9ed8J3HyPSWkPwsjxK3fzlt FzHbk7wDhTuYlrHwVPoA/3NkvC3mr49CAasl+ZjzSFOjj0+cXGMUoE6OsNcn7kX7 =BxU5 -END PGP SIGNATURE- ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Popular um data.frame em dois loops
Tente usar o for().
Att.
Tiago.
# Tiago de
Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação
Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas
#
Date: Fri, 9 Aug 2013 08:44:26 -0700
From: thi_vel...@yahoo.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Popular um data.frame em dois loops
Pessoal,
Estou fazendo um loop para variáveis (tair, tsoil, biomass, lai) e dentro desse
loop estou fazendo outro com anos (2005, 2006, 2007) etc.
Ao final dos dois loops, gostaria de ter um data.frame assim:
d var date value1 tair 2005-01-01102 tair 2006-01-01203 tair
2007-01-01304 tair 2008-01-01405 tsoil 2005-01-01 10
6 tsoil 2006-01-01 207 tsoil 2007-01-01 308 tsoil 2008-01-01 40etcetc
Qual é o meio mais eficiente para fazer isso?
Talvez até exista uma forma mais rápida de fazer isso do que usar loops, então
qualquer sugestão será muito bem-vinda.
Segue o CMR (que não está eficiente, é só para fins de compreensão do problema):
-library(raster)
# Create random rasterstack and set namesr1 - r2 - r3 - r4 - raster(nrow =
50, ncol = 100)r1[] - 10r2[] - 20r3[] - 30r4[] - 40s - stack(r1, r2, r3,
r4)
# Set yearsnames(s) - c('X2005.01.01', 'X2006.01.01', 'X2007.01.01',
'X2008.01.01')
# Create random variable
namesvars - c('tempsoi', 'tempair', 'biomass', 'lai')
for( i in 1:length (vars) ) { # Loop over years (names), extract
raster average values and put in the data.frame d - NULL for ( j
in 1:length (names(s)) ) {var - vars[i]date -
format (as.Date (gsub (pattern='\\.', replacement='-', substring
(names(s)[j],2value - mean (getValues (s[[j]]), na.rm = TRUE)
d - rbind (d, data.frame(var, date, value)) } # end loop
over names } # end
loop vars
-
Saudações,
--
Thiago V. dos Santos
PhD student
Land and Atmospheric Science
University of
Minnesota
http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
Phone: (612) 323 9898
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Re: [R-br] Modelo não linear
Obrigado pela dica Augusto, eu conheço a nls(), entretanto, o problema são os chutes iniciais em start=list(), pois, um ajuste pode existir mas dependendo dos chutes iniciais não se consegue a convergência. Com outros modelos que tenho trabalhado a linearização tem dado certo para estimar os chutes iniciais, mas não consegui linearizar este modelo. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Wed, 31 Jul 2013 00:23:26 -0400 From: ribas@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Modelo não linear Opa, eu não entendo muito bem de regressão não linear, mas talvez a função nls possa fazer o que você tem interesse. Tem um livro muito bom da serie use R explicando como usar, vale a pena a consulta caso a função nls se encaixe nas suas necessidades. http://www.amazon.com/Nonlinear-Regression-R-Use/dp/0387096159 Fora isso tem muitos manuais pela internet também. Mas mais ou menos é isso que você quer, ajustar esse parâmetros aos dados? #exemplo tempo=1:12 y=c(8.81790512674818,8.83724295007473,8.84652971800299,8.85625726150244,8.86597721721444,8.86647798384983, 8.87625601672093,8.89503521901844,8.91478268591035,8.93378059512321,8.97371264813241,9.00355384268932) plot(y~tempo) modelo-nls(y~A*(1-B*exp(-C*tempo)) + exp(D + E*(tempo-tempo[1])),start=list(A=1,B=1,C=1,D=1,E=1))summary(modelo) curve(coef(modelo)[1]*(1-coef(modelo)[2]*exp(-coef(modelo)[3]*x)) + exp(coef(modelo)[4] + coef(modelo)[5]*(x-1)),1,12, add=T,lty=2,col=red) ###Mas é um bocado de parâmetros para 12 pontos. Bem, espero ter ajudado. Em 30 de julho de 2013 19:39, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Boa noite pessoal, estou querendo modelar uma curva de embebição de sementes através do seguinte modelo não linear: y=A*(1-B*exp(-C*tempo)) + exp(D + E*(tempo-t0)) t0 = 6 Gostaria de saber se existe um procedimento parecido com o do pacote manipulate do Rstudio no R para ajustar este modelo. CMR tempo=1:12 y=c(8.81790512674818,8.83724295007473,8.84652971800299,8.85625726150244, 8.86597721721444,8.86647798384983,8.87625601672093,8.89503521901844,8.91478268591035,8.93378059512321,8.97371264813241,9.00355384268932) Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Grato Augusto C. A. Ribas Site Pessoal: http://recologia.com.br/Github: https://github.com/Squiercg Lattes: http://lattes.cnpq.br/7355685961127056 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Modelo não linear
Boa noite pessoal, estou querendo modelar uma curva de embebição de sementes através do seguinte modelo não linear: y=A*(1-B*exp(-C*tempo)) + exp(D + E*(tempo-t0)) t0 = 6 Gostaria de saber se existe um procedimento parecido com o do pacote manipulate do Rstudio no R para ajustar este modelo. CMR tempo=1:12 y=c(8.81790512674818,8.83724295007473,8.84652971800299,8.85625726150244, 8.86597721721444,8.86647798384983,8.87625601672093,8.89503521901844,8.91478268591035,8.93378059512321,8.97371264813241,9.00355384268932) Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Eliminar o nome das colunas de um data.frame()
Boa noite pessoal, gostaria de saber se é possível dar nomes em colunas alternadas de um data.frame() ou apagar o nome das colunas. CMR: x-c(a,a,a,a) y-c(3,3,3,3) data.frame(x,y) x y 1 a 3 2 a 3 3 a 3 4 a 3 # Este é o output normal do R Gostaria de saber se posso substituir os nomes x e y por somente um como por exemplo col1. col1 1 a 3 2 a 3 3 a 3 4 a 3 Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Fatorial duplo com tratamento adicional
Aparentemente não vejo nenhum problema mas envie um CMR que podemos tentar ajuda-la. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # From: apcmade...@hotmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Thu, 18 Jul 2013 18:52:49 + Subject: Re: [R-br] Fatorial duplo com tratamento adicional A função fat2.ad.dic com o pacote ExpDes.pt funcionou corretamente, com os dados e rotina que estão no help. Porém, seguindo a mesma rotina, quando entro com os meus dados pss - read.table(Fusarum7.txt, header=TRUE) str(pss) pss - transform(pss, T=factor(T), C=factor(C)) str(pss) respAd-c(80,80,80,80,80,80,80,80) require(ExpDes.pt) fat2.ad.dic(T, C, Rep, Resp, respAd, quali = c(TRUE, FALSE), mcomp = tukey, fac.names = c(Tortas, Concentracao), sigT = .05, sigF = .05) aparece a seguinte mensagem: .str(pss) 'data.frame': 48 obs. of 4 variables: $ T : Factor w/ 6 levels A,B,C,D,..: 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 ... $ C : Factor w/ 2 levels 10,40: 1 1 1 1 2 2 2 2 1 1 ... $ Rep : int 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 ... $ Resp: num 36 40 42.5 40 35 70 80 80 80 80 ... Legenda: FATOR 1: Tortas FATOR 2: Concentracao Error in data.frame(TRAT2 = col1, REP = col2, RESP2 = col3) : arguments imply differing number of rows: 104, 56 Alguma idéia do que pode estar ocorrendo? Agradeço Ana Paula From: apcmade...@hotmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: RE: [R-br] Fatorial duplo com tratamento adicional Date: Thu, 18 Jul 2013 18:14:48 + Boa tarde! De fato a função com o pacote ExpDes funcionou corretamente. Muito Obrigada! Ana Paula Date: Thu, 18 Jul 2013 10:44:33 -0700 From: elisa.henn...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Fatorial duplo com tratamento adicional Oi Ana, utilize a versão em português do pacote - ExpDes.pt Vai funcionar corretamente Elisa 2013/7/18 ana paula coelho madeira apcmade...@hotmail.com Boa tarde, Tentei rodar o exemplo que encontra-se no help da função fat2.ad.dic, require(ExpDes) data(ex8) attach(ex8) data(secaAd) fat2.ad.dic(inoculante, biodiesel, vaso, seca, secaAd, quali = c(TRUE,FALSE), mcomp = tukey, fac.names = c(Inoculante, Biodiesel), sigT = 0.05, sigF = 0.05) no entanto, aparece a suguinte mensagem: Error: could not find function fat2.ad.dic. Agradecida Ana Paula From: apcmade...@hotmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Fatorial duplo com tratamento adicional Date: Thu, 18 Jul 2013 01:36:01 + Boa noite! Tenho uns dados de um experimento em DIC em fatorial duplo com um tratamento adicional. Como devo entrar com os dados no R para usar a função fat2.ad.dic() do pacote ExpDes. Desde já agradeço Ana Paula ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Profa. Elisa Henning DMAT/CCT/UDESC (47) 4009 7978 http://www.joinville.udesc.br/portal/professores/elisa/ Um abismo. Uma ponte a ser construída. Não somente como um monumento, mas para permitir que outros prossigam com menos dificuldade.(Phillip Ross) ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Arranjo com 3 fatores
Bom dia pessoal, estou tentando montar um arranjo com os fatores inoculo, genótipo e tempo. Acho que não posso analisar por uma análise de fatorial triplo pelo fato das avaliações serem realizadas tempos diferentes. Alguma sugestão? Agradeço desde já pela ajuda. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Plotagem 3D
Bom dia pessoal, estou querendo plotar um gráfico tridimensional com os escores canônicos que estão abaixo: dados-structure(list(V1 = c(-18.7175, -20.1915, -21.1557, -17.5965, -18.142, -13.857, -18.0086, -14.0436, -12.571), V2 = c(38.3004, 36.4955, 34.4964, 39.9303, 40.4819, 38.3763, 34.9869, 35.0723, 35.9022), V3 = c(-20.9237, -20.12, -17.8586, -17.0183, -17.9961, -20.8457, -19.5551, -17.5703, -18.7393)), .Names = c(V1, V2, V3), class = data.frame, row.names = c(NA, -9L)) require(lattice) zlab - VC2 xlab - VC1 ylab - VC3 wireframe(V2~V1*V3, scales=list(arrows=FALSE), zlab=list(zlab, rot=90), xlab=list(xlab, rot=24), ylab=list(ylab, rot=-37),xlim=c(-12,-20),ylim=c(-18,-22),type=c(on,bottom)) No entanto, não estou conseguindo fazer com que os pontos apareçam no gráfico e gostaria de eliminar as 3 arestas frontais. Agradeço desde já pela ajuda. att. Tiago # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Anova de fatorial duplo em DBC (um fator quantitativo)
Você não enviou um CMR mas desconfio que a ordem de entrada dos seus dados esta incorreta. Tente usar o seguinte comando: fat2.dbc(fator1,fator2,bloco,resposta,quali=c(T,F),mcomp=tukey, fac.names=c(fator1,fator2), sigT=0.05,sigF=0.05) No exemplo acima eu considerei que o seu fator 2 é quantitativo, agora é só você substituir o nomes do seu arquivo de dados no comando a cima. De uma olhada na documentação do pacote ExpDes. Espero ter ajudado. Att. Tiago. Date: Sun, 26 May 2013 23:35:47 -0300 From: andreia.vie...@cnp.ifmt.edu.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Anova de fatorial duplo em DBC (um fator quantitativo) Boa noite, Sou uma iniciante do R e não estou conseguindo rodar anova de um experimento fatorial duplo em DBC, sendo que um dos fatores é quantitativo. Estou utilizando a função fat2.dbc e seguindo as instruções da descrição do pacote, mas aparece esta mensagem: fat2.dbc(clorofila1,blocos,metodos, doses, quali=c(TRUE, FALSE),mcomp = tukey, fac.names = c(F1, F2), sigT = 0.05, sigF = 0.05) Legenda:FATOR 1: F1 FATOR 2: F2 Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : arguments imply differing number of rows: 5, 144 Muito obrigada Andreia ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Aumentar letras do plot glm
Normalmente quando eu trabalho com o plot()antes eu chamo a função par()e dentro dela eu uso o comando cex (ex: cex=2). Att. Tiago. Date: Sun, 26 May 2013 18:40:41 -0300 From: renataecol...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Aumentar letras do plot glm Boa noite a todos, qual o comando pra aumentar as letras do plot de um glm? Eu utilizei os pacotes MASS, MuMln e nlme. Obrigada Renata ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Aumentar letras do plot glm
Envie um CMR e tentaremos ajuda-la a resolver o problema. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Mon, 27 May 2013 11:33:49 -0300 From: renataecol...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Aumentar letras do plot glm Pois é, usei este comando (cex) mas os pontos do plot aumentaram. Depois fui no site do cran e vi outras opções (abaixo), testei todas mas só o título aumentou.cex=1.5 Character expansion. The value is the desired size of text characters (including plotting characters) relative to the default text size. cex.axiscex.labcex.main The character expansion to be used for axis annotation, x and y labels, mainand sub-titles, respectively De qualquer forma, obrigada. Renata 2013/5/27 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com Normalmente quando eu trabalho com o plot()antes eu chamo a função par()e dentro dela eu uso o comando cex (ex: cex=2). Att. Tiago. Date: Sun, 26 May 2013 18:40:41 -0300 From: renataecol...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Aumentar letras do plot glm Boa noite a todos, qual o comando pra aumentar as letras do plot de um glm? Eu utilizei os pacotes MASS, MuMln e nlme. Obrigada Renata ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] codigo de leitura de dados
Será que o erro pode estar associado com o operador % acompanhado dos números na terceira coluna. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Mon, 27 May 2013 15:43:36 +0100 From: alanaro...@sapo.pt To: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] codigo de leitura de dados Boa tarde, as variaveis tem o mesmo tamanho não percebo o erro: dados: 2sem2011 custosnaopanakeia hgbnaopanakeia JUL 29,41 75,9% AGO 32,28 77,5% SET 26,88 79,4% OUT 25,94 76,8% NOV 35,27 76,1% DEZ 24,50 78,3% codigo: setwd(I:/dados não Panakeia e Panakeia) dados-read.table(DadosnãoPanakeia2sem2011.csv,header=TRUE, comment.char = %,dec=,,sep=;) dados wilcox.test(dados$custosnaopanakeia, hgbnaopanakeia) erro: [1] PK... 0 rows (or 0-length row.names) Como resolvo? cumprimentos Ana Rocha ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Anova de fatorial duplo em DBC (um fator quantitativo)
Caso continue dando problemas na função de um dput()nos seus dados para que possamos usar como CMR. Att. Tiago. # Tiago de Souza Marçal - Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES Bolsista de Iniciação Científica da área de Genética e Melhoramento de Plantas # Date: Mon, 27 May 2013 17:32:20 -0300 From: andreia.vie...@cnp.ifmt.edu.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Anova de fatorial duplo em DBC (um fator quantitativo) Boa tarde,áMuito obrigada áAlisson e Tiago pelas dicas, mas mesmo testando todas ainda nÒo consegui solucionar o problema, portanto segue a mensagem que aparece quando tento utilizar o pacote ExpDes.pt para rodar a anova com estes resultados. Andreia data.frame(Girassol) á ámetodos doses blocos clorofila.1 clorofila.2 altura altura.1 diametro1 á á á á1 á á 1 á á á1 á á á á32.5 á á á á36.2 á á173 á á á173 á á 25.02 á á á á1 á á 2 á á á1 á á á á32.2 á á á á35.9 á á179 á á á178 á á 25.3 3 á á á á1 á á 3 á á á1 á á á á32.4 á á á á38.3 á á170 á á á170 á á 24.54 á á á á2 á á 1 á á á1 á á á á32.7 á á á á35.2 á á177 á á á177 á á 24.05 á á á á2 á á 2 á á á1 á á á á31.9 á á á á37.6 á á183 á á á182 á á 25.0 6 á á á á2 á á 3 á á á1 á á á á33.3 á á á á35.4 á á184 á á á182 á á 27.87 á á á á3 á á 1 á á á1 á á á á35.0 á á á á36.3 á á184 á á á184 á á 26.68 á á á á3 á á 2 á á á1 á á á á33.9 á á á á39.0 á á170 á á á172 á á 24.6 9 á á á á3 á á 3 á á á1 á á á á32.8 á á á á35.9 á á179 á á á179 á á 27.010 á á á 4 á á 1 á á á1 á á á á34.7 á á á á33.9 á á172 á á á173 á á 26.311 á á á 4 á á 2 á á á1 á á á á34.4 á á á á36.8 á á169 á á á169 á á 25.0 12 á á á 4 á á 3 á á á1 á á á á34.5 á á á á36.5 á á156 á á á156 á á 25.013 á á á 1 á á 1 á á á2 á á á á30.9 á á á á38.3 á á179 á á á180 á á 26.914 á á á 1 á á 2 á á á2 á á á á33.7 á á á á36.2 á á181 á á á180 á á 29.0 15 á á á 1 á á 3 á á á2 á á á á31.3 á á á á35.8 á á186 á á á185 á á 24.916 á á á 2 á á 1 á á á2 á á á á33.4 á á á á37.2 á á183 á á á185 á á 26.417 á á á 2 á á 2 á á á2 á á á á30.9 á á á á34.4 á á179 á á á179 á á 25.2 18 á á á 2 á á 3 á á á2 á á á á32.5 á á á á37.3 á á188 á á á188 á á 28.119 á á á 3 á á 1 á á á2 á á á á32.4 á á á á36.4 á á185 á á á185 á á 26.020 á á á 3 á á 2 á á á2 á á á á30.5 á á á á36.1 á á190 á á á190 á á 25.9 21 á á á 3 á á 3 á á á2 á á á á32.1 á á á á37.9 á á177 á á á178 á á 24.222 á á á 4 á á 1 á á á2 á á á á31.7 á á á á36.6 á á182 á á á182 á á 27.223 á á á 4 á á 2 á á á2 á á á á30.6 á á á á36.4 á á176 á á á177 á á 29.0 24 á á á 4 á á 3 á á á2 á á á á32.1 á á á á40.2 á á158 á á á159 á á 24.025 á á á 1 á á 1 á á á3 á á á á32.5 á á á á42.8 á á182 á á á183 á á 24.526 á á á 1 á á 2 á á á3 á á á á32.6 á á á á40.0 á á185 á á á186 á á 24.8 27 á á á 1 á á 3 á á á3 á á á á33.6 á á á á37.3 á á188 á á á188 á á 25.628 á á á 2 á á 1 á á á3 á á á á34.9 á á á á38.8 á á188 á á á188 á á 23.729 á á á 2 á á 2 á á á3 á á á á33.5 á á á á39.0 á á183 á á á184 á á 23.5 30 á á á 2 á á 3 á á á3 á á á á32.4 á á á á39.0 á á176 á á á177 á á 22.331 á á á 3 á á 1 á á á3 á á á á32.8 á á á á40.5 á á180 á á á181 á á 24.432 á á á 3 á á 2 á á á3 á á á á31.8 á á á á39.3 á á179 á á á180 á á 22.4 33 á á á 3 á á 3 á á á3 á á á á33.4 á á á á41.2 á á178 á á á178 á á 24.034 á á á 4 á á 1 á á á3 á á á á33.4 á á á á41.2 á á173 á á á174 á á 23.435 á á á 4 á á 2 á á á3 á á á á33.6 á á á á39.8 á á171 á á á171 á á 22.5 36 á á á 4 á á 3 á á á3 á á á á33.4 á á á á38.8 á á165 á á á165 á á 21.8 áfat2.dbc(metodos,doses,blocos,clorofila1,quali=c(TRUE, FALSE),mcomp = tukey, fac.names = c(F1, F2), sigT = 0.05, sigF = 0.05) Legenda:FATOR 1: áF1áFATOR 2: áF2á Error in model.frame.default(formula = resp ~ Bloco + Fator1 * Fator2, á:áá invalid type (list) for variable 'resp' fat2.dbc(clorofila 1~blocos+metodos*doses,quali=c(TRUE, FALSE),mcomp = tukey, fac.names = c(F1, F2), sigT = 0.05, sigF = 0.05) Error: unexpected numeric constant in fat2.dbc(clorofila 1 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Classificar fosforo e textura do solo
Hélio tente o seguinte comandos:
recP-function(argila,Psolo){
t-numeric(0)
if(100=argila argila=60 2.7=Psolo Psolo=0){
t-c(t,Multo Baixo)
}
if(100=argila argila=60 5.4=Psolo Psolo2.7){
t-c(t,Baixo)
}
if(100=argila argila=60 8=Psolo Psolo5.4){
t-c(t,Médio)
}
if(100=argila argila=60 12=Psolo Psolo8){
t-c(t,Bom)
}
if(100=argila argila=60 Psolo12){
t-c(t,Muito Bom)
}
if(60argila argila=35 4=Psolo Psolo=0){
t-c(t,Multo Baixo)
}
if(60argila argila=35 8=Psolo Psolo4){
t-c(t,Baixo)
}
if(60argila argila=35 12=Psolo Psolo8){
t-c(t,Médio)
}
if(60argila argila=35 18=Psolo Psolo12){
t-c(t,Bom)
}
if(60argila argila=35 Psolo18){
t-c(t,Muito Bom)
}
if(35argila argila=15 6.6=Psolo Psolo=0){
t-c(t,Multo Baixo)
}
if(35argila argila=15 12=Psolo Psolo6.6){
t-c(t,Baixo)
}
if(35argila argila=15 20=Psolo Psolo12){
t-c(t,Médio)
}
if(35argila argila=15 30=Psolo Psolo20){
t-c(t,Bom)
}
if(35argila argila=15 Psolo30){
t-c(t,Muito Bom)
}
if(15argila argila=0 10=Psolo Psolo=0){
t-c(t,Multo Baixo)
}
if(15argila argila=0 20=Psolo Psolo10){
t-c(t,Baixo)
}
if(15argila argila=0 30=Psolo Psolo20){
t-c(t,Médio)
}
if(15argila argila=0 45=Psolo Psolo30){
t-c(t,Bom)
}
if(15argila argila=0 Psolo45){
t-c(t,Muito Bom)
}
return(t)
}
De acordo com a classificação gerada pela função recP() você pode conectar
estes comandos a outros de forma que ele retorne a quantidade de fertilizante a
ser utilizada para uma determinada cultura.
Att.
Tiago.
#
Graduando em Agronomia pelo CCA-UFES
Bolsista da FAPES na área de Genética e Melhoramento de plantas
#
Date: Sat, 18 May 2013 09:28:23 -0300
From: heliogalloro...@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Classificar fosforo e textura do solo
Bom dia a todos,
Para recomendar adubação fosfatada é necessário classificar a quantidade de
fósforo da análise em conjunto a textura do solo.
Tabela da quinta aproximação
Nível de Fósforo mg/dm3
Argila%
muito
baixo
Baixo
Médio
Bom
Muito Bom
60-100
2.7
(menor e igual)
2.8-5.4
5.5-8
8.1-12
12
35-60
4
4.1-8
8.1-12
12.1-18
18
15-35
6.6
6.7-12
12.1-20
20.1-30
30
0-15
10
10.1-20
20.1-30
30.1-45
45
Fiz o seguinte:
solo=c(1:50) # resultado da análise do
soloargila=c(60,35,15,0)# teor de argilap1=c(0,2.7,5.4,8,12)
# fósforo com + de 60% de argilap2=c(0,4,8,12,18)# fósforo
com 35 a 60% de argila
p3=c(0,6.6,12,20,30)# fósforo com 15 a 35% de
argilap4=c(0,10,20,30,45)# fósforo com 15% de
argilares=c(Muito.Baixo,Baixo, Medio, Alto, Muito.alto)
Assim se o resultado de P é 3.5 :60% de arg, seria classificado como Baixo35%
de arg. seria classificado como muito baixo
andei dando uma olhada na solução do post
Uso do ifelse
A saida desta função seria casada com uma recomendação,
Grato a todos
--
Hélio Gallo Rocha
IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho
___
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Re: [R-br] transformação raiz quadrada do arco-seno
Se os seus valores estiverem em % use o seguinte comando: y - asin(sqrt(x/100))*180/pi Att. Tiago. Date: Tue, 14 May 2013 14:52:22 -0700 From: isabelsousaamo...@yahoo.com.br To: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] transformação raiz quadrada do arco-seno Boa noite pessoal, Gostaria de fazer uma transformação raiz quadrada do arco-seno nos meus dados. Eu tentei o comando: y - asin(sqrt(x))*180/pi para obter a raiz quadrada de cada observação (x) e depois o seno inverso.Mas eu obtive muitos NAs. Não sei se estou fazendo a transformação de maneira correta. Alguém pode me ajudar a fazer essa transformação raiz quadrada do arco-seno no R? Desde já agradeço!Isabel ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Matriz X (Y = XB + e)
Prezados, gostaria de saber se existe uma função que simplica a obtensão desta matriz? m-matrix(c(rep(1,15),rep(1,5),rep(0,10),rep(0,5),rep(1,5),rep(0,5),rep(0,10),rep(1,5)),nr=15) Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Matrix X (Y = XB + e)
Prezados, gostaria de saber se existe uma função que simplica a obtenção desta matriz? m-matrix(c(rep(1,15),rep(1,5),rep(0,10),rep(0,5),rep(1,5),rep(0,5),rep(0,10),rep(1,5)),nr=15) Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Matriz X (Y = XB + e) [Resolvido]
Obrigado a todos! Att. Tiago. CC: r-br@listas.c3sl.ufpr.br From: edinhoes...@yahoo.com.br Date: Thu, 25 Apr 2013 12:00:17 -0400 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Matriz X (Y = XB + e) ?solve [. ]'s.Edson LiraEstatísticoMa-Am Em 23/04/2013, às 15:19, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Prezados, gostaria de saber se existe uma função que simplica a obtensão desta matriz? m-matrix(c(rep(1,15),rep(1,5),rep(0,10),rep(0,5),rep(1,5),rep(0,5),rep(0,10),rep(1,5)),nr=15) Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Matrix Hessiana - duvida
Não por que você usou 10 valores sortiados pela rnorm() a matriz hessiana
mostrada é a substituição destes valores na função derivada. Att. Tiago.
Date: Mon, 15 Apr 2013 11:58:12 -0300
From: rcos...@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Matrix Hessiana - duvida
A hessiana nao deveria ter retornado um array 3x3x3?
2013/4/13 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com
Carlos tente os seguintes comandos:
d3 - deriv3(~x1/((1+((x1/x2)**(x3*t)-1))),c(x1,x2,x3),
function(t,x1,x2,x3){ NULL })
t = rnorm(10,5,3)
x1=8500
x2=0.0156
x3=0.26
hessiana-d3(t,x1,x2,x3)
Espero ter contribuido
Att.
Tiago.
From: ccpsilv...@hotmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Date: Sat, 13 Apr 2013 05:31:38 +0300
Subject: [R-br] Matrix Hessiana - duvida
Oi pessoal to com um problema para calcular a matriz hessiana do seguinte modelo
modelo = x1/((1+((x1/x2)**(x3*t) - 1)))
sendo quet = rnorm(10,5,3)x1=8500x2=0.0156x3=0.26
Carlos Pereira da Silva
Bacharel em Estatística – UEPB
Mestrando em Estatística e Experimentação
Agropecuária - UFLA
Lavras - MG
Cel: 035 - 9119 - 2245
Email: ccpsilv...@hotmail.com
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Tenha Um Dia Abençoado Por DEUS!!!
Sl – 34, 8
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Re: [R-br] Matrix Hessiana - duvida
Carlos tente os seguintes comandos: d3 -
deriv3(~x1/((1+((x1/x2)**(x3*t)-1))),c(x1,x2,x3), function(t,x1,x2,x3){
NULL })
t = rnorm(10,5,3)
x1=8500
x2=0.0156
x3=0.26
hessiana-d3(t,x1,x2,x3) Espero ter contribuido Att. Tiago. From:
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Date: Sat, 13 Apr 2013 05:31:38 +0300
Subject: [R-br] Matrix Hessiana - duvida
Oi pessoal to com um problema para calcular a matriz hessiana do seguinte modelo
modelo = x1/((1+((x1/x2)**(x3*t) - 1)))
sendo quet = rnorm(10,5,3)x1=8500x2=0.0156x3=0.26
Carlos Pereira da Silva
Bacharel em Estatística – UEPB
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Re: [R-br] Erro no calculo da matriz distancia
O seu exemplo não é reproduzivel. Envie um CMR. Att. Tiago. Date: Sat, 13 Apr 2013 15:10:20 +0100 From: bernardosss...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Erro no calculo da matriz distancia Olá a todos Estou a tentar calcular a distancia euclidiana e da me o seguinte erro distancia-dist(dadoss) #EuclidianaError in dist(dadoss) : cannot allocate vector of length 569278153 alguem me pode ajudar? nao estou a entender o erro.,a dimensao dos dados é dim(dadoss)[1] 3374317 Obrigada;) ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] duvidas sobre o r
Para fazer uma anova em dql é só usar os seguntes comantos: trat-factor(trat) linha-factor(linha) coluna-factor(coluna) av-aov(resp~linha+coluna+trat) # Como pode ver a linha e a coluna são somadas aos tratamentos. Caso você queira fazer uma analise completa de um experimento dql eu te indico a usar a função dql()::ExpDes Att. Tiago. Date: Sat, 30 Mar 2013 11:06:32 -0700 From: juracimendesmore...@yahoo.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] duvidas sobre o r como fazer analise de variancia em quadrado latino. qual o comando de anana ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] (sem assunto)
Boa noite pessoal, gostaria de saber como substituir o sinal de vezes por um espaço? CMR plot(0, main=expression(KNO[3]%*%L[-1])) Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] (sem assunto)
Obrigado Fernando. Att. Tiago.
Date: Wed, 20 Mar 2013 21:00:58 -0300
From: fernandoma...@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] (sem assunto)
Ou
plot(0, main=expression(KNO[3] * phantom(x) * L[-1]))
---
Fernando de Pol Mayer
Doutorando em Estatística e Experimentação Agronômica
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - ESALQ
Universidade de São Paulo - USP
URL: http://fernandomayer.github.com
e-mail: fernando.mayer [@] {gmail.com, usp.br}
2013/3/20 Walmes Zeviani walmeszevi...@gmail.com:
Espaços nas expressões são obtidas com o tio (~), veja
plot(0, main=expression(KNO[3]~~~L[-1]))
À disposição.
Walmes.
==
Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: wal...@ufpr.br
skype: walmeszeviani
twitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
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Re: [R-br] (sem assunto)
Obrigado Henrique Att. Tiago. From: www...@gmail.com Date: Wed, 20 Mar 2013 20:57:26 -0300 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] (sem assunto) Tente assim: plot(0, main=expression(KNO[3]~L[-1])) 2013/3/20 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com Boa noite pessoal, gostaria de saber como substituir o sinal de vezes por um espaço? CMR plot(0, main=expression(KNO[3]%*%L[-1])) Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Henrique Dallazuanna Curitiba-Paraná-Brasil 25° 25' 40 S 49° 16' 22 O ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Pacote drc
Stephan qual função retorna a inclinação da curva no pacote drc? Att. Tiago. Date: Tue, 12 Mar 2013 08:19:58 -0300 From: smalfit...@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Tiago, veja uma simulação sem a correção dos dados pela formula de Abbot: conc = c(0.15,0.25,0.41,0.67,1.11,1.83,3.03,5) ni = c(53,51,48,45,50,50,48,50) im = c(7,15,28,31,42,49,48,50) mod=drm(im/ni~conc,weight=ni,fct=LL.2(),type=binomial) modelFit(mod) ED(mod,c(50),interval=delta) tratVec = with(mod, seq(min(conc), max(conc), length.out=100)) Pred=predict(mod,newdata=data.frame(conc=tratVec,1),type=response,se.fit=TRUE) Li=Pred[,1]-2*Pred[,2] Ls=Pred[,1]+2*Pred[,2] plot(mod,conName=0,axes=FALSE,type=average,xlim=c(0.15,5),ylim=c(0,1),log=x) axis(1,conc) y=seq(0,1,0.1) axis(2,y) lines(tratVec, Li, lty = 2) lines(tratVec, Ls, lty = 2) Stephan Em 11/03/2013 16:42, Tiago Souza Marçal escreveu: Se eu corrigir o meus dados pelo critério de Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ? CMR: dados-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11, 1.83, 3.03, 5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143, -0.173925197, 0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L, 51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647, 0.58333, 0.68889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573, 0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994, 0.922291994)), .Names = c(conc, lconc, ni, im, m, mc ), class = data.frame, row.names = c(NA, -8L)) Onde: conc = concentrações lconc = logaritimo neperiano das concentrações. ni = número de individúos im = individúos mortos m = mortalidade mc = mortalidade corrigida Att. Tiago. Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300 From: smalfit...@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Bom dia Tiago, O drc assume o controle como dose zero, sem fazer nenhuma correção como proposto por Abbott. Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo. Att, Stephan Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu: Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *** STEPHAN M. CARVALHO Chemical control and ecotoxicology Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carva...@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! *** ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
Re: [R-br] Pacote drc
Muito obrigado pela ajuda Stephan. Att. Tiago. Date: Tue, 12 Mar 2013 08:19:58 -0300 From: smalfit...@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Tiago, veja uma simulação sem a correção dos dados pela formula de Abbot: conc = c(0.15,0.25,0.41,0.67,1.11,1.83,3.03,5) ni = c(53,51,48,45,50,50,48,50) im = c(7,15,28,31,42,49,48,50) mod=drm(im/ni~conc,weight=ni,fct=LL.2(),type=binomial) modelFit(mod) ED(mod,c(50),interval=delta) tratVec = with(mod, seq(min(conc), max(conc), length.out=100)) Pred=predict(mod,newdata=data.frame(conc=tratVec,1),type=response,se.fit=TRUE) Li=Pred[,1]-2*Pred[,2] Ls=Pred[,1]+2*Pred[,2] plot(mod,conName=0,axes=FALSE,type=average,xlim=c(0.15,5),ylim=c(0,1),log=x) axis(1,conc) y=seq(0,1,0.1) axis(2,y) lines(tratVec, Li, lty = 2) lines(tratVec, Ls, lty = 2) Stephan Em 11/03/2013 16:42, Tiago Souza Marçal escreveu: Se eu corrigir o meus dados pelo critério de Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ? CMR: dados-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11, 1.83, 3.03, 5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143, -0.173925197, 0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L, 51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647, 0.58333, 0.68889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573, 0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994, 0.922291994)), .Names = c(conc, lconc, ni, im, m, mc ), class = data.frame, row.names = c(NA, -8L)) Onde: conc = concentrações lconc = logaritimo neperiano das concentrações. ni = número de individúos im = individúos mortos m = mortalidade mc = mortalidade corrigida Att. Tiago. Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300 From: smalfit...@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Bom dia Tiago, O drc assume o controle como dose zero, sem fazer nenhuma correção como proposto por Abbott. Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo. Att, Stephan Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu: Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *** STEPHAN M. CARVALHO Chemical control and ecotoxicology Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carva...@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! *** ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br
[R-br] Pacote drc
Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Pacote drc
Se eu corrigir o meus dados pelo critério de Abbott qual o modelo você me aconcelha a utilizar (LL.2()) ? CMR: dados-structure(list(conc = c(0.15, 0.25, 0.41, 0.67, 1.11, 1.83, 3.03, 5), lconc = c(-0.823908741, -0.602059991, -0.387216143, -0.173925197, 0.045322979, 0.26245109, 0.481442629, 0.698970004), ni = c(53L, 51L, 48L, 45L, 50L, 50L, 48L, 50L), im = c(7L, 15L, 28L, 31L, 42L, 49L, 48L, 50L), m = c(0.132075472, 0.294117647, 0.58333, 0.68889, 0.84, 0.98, 1, 1), mc = c(0.053686206, 0.215855573, 0.505298273, 0.610936682, 0.762166405, 0.902276295, 0.922291994, 0.922291994)), .Names = c(conc, lconc, ni, im, m, mc ), class = data.frame, row.names = c(NA, -8L)) Onde: conc = concentraçõeslconc = logaritimo neperiano das concentrações.ni = número de individúosim = individúos mortosm = mortalidademc = mortalidade corrigida Att. Tiago. Date: Mon, 11 Mar 2013 13:38:30 -0300 From: smalfit...@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Pacote drc Bom dia Tiago, O drc assume o controle como dose zero, sem fazer nenhuma correção como proposto por Abbott. Além disso é preciso verificar qual tipo de distribuição (e parâmetros) que você está usando, pois existe uma grande diversidade no drc quando comparado por exemplo com o Polo. Att, Stephan Em 11/03/2013 13:26, Tiago Souza Marçal escreveu: Bom dia pessoal, gostaria de saber se alguem da lista utiliza o pacote drc para estimar a CL-50. Caso tenha gostaria que me esclarecesse as seguintes dúvidas: Ele calcula a mortalidade corrigida pelo critério de Abbott? Porque as estimativas geradas por este pacote são diferentes das geradas pelo SAS e o Polo? Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- *** STEPHAN M. CARVALHO Chemical control and ecotoxicology Universidade Federal de Uberlândia Instituto de Ciências Agrárias Avenida Amazonas s/n – Bloco 2E Caixa Postal 593 - Umuarama 38.400-902 Uberlândia/MG Brazil stephan.carva...@iciag.ufu.br +55 34 3218-2225 (university) +55 34 3218-2225 (fax) +55 35 9103-9822 (mobile) +55 35 9949-0707 (mobile) Antes de imprimir, pense no ambiente! Before printing, think in the environment! Avant d'imprimer, pensez à l'environnement! *** ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] 'subsetting' de um dataframe, como fazer uma função ou loop?
No exemplo que você enviou, o objetivo seria calcular a media para todas as variáveis numéricas em função de year? Caso positivo tente usar o for() ou lapply(). Caso tenha problemas envie um CMR para tentarmos ajuda-lo. Caso preferir use um dput() ao enviar o CMR. Att. Tiago. Date: Thu, 7 Mar 2013 11:58:57 + From: c.sonderbl...@gmail.com To: R-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] 'subsetting' de um dataframe, como fazer uma função ou loop? Bom dia pessoal, estou com uma dúvida no 'subsetting' de um dataframe de 44 variaveis ambientais, onde as primeras dos são 'MONTH' e 'YEAR' (categóricas), e o resto são numericas (algumas contem NAs) Estou a precisar usar uma função para criar um novo data frame onde as variaveis numericas [ , 4:44] sejam colocadas em promedios por 'MONTH',bom aqui vai um exemplo do CMR que estou a usar:#o data frame str(OCTOPUS_S_2003)'data.frame':115 obs. of 44 variables: $ ID : int 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 ... $ Year : Factor w/ 10 levels 2003,2004,..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ Month: int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ RainFall : num 88.4 123.2 98.2 NA 8.3 ... $ PLOBOI : int 128301 245454 280876 220158 25878 2546 $ PLOBOII : num 47.9 101.46 104.87 84.94 9.66 ... $ ALQUEVA : int 395168 91474 24386 28427 53978 28278 #eu consigo fazer para cada variable, mais uma de cada vez com o seguinte código (p.e. variavel nº 5 = PLOBOI: PLOBOI - tapply(OCTOPUS_S_2003[ ,5], OCTOPUS_S_2003$Year, mean, na.rm =TRUE) #mas são 40 variaveis tirando ID, Year e Month##Será que posso/devo fazer um loop? o uma função? obrigado Carlos P.D.: estou a usar o R R-215~1.2\\bin\\x64\ -- Carlos A. Pombo Sonderblohm PhD Student on Marine Science (Fisheries) Faculdade de Ciências e Tecnología Universidade do Algarve, Campus de Gambelas 8005-139 Faro Portugal Tef. 289 800 905 ext. 7605 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] ANOVA PARA MODELOS NÃO LINEARES
Boa tarde pessoal, eu dei uma olhada no post que o Walmes fez no dicas ridículas usando o modelo y = A*t/(V+t) + D*t e ele justificou que se V e D fossem zero este se tornaria um modelo de intercepto, ou seja, y = A*t . Entretanto, estou trabalhando com um modelo logístico y = A/(1+B*exp(-C*x)) que acredito não apresentar intercepto a não ser que fosse linearizado. Tem algum outro procedimento para obter a anova deste modelo? CMR x-c(5,10,15,20,25) y-c(4,7,18,31,33) Agradeço desde já por qualquer ajuda. Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] ANOVA PARA MODELOS NÃO LINEARES
Ok Walmes, muito obrigado. Então sempre que eu tiver um modelo e aplicar estas restrições, ou seja, arbitrar que um certo numero de constantes é 0 e observar uma redução do modelo para uma constante ou para um produto de uma constante por uma variável como no seu exemplo (A*t), eu terei um modelo de intercepto? Ex: y = A-(B*exp(-C*x^D)) D = 0y = A - B*exp(-C) #Constante C = 0y = A - B #Constante B = 0y = A #Constante Att. Tiago. Date: Thu, 7 Mar 2013 14:17:39 -0300 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] ANOVA PARA MODELOS NÃO LINEARES Esse logístico se torna um modelo de intercepto (uma constante) sobre restrições nos parâmetros sim. Veja, se B=0 temos A/(1+0) = A = constante ou se C=0 temos A/(1+B*1) = constante. À disposição. Walmes. == Walmes Marques ZevianiLEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paranáfone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszevianitwitter: @walmeszevianihomepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218== ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] ANOVA PARA MODELOS NÃO LINEARES
Ok Walmes, entendi perfeitamente quando o modelo é de intercepto. Agradeço mais uma vez pela ajuda. Att. Tiago. Date: Thu, 7 Mar 2013 16:37:54 -0300 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] ANOVA PARA MODELOS NÃO LINEARES Sim, a lógica é essa. As vezes isso nem sempre ocorre quando o parâmetro é zero, casos comuns são quando ele vai para o infinito também, por exemplo A+(1/B)*x. À disposição. Walmes. ==Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszevianitwitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmeslinux user number: 531218 == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] PLOT
Oi Cezar,
eu dei uma alterada nos seus comandos.
Da uma olhada se isso resolve:
plot(Deslocamento,direita,type=b,pch=2,ylim=c(500,6000),axes=F)
lines(Deslocamento,esquerda,type=b,pch=17,col=black)
axis(1,at=c(20,50,70,100,300,500,700,1000))
axis(2,at=seq(500,6000,500))
Att.
Tiago
From: cezar-fons...@hotmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Date: Thu, 28 Feb 2013 05:16:50 +0300
Subject: Re: [R-br] PLOT
Oi Daniel e aos demais,O que estou tentando fazer é apresentar em um plot a
área de habitat em 8 diferentes capacidade de dispersão
(20,50,70,100,300,500,700,1000) em função das margens de um rio. Só que quando
rodo o plot, no eixo x não aparecem as 8 distâncias de dispersão, mas medidas
aleatórias dentro do intervalo dos valores do eixo x (20-1000). Assim, quero
fazer o plot mostrando no eixo x somente os valores das 8 capacidade de
dispersão, com seus respectivos valores no eixo y.
Abaixo segue o comando que estou utilizando para rodar o gráfico:
dput(metric)structure(list(Deslocamento = c(20L, 50L, 70L, 100L, 300L, 500L,
700L, 1000L), area = c(578L, 1686L, 2294L, 2753L, 4010L, 4246L, 4342L, 4487L)),
.Names = c(Deslocamento, area), class = data.frame, row.names = c(NA,
-8L)) direita-c(578,1686,2294,2753,4010,4246,4342,4487)
esquerda-c(511,1851,2502,3581,5215,5653,5740,5743)
plot(Deslocamento,direita,type=b,pch=2,ylim=c(500,6000))
lines(Deslocamento,esquerda,type=b,pch=17,col=black)
Att,
Cézar Fonseca Borges
Mestrando em Ciências Ambientais
UFPA/MPEG/EMBRAPA -
Amazônia Oriental
Geógrafo
Email: cezar-fons...@hotmail.com/ cabor...@museu-goeldi.br
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From: dmarcel...@live.com
Date: Wed, 27 Feb 2013 20:36:12 -0500
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] PLOT
Cézar, você tem algum exemplo reproduzível?
Dê um dput() no seu objeto, vai facilitar a vida de alguém disposto a te ajudar.
Daniel
2013/2/27 Cézar Borges cezar-fons...@hotmail.com
Prezados,
Estou com dificuldade de fazer um gráfico de dispersão no R, onde o eixo x seja
definido pelas minhas variáveis categóricas (distâncias). No entanto, tais
variáveis são numéricas e o R não esta mostrando as distâncias que estou
trabalhando, mas intervalos aleatórios dentro do limite dos valores do eixo x.
Assim, gostaria de saber como posso fazer o gráfico de dispersão indicando no
eixo x somente as distâncias que estou utilizando na análise???
Abraços
Att,
Cézar Fonseca Borges
Mestrando em Ciências Ambientais
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Re: [R-br] Quadrado médio de duas características QM(y1+y2)
Obrigado Fernando, funcionou perfeitamente consegui estimar a correlação genética, fenotípica e ambiental. Att Tiago Date: Thu, 28 Feb 2013 10:59:20 -0300 From: fernandohtol...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Quadrado médio de duas características QM(y1+y2) Assim, para o seu CMR, segue o código: genotipo-gl(10,3) rep-rep(c(1,2,3),10)resp1- c(249.75,227.56,368.18,615.42,756.11,481.54,610.40,534.73,488.87,587.84,627.27,594.91,358.48,341.18,409.65,530.40,644.79,619.42,592.22,588.89,627.72,605.05,620.72, 711.55,493.93,457.53,366.90,479.98,671.50,471.44) resp2- c(604.15,527.36,711.87,548.00,59.78,464.04,529.91,436.40,277.88,186.90,478.44,454.60,480.34,238.63,537.39,430.57,352.27,256.40,563.79,862.62,521.22,420.44, 519.95,375.29,425.79,450.88,264.96,611.18,372.21,284.37) dados-data.frame(genotipo ,rep,resp1,resp2) ANOVA_resp1 - anova(lm(resp1 ~ genotipo, data = dados)) # SQ da resposta 1 ANOVA_resp2 - anova(lm(resp2 ~ genotipo, data = dados)) # SQ da resposta 2 ANOVA_soma - anova(lm(I(resp1 + resp2) ~ genotipo, data = dados)) # SQ da soma Espero ter ajudado. att,FH 2013/2/27 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com Fernando agradeço pela ajuda e como você pediu eu estou enviando um CMR para um delineamento em dic: genotipo-gl(10,3)rep-rep(c(1,2,3),10) resp1- c(249.75,227.56,368.18,615.42,756.11,481.54,610.40,534.73,488.87,587.84,627.27,594.91,358.48,341.18,409.65,530.40,644.79,619.42,592.22,588.89,627.72,605.05,620.72, 711.55,493.93,457.53,366.90,479.98,671.50,471.44)resp2- c(604.15,527.36,711.87,548.00,59.78,464.04,529.91,436.40,277.88,186.90,478.44,454.60,480.34,238.63,537.39,430.57,352.27,256.40,563.79,862.62,521.22,420.44, 519.95,375.29,425.79,450.88,264.96,611.18,372.21,284.37) dados-data.frame(gen,rep,resp1,resp2) Att. Tiago. Date: Wed, 27 Feb 2013 20:47:01 -0300 From: fernandohtol...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Quadrado médio de duas características QM(y1+y2) Tiago, Somar as duas variáveis é proibido? Se, por exemplo for um DIC e seus dados estão em um data frame chamado dados, com a variável resposta chamada Y, faça: lm(Y ~ a, data = dados) # soma de quadrados da variável alm(Y ~ b, data = dados) # soma de quadrados da variável blm(Y ~ I(a + b), data = dados) # soma de quadrados da soma Vale destacar que sem CMR isso é apenas um chute. att,FH 2013/2/27 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com Boa noite pessoal, estou querendo estimar a correlação genética entre duas variáveis (y1 e y2). Entretanto, para isso eu preciso do quadrado médio de a mais b QM (a+b). Alguém sabe como estimar este quadrado médio para as duas variáveis no R. Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] Quadrado médio de duas características QM(y1+y2)
Boa noite pessoal, estou querendo estimar a correlação genética entre duas variáveis (y1 e y2). Entretanto, para isso eu preciso do quadrado médio de a mais b QM (a+b). Alguém sabe como estimar este quadrado médio para as duas variáveis no R. Att. Tiago.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Quadrado médio de duas características QM(y1+y2)
Fernando agradeço pela ajuda e como você pediu eu estou enviando um CMR para um delineamento em dic: genotipo-gl(10,3)rep-rep(c(1,2,3),10)resp1- c(249.75,227.56,368.18,615.42,756.11,481.54,610.40,534.73,488.87,587.84,627.27,594.91,358.48,341.18,409.65,530.40,644.79,619.42,592.22,588.89,627.72,605.05,620.72,711.55,493.93,457.53,366.90,479.98,671.50,471.44)resp2- c(604.15,527.36,711.87,548.00,59.78,464.04,529.91,436.40,277.88,186.90,478.44,454.60,480.34,238.63,537.39,430.57,352.27,256.40,563.79,862.62,521.22,420.44,519.95,375.29,425.79,450.88,264.96,611.18,372.21,284.37) dados-data.frame(gen,rep,resp1,resp2) Att. Tiago. Date: Wed, 27 Feb 2013 20:47:01 -0300 From: fernandohtol...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Quadrado médio de duas características QM(y1+y2) Tiago, Somar as duas variáveis é proibido? Se, por exemplo for um DIC e seus dados estão em um data frame chamado dados, com a variável resposta chamada Y, faça: lm(Y ~ a, data = dados) # soma de quadrados da variável alm(Y ~ b, data = dados) # soma de quadrados da variável blm(Y ~ I(a + b), data = dados) # soma de quadrados da soma Vale destacar que sem CMR isso é apenas um chute. att,FH 2013/2/27 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com Boa noite pessoal, estou querendo estimar a correlação genética entre duas variáveis (y1 e y2). Entretanto, para isso eu preciso do quadrado médio de a mais b QM (a+b). Alguém sabe como estimar este quadrado médio para as duas variáveis no R. Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] GRANDES RELATÓRIOS NO R
Bom dia pessoal, eu fiz uma analise no r que gerou um relatório muito grande e eu não estou conseguindo todas as analises. Como faço para ver todas as análises? Att. Tiago.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] GRANDES RELATÓRIOS NO R
Obrigado pela dica Daniel.
Att.
Tiago.
From: dmarcel...@live.com
Date: Sat, 23 Feb 2013 14:40:23 -0500
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] GRANDES RELATÓRIOS NO R
Tiago,Se você criou um objeto para cada análise você pode usar ls() para ver os
objetos ativos no seu workspace, e então, ver um-a-um. Você pode também
imprimir o objeto para um arquivo de texto e abri-lo num bloco de notas. Se não
for esse o caso, talvez você possa reduzir o tamanho da font de texto que é
mostrada na tela. Outros usuários podem ter ideias melhores.
Daniel
2013/2/23 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com
Bom dia pessoal, eu fiz uma analise no r que gerou um relatório muito grande e
eu não estou conseguindo todas as analises. Como faço para ver todas as
análises?
Att.
Tiago.
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Re: [R-br] Método de Newton Rhapson...
Vou trabalhar em cima das informações que você me passou e qualquer novidade ou duvida eu entro em contato. E mas uma coisa pelo que você falou o parâmetros ξ refere-se a xi? sigma= desvio padrão mi = media ξ = ? Att. Tiago. Date: Sat, 9 Feb 2013 00:22:01 -0200 From: andre...@bol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Método de Newton Rhapson... Quando se faz as derivadas parciais igualando a zero, naturalmente deseja-se estimar cada parâmetro desconhecido presente na função densidade. Na verdade, eu já consegui encontrar as estimativas dos parâmetros, utilizando um pacote do R, só que, gostaria de montar o seu método(Gauss newton) ou newton rhapson para ver se bate os resultados. Eu utilizei o seguinte: library(evir) gev(Fevereiro) Saída do R: xi sigma mu -0.049826559.74066877 62.73439224 esse xi da saida do R é referente ao parâmetros ξ da função densidade. Então, é pelos valores de x (Fevereiro) que se encontram as estimativas dos 3 parâmetros, acredito que partindo de algum chute inicial. Se vc conseguir montar o método de Gauss newton e os resultados baterem com a saida do R, então, funcionou o metodo de gauss. Att. André Em 08/02/2013 23:35, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Só mais uma duvida a equação de densidade de probabilidade possui parâmetros populacionais porque quando são feitas as derivadas parciais estes parâmetros se tornam amostrais? E estes valores que você me enviou então são os valores de xi? Vou tentar trabalhar em um script para o ajuste deste modelo, mas qualquer informação nova que você tiver será bem vinda para tentarmos reouver este problema. A grande dificuldade que estou tendo para tentar solucionar o problema é poque no exemplo que eu te enviei eu estava ajustando um modelo do tipo y=a*e^(b*x), então eu tinha os valores de y e de x para estimar os betas a e b. Já no seu caso eu tenho valores de x que estão associados a densidade de probabilidade não é? Att. Tiago. Date: Fri, 8 Feb 2013 22:07:02 -0200 From: andre...@bol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Método de Newton Rhapson... A função que deu origem as derivadas parciais é a primeira que aparece no site abaixo, cujo título está: Função densidade de probabilidade https://www.transferbigfiles.com/f1220ccb-8cb3-46c6-8a68-3c95fc24ebc4?rid=CnKlj7VjIyqbgcMXXXqFfg2 com relação aos wi's, esse depende dos valores dos xi's, cada x é um vetor relativo a um determinado mês do ano com chuva máxima, por exemplo: Fevereiro 64.08, 48.60, 84.60, 53.64, 61.20, 77.40, 79.20, 76.32, 64.80, 57.60, 73.80, 63.36, 82.08, 90.36, 86.76, 64.08, 69.84, 79.20, 64.44, 71.28, 61.20, 60.48, 57.24, 75.96, 58.68, 71.28, 53.28, 99.36, 52.20, 60.12, 70.20, 50.76) cada valor no vetor Fevereiro (54.00, 65.16, ...,50.76) é referente a um determinado ano, neste caso, está sendo avaliado 43 anos seguidos, cujos valores são referentes ao indice máximo pluviometrico. Os anos foram de 1956 à 1999. Att. André Em 08/02/2013 21:01, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: O método de Gaus Newton é um método de busca numérica muito utilizado para encontrar os parâmetros de equações não lineares. Qual função deu origem as derivadas parciais da figura do site? Você tem os valores de wi? Vamos tentar criar uma situação para tentarmos resolver o seu problema. Como eu só utilizei gaus newton para regressão não linear preciso entender um pouco mais o seu problema. Att. Tiago. Date: Fri, 8 Feb 2013 14:41:48 -0200 From: andre...@bol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Método de Newton Rhapson... Obg Tiago! O método de Gaus Newton é equivalente ao Newton Rhapson? Para meu caso, eu tenho 3 parâmetros, como adaptar seu exemplo ao meu caso pelo Gaus Newton? Não estou sabendo montar as expressões no R para chegar aos resultados numéricos. Segue no link abaixo, a função densidade de probabilidade da distribuição de valores extremos (GVE), bem como suas derivadas parcais em relação a cada parâmetro. https://www.transferbigfiles.com/f1220ccb-8cb3-46c6-8a68-3c95fc24ebc4?rid=CnKlj7VjIyqbgcMXXXqFfg2 desde já agradeço! Att. André Em 08/02/2013 07:01, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: André se você quiser a resolução especificamente por este método da uma olhado no dicas ridículas que o Walmes postou algo a respeito. Mas eu estou trabalhando com o método de GAUSS-NEWTON e vou te passar o script para caso você queira utiliza-lo. No site abaixo tem um material explicando o método. www.inf.ufsc.br/~ogliari/arquivos/regressao_nao_linear.ppt No exemplo a seguir objetivo era encontrar os betas de um modelo exponencial. dia-c(2,5,7,10,14,19,26,31,34,38,45,52,53,60,65) #variável independente
Re: [R-br] Método de Newton Rhapson...
André encontrei um documento no site http://cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-distributions-en.pdf que ensina como estimar os parâmetros de uma distribuição de probabilidade pelo método da máxima verossimilhança. Para você fazer a conferência do resultado encontrado com a função gev(). Att. Tiago. Date: Sat, 9 Feb 2013 00:22:01 -0200 From: andre...@bol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Método de Newton Rhapson... Quando se faz as derivadas parciais igualando a zero, naturalmente deseja-se estimar cada parâmetro desconhecido presente na função densidade. Na verdade, eu já consegui encontrar as estimativas dos parâmetros, utilizando um pacote do R, só que, gostaria de montar o seu método(Gauss newton) ou newton rhapson para ver se bate os resultados. Eu utilizei o seguinte: library(evir) gev(Fevereiro) Saída do R: xi sigma mu -0.049826559.74066877 62.73439224 esse xi da saida do R é referente ao parâmetros ξ da função densidade. Então, é pelos valores de x (Fevereiro) que se encontram as estimativas dos 3 parâmetros, acredito que partindo de algum chute inicial. Se vc conseguir montar o método de Gauss newton e os resultados baterem com a saida do R, então, funcionou o metodo de gauss. Att. André Em 08/02/2013 23:35, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Só mais uma duvida a equação de densidade de probabilidade possui parâmetros populacionais porque quando são feitas as derivadas parciais estes parâmetros se tornam amostrais? E estes valores que você me enviou então são os valores de xi? Vou tentar trabalhar em um script para o ajuste deste modelo, mas qualquer informação nova que você tiver será bem vinda para tentarmos reouver este problema. A grande dificuldade que estou tendo para tentar solucionar o problema é poque no exemplo que eu te enviei eu estava ajustando um modelo do tipo y=a*e^(b*x), então eu tinha os valores de y e de x para estimar os betas a e b. Já no seu caso eu tenho valores de x que estão associados a densidade de probabilidade não é? Att. Tiago. Date: Fri, 8 Feb 2013 22:07:02 -0200 From: andre...@bol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Método de Newton Rhapson... A função que deu origem as derivadas parciais é a primeira que aparece no site abaixo, cujo título está: Função densidade de probabilidade https://www.transferbigfiles.com/f1220ccb-8cb3-46c6-8a68-3c95fc24ebc4?rid=CnKlj7VjIyqbgcMXXXqFfg2 com relação aos wi's, esse depende dos valores dos xi's, cada x é um vetor relativo a um determinado mês do ano com chuva máxima, por exemplo: Fevereiro 64.08, 48.60, 84.60, 53.64, 61.20, 77.40, 79.20, 76.32, 64.80, 57.60, 73.80, 63.36, 82.08, 90.36, 86.76, 64.08, 69.84, 79.20, 64.44, 71.28, 61.20, 60.48, 57.24, 75.96, 58.68, 71.28, 53.28, 99.36, 52.20, 60.12, 70.20, 50.76) cada valor no vetor Fevereiro (54.00, 65.16, ...,50.76) é referente a um determinado ano, neste caso, está sendo avaliado 43 anos seguidos, cujos valores são referentes ao indice máximo pluviometrico. Os anos foram de 1956 à 1999. Att. André Em 08/02/2013 21:01, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: O método de Gaus Newton é um método de busca numérica muito utilizado para encontrar os parâmetros de equações não lineares. Qual função deu origem as derivadas parciais da figura do site? Você tem os valores de wi? Vamos tentar criar uma situação para tentarmos resolver o seu problema. Como eu só utilizei gaus newton para regressão não linear preciso entender um pouco mais o seu problema. Att. Tiago. Date: Fri, 8 Feb 2013 14:41:48 -0200 From: andre...@bol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Método de Newton Rhapson... Obg Tiago! O método de Gaus Newton é equivalente ao Newton Rhapson? Para meu caso, eu tenho 3 parâmetros, como adaptar seu exemplo ao meu caso pelo Gaus Newton? Não estou sabendo montar as expressões no R para chegar aos resultados numéricos. Segue no link abaixo, a função densidade de probabilidade da distribuição de valores extremos (GVE), bem como suas derivadas parcais em relação a cada parâmetro. https://www.transferbigfiles.com/f1220ccb-8cb3-46c6-8a68-3c95fc24ebc4?rid=CnKlj7VjIyqbgcMXXXqFfg2 desde já agradeço! Att. André Em 08/02/2013 07:01, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: André se você quiser a resolução especificamente por este método da uma olhado no dicas ridículas que o Walmes postou algo a respeito. Mas eu estou trabalhando com o método de GAUSS-NEWTON e vou te passar o script para caso você queira utiliza-lo. No site abaixo tem um material explicando o método. www.inf.ufsc.br/~ogliari/arquivos/regressao_nao_linear.ppt No exemplo a seguir objetivo era encontrar os betas de um modelo exponencial
Re: [R-br] Método de Newton Rhapson...
André se você quiser a resolução especificamente por este método da uma olhado
no dicas ridículas que o Walmes postou algo a respeito.
Mas eu estou trabalhando com o método de GAUSS-NEWTON e vou te passar o script
para caso você queira utiliza-lo.
No site abaixo tem um material explicando o método.
www.inf.ufsc.br/~ogliari/arquivos/regressao_nao_linear.ppt
No exemplo a seguir objetivo era encontrar os betas de um modelo exponencial.
dia-c(2,5,7,10,14,19,26,31,34,38,45,52,53,60,65) #variável independente
diag-c(54,50,45,37,35,25,20,16,18,13,8,11,8,4,6) #variável dependente
d3 - deriv3(~a*exp(b*x), c(a, b), function(x, a, b){ NULL }) #Gera as
derivadas parciais da função
bi-c(55,-0.02) # Chutes iniciais eles devem ser bem feitos para garantir que
haja convergência para um minimo global.
sqresi-crossprod(diag-c(d3(dia,bi[1],bi[2]))) # O erro e a diferença entre o
valores observados e a estimativa dos valores observados pelos betas dos chutes
iniciais.
i - 1 # Parte-se da primeira interação, entretanto, não consegui definir outro
critério de parada para as diferença entre os resíduos nas i interações.
while(i 10){
est - d3(dia,bi[1],bi[2])
fx - c(est)
d - attr(est, gradient)
sqresf - crossprod(diag-fx)
bf - bi + (solve(t(d)%*%d)%*%(t(d)%*%(diag-fx)))
bi - c(bf)
x - abs(sqresi-sqresf)
sqresi - sqresf
cat(paste(formatC(c(sqresf, bi), digits=6, format=f), collapse=\t), \n)
i - i + 1
}
Espero ter contribuído.
Att.
Tiago.
Date: Thu, 7 Feb 2013 21:59:17 -0200
From: andre...@bol.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Método de Newton Rhapson...
Olá colegas!
Gostaria de saber, como posso encontrar a solução númerica no R de cada
parâmetro (µ, σ, ξ) da expressão da imagem abaixo (no link), através do método
Newton Rhapson.
https://www.transferbigfiles.com/e7ec41f6-f49b-4463-a031-85159d12bc83?rid=NjTECXd92TZ3IxdEyePzfw2
desde já agradeço!
Att.
André
___
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo
m�nimo reproduz�vel. ___
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https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código
mínimo reproduzível.
Re: [R-br] Método de Newton Rhapson...
Só mais uma duvida a equação de densidade de probabilidade possui parâmetros
populacionais porque quando são feitas as derivadas parciais estes parâmetros
se tornam amostrais?
E estes valores que você me enviou então são os valores de xi?
Vou tentar trabalhar em um script para o ajuste deste modelo, mas qualquer
informação nova que você tiver será bem vinda para tentarmos reouver este
problema.
A grande dificuldade que estou tendo para tentar solucionar o problema é poque
no exemplo que eu te enviei eu estava ajustando um modelo do tipo y=a*e^(b*x),
então eu tinha os valores de y e de x para estimar os betas a e b. Já no seu
caso eu tenho valores de x que estão associados a densidade de probabilidade
não é?
Att.
Tiago.
Date: Fri, 8 Feb 2013 22:07:02 -0200
From: andre...@bol.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Método de Newton Rhapson...
A função que deu origem as derivadas parciais é a primeira que aparece no site
abaixo, cujo título está: Função densidade de probabilidade
https://www.transferbigfiles.com/f1220ccb-8cb3-46c6-8a68-3c95fc24ebc4?rid=CnKlj7VjIyqbgcMXXXqFfg2
com relação aos wi's, esse depende dos valores dos xi's, cada x é um vetor
relativo a um determinado mês do ano com chuva máxima, por exemplo:
Fevereiro - c(54.00, 65.16, 62.28, 61.20, 72.72, 65.16, 68.40, 57.60, 85.68,
86.40, 61.20,
64.08, 48.60, 84.60, 53.64, 61.20, 77.40, 79.20, 76.32,
64.80, 57.60, 73.80,
63.36, 82.08, 90.36, 86.76, 64.08, 69.84, 79.20, 64.44,
71.28, 61.20, 60.48,
57.24, 75.96, 58.68, 71.28, 53.28, 99.36, 52.20, 60.12,
70.20, 50.76)
cada valor no vetor Fevereiro (54.00, 65.16, ...,50.76) é referente a um
determinado ano, neste caso, está sendo avaliado 43 anos seguidos, cujos
valores são referentes ao indice máximo pluviometrico. Os anos foram de 1956 à
1999.
Att.
André
Em 08/02/2013 21:01, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com
escreveu:
O método de Gaus Newton é um método de busca numérica muito utilizado para
encontrar os parâmetros de equações não lineares.
Qual função deu origem as derivadas parciais da figura do site?
Você tem os valores de wi?
Vamos tentar criar uma situação para tentarmos resolver o seu problema.
Como eu só utilizei gaus newton para regressão não linear preciso entender um
pouco mais o seu problema.
Att.
Tiago.
Date: Fri, 8 Feb 2013 14:41:48 -0200
From: andre...@bol.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Método de Newton Rhapson...
Obg Tiago!
O método de Gaus Newton é equivalente ao Newton Rhapson?
Para meu caso, eu tenho 3 parâmetros, como adaptar seu exemplo ao meu caso pelo
Gaus Newton? Não estou sabendo montar as expressões no R para chegar aos
resultados numéricos.
Segue no link abaixo, a função densidade de probabilidade da distribuição de
valores extremos (GVE), bem como suas derivadas parcais em relação a cada
parâmetro.
https://www.transferbigfiles.com/f1220ccb-8cb3-46c6-8a68-3c95fc24ebc4?rid=CnKlj7VjIyqbgcMXXXqFfg2
desde já agradeço!
Att.
André
Em 08/02/2013 07:01, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com
escreveu:
André se você quiser a resolução especificamente por este método da uma olhado
no dicas ridículas que o Walmes postou algo a respeito.
Mas eu estou trabalhando com o método de GAUSS-NEWTON e vou te passar o script
para caso você queira utiliza-lo.
No site abaixo tem um material explicando o método.
www.inf.ufsc.br/~ogliari/arquivos/regressao_nao_linear.ppt
No exemplo a seguir objetivo era encontrar os betas de um modelo exponencial.
dia-c(2,5,7,10,14,19,26,31,34,38,45,52,53,60,65) #variável independente
diag-c(54,50,45,37,35,25,20,16,18,13,8,11,8,4,6) #variável dependente
d3
bi-c(55,-0.02) # Chutes iniciais eles devem ser bem feitos para garantir que
haja convergência para um minimo global.
sqresi-crossprod(diag-c(d3(dia,bi[1],bi[2]))) # O erro e a diferença entre o
valores observados e a estimativa dos valores observados pelos betas dos chutes
iniciais.
i
while(i 10){
est
fx
d
sqresf
bf
bi
x
sqresi
cat(paste(formatC(c(sqresf, bi), digits=6, format=f), collapse=\t), \n)
i
}
Espero ter contribuído.
Att.
Tiago.
Date: Thu, 7 Feb 2013 21:59:17 -0200
From: andre...@bol.com.br
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: [R-br] Método de Newton Rhapson...
Olá colegas!
Gostaria de saber, como posso encontrar a solução númerica no R de cada
parâmetro (µ, σ, ξ) da expressão da imagem abaixo (no link), através do método
Newton Rhapson.
https://www.transferbigfiles.com/e7ec41f6-f49b-4463-a031-85159d12bc83?rid=NjTECXd92TZ3IxdEyePzfw2
desde já agradeço!
Att.
André
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postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
Re: [R-br] ESTIMATIVA DA CONCENTRAÇÃO LETAL MÉDIA (CL 50)
Obrigado a todos pelas dicas. Att. Tiago. Date: Thu, 7 Feb 2013 14:00:25 -0200 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; alisson...@yahoo.com.br Subject: Re: [R-br] ESTIMATIVA DA CONCENTRAÇÃO LETAL MÉDIA (CL 50) Tudo depende do modelo que tá ajustando. É um glm binomial? é um modelo não linear? tá usando a função logística? qual parametrização? Esses detalhes são fundamentais. O pacote drc (não linear) e MASS (glm) possuem implementações para isso. À disposição. Walmes. == Walmes Marques ZevianiLEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paranáfone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszevianitwitter: @walmeszevianihomepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218== ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] ERRO NA CRIAÇÃO DE UMA MATRIZ
Boa noite pessoal, estou tentando criar uma matriz com os intervalos de
confiança que eu calculei para os um conjunto de dados. No entanto, os valores
calculados para o intervalo de confiança ficaram ocultos na matriz.
ic- function(x, sigma2, conf.level=0.95){ n - length(x) xbarra -
mean(x) if (!missing(sigma2)){ z - qnorm((1+conf.level)/2)
}else{ sigma2 - var(x) z - qt((1+conf.level)/2, n-1) }
return(mean(x)+c(-1, 1)*z*sqrt(sigma2)/sqrt(n)) }
tr-gl(3,4)resp-rnorm(12,30,5)d-data.frame(tr,resp)int.conf-tapply(resp,tr,ic)mat-matrix(int.conf)mat
# matriz obtida. [,1] [1,] Numeric,2[2,] Numeric,2[3,] Numeric,2
Agradeço desde já pela ajuda.
Att.
Tiago.___
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mínimo reproduzível.
Re: [R-br] MÉTODO DE GAUSS-NEWTON
Walmes eu consegui criar o loop no entanto não estou conseguindo definir o
critério de parada dif.
CMR:
dia-c(2,5,7,10,14,19,26,31,34,38,45,52,53,60,65)
diag-c(54,50,45,37,35,25,20,16,18,13,8,11,8,4,6)
d3 - deriv3(~a*exp(b*x), c(a, b), function(x, a, b){ NULL })
bi-c(55,-0.02)
sqresi-crossprod(diag-c(d3(dia,bi[1],bi[2])))
i - 1
while(i 10){
est - d3(dia,bi[1],bi[2])
fx - c(est)
d - attr(est, gradient)
sqresf - crossprod(diag-fx)
bf - bi + (solve(t(d)%*%d)%*%(t(d)%*%(diag-fx)))
bi - c(bf)
sqresi - sqresf
cat(paste(formatC(c(sqresf, bi), digits=6, format=f), collapse=\t), \n)
i - i + 1
}
E a proposito dei uma lida no post que você fala a respeito da anova para
modelos não lineares. E fiquei com uma dúvida, seria possível testar o efeito
dos betas como nos modelos
lineares?
Agradeço desde já pela ajuda.
Att.
Tiago.
Date: Tue, 22 Jan 2013 16:49:16 -0200
From: walmeszevi...@gmail.com
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] MÉTODO DE GAUSS-NEWTON
Isso não vai ser problema não, pode haver zeros em alguns elementos da
hessiana. Vários modelos se comportam como esse seu.
À disposição.
Walmes.
==Walmes
Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759
W)Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: wal...@ufpr.br
skype: walmeszevianitwitter: @walmeszeviani
homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmeslinux user number: 531218
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mínimo reproduzível.
Re: [R-br] MÉTODO DE GAUSS-NEWTON
Obrigado Walmes, vou ler o script. Gostaria de tirar mais uma duvida, eu poderia utilizar o método de Newton para tentar ajustar o meu modelo mesmo que uma das segundas derivadas parciais fossem 0 ? Ex: y = a*exp(b*x) dy/da = exp(b*x) d2y/da2 = 0 Date: Mon, 21 Jan 2013 11:06:17 -0200 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] MÉTODO DE GAUSS-NEWTON Nesse script você encontra algo útil http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/uesc/estimaci.R À disposição. Walmes. ==Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszevianitwitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmeslinux user number: 531218 == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] MÉTODO DE GAUSS-NEWTON
Obrigado Walmes consegui criar o loop com o script que vc me indicou. Date: Tue, 22 Jan 2013 16:49:16 -0200 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] MÉTODO DE GAUSS-NEWTON Isso não vai ser problema não, pode haver zeros em alguns elementos da hessiana. Vários modelos se comportam como esse seu. À disposição. Walmes. ==Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszevianitwitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmeslinux user number: 531218 == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] MÉTODO DE GAUSS-NEWTON
Boa tarde colegas,
Estou tentando reproduzir o algoritmo de GAUSS-NEWTOM em linguagem r,
entretanto não estou conseguindo automatizar os comandos.
Na parte da automatização eu estou seguindo o script que o Walmes postou no
site http://ridiculas.wordpress.com/?s=newton sobre o metodo de
NEWTON-RAPHSON.
A titilo de exemplo estou utilizando um ajuste para o modelo y=a*exp(b*x)
conforme segue a baixo:
CMR:
x-c(2,5,7,10,14,19,26,31,34,38,45,52,53,60,65)
y-c(54,50,45,37,35,25,20,16,18,13,8,11,8,4,6)
a-56.6646 #parâmetro obtido obtido pela linearização da função y=a*exp(b*x)
b-(-0.03797) #parâmetro obtido obtido pela linearização da função y=a*exp(b*x)
# a função fx fornece as estimativas de (y~x) dados os coeficientes a e b.
fx-function(xi,yi,a,b,i,n){resp-numeric(0)for(i in
i:n){t-(a*exp(b*xi[i]))resp-c(resp,t) }resp}
# a função dfa fornece as estimativas da primeira derivada (dfx/da ~ x) dado o
coeficientes b.
dfa-function(xi,yi,b,i,n){resp-numeric(0)for(i in i:n){ t-exp(b*xi[i])
resp-c(resp,t) } resp }
# a função dfb fornece as estimativas da primeira derivada (dfx/db~x) dados os
coeficientes a e b.
dfb-function(xi,yi,a,b,i,n){resp1-numeric(0)for(i in i:n){
t1-a*xi[i]*exp(b*xi[i]) resp1-c(resp1,t1) } resp1 }
# A matrix betas contem os chutes para a e b
betas-matrix(c(a,b),nc=1)
# bcor fornece os parâmetros a e b corrigidos para a primeira interação. Estes
parâmetros serão substituídos no lugar dos valores de a e b iniciais e o
processo sera repetido.
bcor-(betas)+((solve((t(matrix(c((dfa(dia,diag,b,1,15)),(dfb(dia,diag,a,b,1,15))),nc=2))%*%(matrix(c((dfa(dia,diag,b,1,15)),(dfb(dia,diag,a,b,1,15))),nc=2)%*%((t(matrix(c((dfa(dia,diag,b,1,15)),(dfb(dia,diag,a,b,1,15))),nc=2))%*%(matrix(c(diag-(fx(dia,diag,a,b,1,15))),nc=1)
# a função Sqerro fornece a soma de quadrados dos desvios
Sqerro-sum((diag-fx(dia,diag,a,b,1,15))^2)
O problema é que eu não estou conseguindo usar os parâmetros corrigidos para
fazer a nova interação:
Ex:
bcor[i+1]-bcor[i]+betas[i] # este comando aproximaria mais vezes os
parâmetros.
dif(Sqerro[i+1]-Sqerro[i]) #Este seria o critério de parada quando a variação
no Sqerro fosse insignificante (10^(-6) por exemplo)
Agradeço desde já pela ajuda e peço desculpas se não fui muito claro.
Att.
Tiago.
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código
mínimo reproduzível.
Re: [R-br] R e C++
Caros colegas, Aproveitando a discussão, gostaria de saber se vocês conhecem algum material sobre importações de funções em C++ para R que eu possa ler. Att. Tiago. Date: Fri, 18 Jan 2013 18:10:54 -0200 From: beniltoncarva...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] R e C++ No código q vc enviou, não há nada que evidencie a necessidade de um for(). É apenas uma linha de comando usando %*%. Mas faltou vc definir 'm', 'p' e 'q' para q eu possa dizer definitivamente. On Jan 18, 2013 3:08 PM, ctrucios ctruc...@gmail.com wrote: então eu não estou querendo utilizar for (e é o que teria que fazer para a multiplicação matricial) Carlos Trucíos Maza * : ctruc...@gmail.com Em 18 de janeiro de 2013 14:59, Benilton Carvalho beniltoncarva...@gmail.com escreveu: Se o trecho for apenas esse, será q multiplicação Matricial não basta? On Jan 18, 2013 2:50 PM, ctrucios ctruc...@gmail.com wrote: Olá pessoal, Estou tentando de passar parte de um código que tenho no R para C++ (quero utilizar o Rcpp para que meu programa rode mais rápido) embora to meio enferrujado com C, alguém poderia me ajudar com esta linha do R e me dizer como teria que escrever ela em C++? (pensei em utilizar for mas fiquei pensando se existe uma forma mais direta) Codigo R:coeff[1] + sum(coeff[2:(p+1)]*y_boot[m - (1:p)]^2) + sum(coeff[(p+2):(aux3[2]+1)]*s2_boot[m - (1:q)]) Desde já agradeço. Carlos Trucíos Maza * : ctruc...@gmail.com ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] R e C++
Obrigado pelas dicas Benilton. Att Tiago. From: beniltoncarva...@gmail.com Date: Fri, 18 Jan 2013 22:36:32 -0200 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] R e C++ Eu recomendaria os manuais... em particular o Writing R Extensions... hoje, vc tbm pode usar bastante coisa do blog do Dirk, com mencoes particulares ao Rcpp. 2013/1/18 Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com: Caros colegas, Aproveitando a discussão, gostaria de saber se vocês conhecem algum material sobre importações de funções em C++ para R que eu possa ler. Att. Tiago. Date: Fri, 18 Jan 2013 18:10:54 -0200 From: beniltoncarva...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] R e C++ No código q vc enviou, não há nada que evidencie a necessidade de um for(). É apenas uma linha de comando usando %*%. Mas faltou vc definir 'm', 'p' e 'q' para q eu possa dizer definitivamente. On Jan 18, 2013 3:08 PM, ctrucios ctruc...@gmail.com wrote: então eu não estou querendo utilizar for (e é o que teria que fazer para a multiplicação matricial) Carlos Trucíos Maza * : ctruc...@gmail.com Em 18 de janeiro de 2013 14:59, Benilton Carvalho beniltoncarva...@gmail.com escreveu: Se o trecho for apenas esse, será q multiplicação Matricial não basta? On Jan 18, 2013 2:50 PM, ctrucios ctruc...@gmail.com wrote: Olá pessoal, Estou tentando de passar parte de um código que tenho no R para C++ (quero utilizar o Rcpp para que meu programa rode mais rápido) embora to meio enferrujado com C, alguém poderia me ajudar com esta linha do R e me dizer como teria que escrever ela em C++? (pensei em utilizar for mas fiquei pensando se existe uma forma mais direta) Codigo R: coeff[1] + sum(coeff[2:(p+1)]*y_boot[m - (1:p)]^2) + sum(coeff[(p+2):(aux3[2]+1)]*s2_boot[m - (1:q)]) Desde já agradeço. Carlos Trucíos Maza * : ctruc...@gmail.com ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] DESDOBRAMENTO DE UM FATORIAL TRIPLO
Muito obrigado Walmes, estava tentando com os comandos antigos a muito tempo. Com relação ao F, o testador dos fatores ano, ambientes e da interação anos X ambientes e o QM(anos X ambientes X bloco), portanto, eu refiz o quadro de anova. Mas eu creio que o testador do desdobramento é o QMresíduo já que ele é o testador da interação tripla. A propósito Walmes, acho muito interessante aquele gráfico da interação simples que você postou no dicas ridículas, você acha que seria possível fazer o mesmo com a interação tripla? Att. Tiago. Date: Tue, 8 Jan 2013 18:00:47 -0200 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] DESDOBRAMENTO DE UM FATORIAL TRIPLO Exigiu apenas uma modificação do código porque você tá desdobrando um fator dentro da combinação dos níveis de dois fatores, # blocos devem vir antes nas fórmulas av - aov(resp~anos*ambientes/(blocos+genotipos)) anova(av) # nem todo F tá com denominador correto names(coef(av)) pattern - c(outer(levels(anos), levels(ambientes), function(x,y) paste(anos,x,:ambientes,y,:,sep=))) des.tab - sapply(pattern, simplify=FALSE, grep, x=names(coef(av)[av$assign==5])) summary(av, split=list(anos:ambientes:genotipos=des.tab)) À disposição. Walmes. ==Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszevianitwitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmeslinux user number: 531218 == ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] DESDOBRAMENTO DE UM FATORIAL TRIPLO
Ok. Obrigado Walmes. Att. Tiago. Date: Wed, 9 Jan 2013 00:28:14 -0200 From: walmeszevi...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] DESDOBRAMENTO DE UM FATORIAL TRIPLO Acredito que você possa adaptar e usar o mesmo tipo de gráfico sim. À disposição. Walmes. == Walmes Marques ZevianiLEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paranáfone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173e-mail: wal...@ufpr.br skype: walmeszevianitwitter: @walmeszevianihomepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218== ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] DESDOBRAMENTO DE UM FATORIAL TRIPLO
Boa tarde pessoal, Estou tentando desdobrar a interação tripla do exemplo abaixo, entretanto, as somas de quadrado e os graus de liberdade estão dando 0. Ex: anos-c(rep(1,144),rep(2,144)) ambientes-c(rep(1,48),rep(2,48),rep(3,48),rep(1,48),rep(2,48),rep(3,48)) genotipos-c(rep(c(rep(1,6),rep(2,6),rep(3,6),rep(4,6),rep(5,6),rep(6,6),rep(7,6),rep(8,6)),6)) blocos-c(rep(c(1,2,3,4,5,6),48)) resp-c(195,196,192,208,180,213,216,194,198,209,238,236,307,341,305,316,335,340,435,403,499,422,487,483,218,192,222,221,218,219,227,422,429,448,463,461,134,178,188,285,294,295,707,803,828,714,848,808,141,153,168,270,146,250,244,134,142,253,261,234,342,359,349,359,369,330,448,465,431,449,459,440,243,163,250,244,210,231,246,440,444,454,462,464,141,154,172,269,249,259,759,840,838,741,845,806,569,460,433,373,480,384,490,191,406,500,424,314,842,703,881,804,912,929,739,749,629,630,848,721,931,849,988,880,893,993,290,204,380,311,215,295,190,109,239,137,200,146,200,218,132,249,235,202,294,324,386,382,319,395,625,620,719,619,627,620,626,540,668,662,639,575,882,984,994,796,802,709,525,515,540,409,589,467,180,256,260,198,292,109,365,372,364,274,396,302,929,783,894,866,772,872,130,394,399,203,387,213,211,396,192,208,234,238,303,442,302,316,332,449,436,608,492,429,487,489,218,393,225,220,214,217,226,424,426,541,462,467,139,279,389,288,296,298,701,801,823,913,849,805,195,390,199,239,217,180,306,380,488,372,309,375,502,534,514,726,682,459,273,324,278,296,302,293,304,315,316,337,291,312,273,355,286,283,331,403,305,296,283,318,309,481,283,255,306,313,274,484) dados-data.frame(anos,ambientes,genotipos,blocos,resp) #Estou usando os seguintes comandos: anos-factor(anos) ambientes-factor(ambientes) genotipos-factor(genotipos) blocos-factor(blocos) av-aov(resp~anos*ambientes/genotipos+(anos:ambientes:blocos)) des.tab-sapply(paste(anos:ambientes, levels(anos:ambientes), sep=), simplify=F, grep, x=names(coef(av)[av$assign==4])) des.tab1-summary(av, split=list(anos:ambientes:genotipos=des.tab)) Agradeço desde já por qualquer ajuda. Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] TESTE DE SHAPIRO-WILK
Obrigado pela ajuda Natalia. Att. Tiago. Date: Sat, 5 Jan 2013 10:09:58 -0200 From: nsmbarr...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] TESTE DE SHAPIRO-WILK Bom dia! Tiago no seu exemplo 0.02 0.05 # Os resíduos não podem ser considerados normais ao nível de 5% de probabilidade 0.02 nao é maior que 0.05 e sim menor, logo os residuos nao podem ser considerados normais. mas se o p-value 0.01 vc pode considerar que os resíduos apresentam normalidade ao nível de 1% de probabilidade. Em 4 de janeiro de 2013 15:52, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Obrigado pela ajuda Natalia, Mas gostaria de tirar mais uma duvida se possível. Eu tenho olhado alguns exercícios resolvidos no R e a conclusão a respeito do teste é a seguinte: p-value alpha Ex: 0.32 0.05 # Os resíduos podem ser considerados normais ao nível de 5% de probabilidade. 0.02 0.05 # Os resíduos não podem ser considerados normais ao nível de 5% de probabilidade. A duvida é a seguinte e se eu quiser considerar o nível de 1% de probabilidade? p-value 0.01 #Posso considerar os resíduos podem ser considerados normais ao nível de 1% de probabilidade. Agradeço desde já pela atenção Att. Tiago. Date: Fri, 4 Jan 2013 15:06:29 -0200 From: nsmbarr...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] TESTE DE SHAPIRO-WILK Boa tarde Tiago, não é necessario fixar um nivel alpha, basta vc olhar no resultado do valor de p (p value) e verificar se ele é maior ou menor que o valor de alpha que vc deseja. Att Em 4 de janeiro de 2013 14:42, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Boa tarde pessoal, Gostaria de saber se é possivel fixar um nível alpha para a realização do teste de Shapiro-Wilk. Agradeço desde já. Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
[R-br] TESTE DE SHAPIRO-WILK
Boa tarde pessoal, Gostaria de saber se é possivel fixar um nível alpha para a realização do teste de Shapiro-Wilk. Agradeço desde já. Att. Tiago.___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Re: [R-br] TESTE DE SHAPIRO-WILK
Obrigado pela ajuda Natalia, Mas gostaria de tirar mais uma duvida se possível. Eu tenho olhado alguns exercícios resolvidos no R e a conclusão a respeito do teste é a seguinte: p-value alpha Ex: 0.32 0.05 # Os resíduos podem ser considerados normais ao nível de 5% de probabilidade. 0.02 0.05 # Os resíduos não podem ser considerados normais ao nível de 5% de probabilidade. A duvida é a seguinte e se eu quiser considerar o nível de 1% de probabilidade? p-value 0.01 #Posso considerar os resíduos podem ser considerados normais ao nível de 1% de probabilidade. Agradeço desde já pela atenção Att. Tiago. Date: Fri, 4 Jan 2013 15:06:29 -0200 From: nsmbarr...@gmail.com To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] TESTE DE SHAPIRO-WILK Boa tarde Tiago,não é necessario fixar um nivel alpha, basta vc olhar no resultado do valor de p (p value) e verificar se ele é maior ou menor que o valor de alpha que vc deseja. Att Em 4 de janeiro de 2013 14:42, Tiago Souza Marçal tiagosouzamar...@hotmail.com escreveu: Boa tarde pessoal, Gostaria de saber se é possivel fixar um nível alpha para a realização do teste de Shapiro-Wilk. Agradeço desde já. Att. Tiago. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -- Natália da Silva Martins Bacharel em Estatística - Universidade Estadual de Maringá/ UEM Mestranda em Estatística e Experimentação Agronômica - ESALQ/ USP Contato: (19) 8306-4743 ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ___ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
