Prezados, 
gostaria de saber se no caso de parcelas perdidas é só substituir o valor 
perdido par NA e usar a função aov() como no exemplo abaixo.
fator1<-c(rep("A",12),rep("B",12))  
fator2<-c(rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4),rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4))
resposta<-c(39.03794, 30.19444, 32.57167, 34.87484, NA ,37.15130, 39.67066, 
32.34696, 19.96688, 63.33362, 43.74447, 
47.39147, 37.37704, NA, 29.35858, 28.76528, 16.092950, 21.080503, 16.906132, 
12.345620, 26.475927, 23.639545, 23.890539, NA)
dados<-data.frame(fator1,fator2,resposta)
anova<-aov(resposta~fator1*fator2)
summary(anova)

Existe algum pacote que realiza testes de comparação múltipla para dados 
desbalanciados.  
Att.
Tiago.

                                          
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