Re: [R-es] comparaciones múltiples

[Luciano Selzer]

Recomiendo que veas el paquete lsmeans. Podes especificar comparaciones
dentro factores.

Saludos

Luciano

El 29 de marzo de 2015, 11:36, Miguel Lázaro  escribió:

> Hola a todos,
> yo he tenido el mismo problema y después de hablar con mucha gente que a
> su vez habló con mucha gente, he optado por la solución laboriosa y parto
> la matriz general en tantas matrices como niveles tenga el factor -una vez
> la interacción es significativa. Es un procedimiento laborioso pero
> incontestable para cualquier revisor, creo.
> Saludos
> Miguel
> 
> El dom, 29/3/15, r-help-es-requ...@r-project.org <
> r-help-es-requ...@r-project.org> escribió:
>
>  Asunto: Resumen de R-help-es, Vol 73, Envío 42
>  Para: r-help-es@r-project.org
>  Fecha: domingo, 29 de marzo, 2015 11:00
>
>  Envíe los mensajes para la lista
>  R-help-es a
>  r-help-es@r-project.org
>
>  Para subscribirse o anular su subscripción a través de la
>  WEB
>  https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>  O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto
>  "help" en
>  el asunto (subject) o en el cuerpo a:
>  r-help-es-requ...@r-project.org
>
>  Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo
>  a:
>  r-help-es-ow...@r-project.org
>
>  Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor,
>  edite la
>  linea del asunto (subject) para que el texto sea mas
>  especifico que:
>  "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor,
>  incluya en
>  la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que
>  está
>  respondiendo.
>
>
>  Asuntos del día:
>
> 1. Re: Uso de R a través de Telegram
>  (Pedro Herrero Petisco)
> 2. Comparaciones múltiples (Carlos
>  Hernández-Castellano)
> 3. Re: Comparaciones múltiples (Víctor
>  Granda García)
>
>
>  --
>
>  Message: 1
>  Date: Sat, 28 Mar 2015 12:06:35 +0100
>  From: Pedro Herrero Petisco 
>  To: Ruben Tobalina Ramirez 
>  Cc: Lista R 
>  Subject: Re: [R-es] Uso de R a través de Telegram
>  Message-ID:
>
>  
>  Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"
>
>  Muchas gracias por compartir, la verdad es que está muy
>  chulo :-)
>  El 28/03/2015 09:29, "Ruben Tobalina Ramirez" 
>  escribió:
>
>  > Buenas,
>  >
>  > He descubierto y queria compartirla con vosotros. La
>  verdad es que
>  > tiene buena pinta, es curiosa, pero no sé si tiene
>  mucha utilidad.
>  > Tele R es una "app" para usar R a través de Telegram.
>  Básicamente
>  > envias el código de R a una cuenta de Telegram que
>  esta conectada a un
>  > servidor en la nube con R y te envia a tu telefono los
>  resultados,
>  > vamos como si tuvieses R en tu móvil. Os envio su werb
>  por si os
>  > interesa: http://telemath.altervista.org/TeleR.html
>  >
>  > y existe lo mismo para Octave:
>  >
>  >
> http://nbviewer.ipython.org/github/CAChemE/lightning-talks/blob/master/2015-02/TeleOctave.ipynb
>  >
>  > Un saludo
>  >
>  > Rubén
>  >
>  > _______
>  > R-help-es mailing list
>  > R-help-es@r-project.org
>  > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>  >
>
>  [[alternative HTML version deleted]]
>
>
>
>  --
>
>  Message: 2
>  Date: Sat, 28 Mar 2015 23:10:04 +0100
>  From: Carlos Hernández-Castellano
>  
>  To: r-help-es@r-project.org
>  Subject: [R-es] Comparaciones múltiples
>  Message-ID:
>  
>  Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"
>
>  Saludos,
>
>  tengo una base de datos con tres variables: especie,
>  tratamiento y
>  abundancia.
>
>  Quiero hacer comparaciones múltiples con Tukey.
>  Ya había usado el comando TukeyHSD(aov(x~y)).
>
>  La cuestión esque ahora tengo varios niveles del factor
>  especie y varios
>  niveles del factor tratamiento.
>  Si hago TukeyHSD(aov(abundancia~especie:tratamiento)) me
>  salen todas las
>  comparaciones posibles, pero yo sólo estoy interesado en
>  que para cada
>  especie (i.e. para cada nivel del factor especie) me salgan
>  las
>  comparaciones de los datos de abundancia para cada par de
>  tratamientos
>  (niveles del factor tratamiento).
>
>  Una solución laboriosa sería partir el documento original
>  en tantos como
>  especies, pero seguro que alguien me puede sugerir una
>  solución más
>  inteligente.
>
>  Saludos y gracias,
>
>
>  --
>  *?*
>
>  *Carlos

Re: [R-es] Comparaciones múltiples

[Javier Villacampa González]

Hola Miguel yo tengo una función para hacer comparaciones multiples ( muy
util si hacer medidas repetidas, ya que en el otro caso tienes la función
HSD)

t.test.Comparison.Function.Ch <- function( data, StringResponse,
StringFactor){
  
  # Factor
  
  data[,StringFactor ] <- factor(data[,StringFactor ] )

  
  # Create data.frame
  
  T.Test <- data.frame(Name = NA, LevelOne =NA, LevelTwo= NA,statistic =
NA, df = NA, df = NA, p.value = NA )
  T.Test <- T.Test[-1,]
  NumberOfFactors <- length(levels(data[, StringFactor]) )

  
  # t.test computation
  
  for(i in 1:(  NumberOfFactors - 1 ) ){
LevelOne <- levels(data[, StringFactor])[i]
for(j in (i+1):( NumberOfFactors) ){
  LevelTwo <- levels(data[, StringFactor])[j]
  x <-t.test( x =data[data[, StringFactor] == LevelOne, StringResponse]
,
  y =data[data[, StringFactor] == LevelTwo, StringResponse]
)

  T.Test <- rbind( T.Test,
   data.frame(Name = paste(LevelOne,LevelTwo, sep= "."),
  LevelOne = LevelOne,
  LevelTwo= LevelTwo,
  statistic = x$statistic, df =
x$parameter, p.value = x$p.value )
  )
}
  }

  
  # Significacion
  
  T.Test$Sign <- "n.s."
  if(dim( T.Test[  T.Test$p.value <= 0.1 & T.Test$p.value > 0.05 ,] )[1] >
0 ){
T.Test[  T.Test$p.value <= 0.1 & T.Test$p.value > 0.05 ,]$Sign <- "·"
  }

  if(dim( T.Test[  T.Test$p.value <= 0.05 & T.Test$p.value > 0.01 ,] )[1] >
0 ){
T.Test[  T.Test$p.value <= 0.05 & T.Test$p.value > 0.01 ,]$Sign <- "*"
  }

  if(dim( T.Test[  T.Test$p.value <= 0.01 & T.Test$p.value > 0.001 ,] )[1]
> 0 ){
T.Test[  T.Test$p.value <= 0.01 & T.Test$p.value > 0.001 ,]$Sign <- "**"
  }

  if(dim( T.Test[  T.Test$p.value <= 0.001 ,] )[1] > 0 ){
T.Test[  T.Test$p.value <= 0.001  ,]$Sign <- "***"
  }

  
  # Bonferroni p.value
  
  T.Test$p.value.Adjusted <- p.adjust(T.Test$p.value, method = "bonferroni")

  
  # Significacion
  
  T.Test$Sign.Adjusted <- "n.s."
  if(dim( T.Test[  T.Test$p.value.Adjusted <= 0.1 & T.Test$p.value.Adjusted
> 0.05 ,] )[1] > 0 ){
T.Test[  T.Test$p.value.Adjusted <= 0.1 & T.Test$p.value.Adjusted >
0.05 ,]$Sign.Adjusted <- "·"
  }

  if(dim( T.Test[  T.Test$p.value.Adjusted <= 0.05 &
T.Test$p.value.Adjusted > 0.01 ,] )[1] > 0 ){
T.Test[  T.Test$p.value.Adjusted <= 0.05 & T.Test$p.value.Adjusted >
0.01 ,]$Sign.Adjusted <- "*"
  }

  if(dim( T.Test[  T.Test$p.value.Adjusted <= 0.01 &
T.Test$p.value.Adjusted > 0.001 ,] )[1] > 0 ){
T.Test[  T.Test$p.value.Adjusted <= 0.01 & T.Test$p.value.Adjusted >
0.001 ,]$Sign.Adjusted <- "**"
  }

  if(dim( T.Test[  T.Test$p.value.Adjusted <= 0.001 ,] )[1] > 0 ){
T.Test[  T.Test$p.value.Adjusted <= 0.001  ,]$Sign.Adjusted <- "***"
  }


  
  # Effect Size
  
  t <- T.Test$statistic
  df <-T.Test$df
  T.Test$Effect.Size <- sqrt( t^2/(t^2+df) )

  T.Test$statistic <- round( T.Test$statistic, digits = 3)
  T.Test$df <- round( T.Test$df, digits = 3)
  T.Test$p.value <- round( T.Test$p.value, digits = 3)
  T.Test$p.value.Adjusted <- round( T.Test$p.value.Adjusted, digits = 3)
  T.Test$Effect.Size <- round( T.Test$Effect.Size, digits = 3)


  return(T.Test)


}


--

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Re: [R-es] Comparaciones múltiples

[Pedro Concejero Cerezo]

Hola,
Quizas puedas considerar tus contrastes como comparaciones o contrastes 
planificados (planned contrasts o creo que tambi�n llamados por algunos 
a-priori contrasts).
Una b�squeda r�pida da algunos buenos ejemplos:
https://www.google.es/search?q=r+anova+planned+contrasts

Por ejemplo
http://faculty.smu.edu/kyler/courses/7311/planned_4up.pdf

Saludos,
Pedro

El 30/03/2015 a las 12:00, 
r-help-es-requ...@r-project.org 
escribi�:

 Message: 2
 Date: Sat, 28 Mar 2015 23:10:04 +0100
 From: Carlos Hern�ndez-Castellano
 

 To: r-help-es@r-project.org
 Subject: [R-es] Comparaciones m�ltiples
 Message-ID:
 

 Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"

 Saludos,

 tengo una base de datos con tres variables: especie,
 tratamiento y
 abundancia.

 Quiero hacer comparaciones m�ltiples con Tukey.
 Ya hab�a usado el comando TukeyHSD(aov(x~y)).

 La cuesti�n esque ahora tengo varios niveles del factor
 especie y varios
 niveles del factor tratamiento.
 Si hago TukeyHSD(aov(abundancia~especie:tratamiento)) me
 salen todas las
 comparaciones posibles, pero yo s�lo estoy interesado en
 que para cada
 especie (i.e. para cada nivel del factor especie) me salgan
 las
 comparaciones de los datos de abundancia para cada par de
 tratamientos
 (niveles del factor tratamiento).

 Una soluci�n laboriosa ser�a partir el documento original
 en tantos como
 especies, pero seguro que alguien me puede sugerir una
 soluci�n m�s
 inteligente.

 Saludos y gracias,


 --
 *?*

 *Carlos Hern�ndez-Castellano*

 Environmental Scientist

 Student, MSc Terrestrial Ecology and Biodiversity
 Management

 Research Collaborator at Centre of Ecological Research and
 Forestry
 Applications (CREAF)

 Ecology Unit - Department of Animal Biology, Plant Biology
 and Ecology;
 Faculty of Sciences, Autonomous University of Barcelona
 (UAB)

 08193 Bellaterra, Spain

 Email: 
carlos.hernandezcastell...@gmail.com

 [[alternative HTML version deleted]]



 --

 Message: 3
 Date: Sat, 28 Mar 2015 23:31:44 +
 From: V�ctor Granda Garc�a 

 To: Carlos Hern�ndez-Castellano
 
,
 r-help-es@r-project.org
 Subject: Re: [R-es] Comparaciones m�ltiples
 Message-ID:
 

 Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"

 Hola Carlos.

 La orden TukeyHSD tiene un par�metro "which" que te permite
 indicar para
 que variable explicativa quieres las comparaciones.

 Mira la ayuda de TukeyHSD con '?TukeyHSD' donde tienes un
 ejemplo, aunque
 en tu caso ser�a algo parecido a esto:

 modelo <- aov(abundancia~especie:tratamiento)
 TukeyHSD(modelo, "tratamiento")

 Espero que te sirva, un saludo.

 El s�b., 28 de marzo de 2015 a las 23:10, Carlos
 Hern�ndez-Castellano (<
 
carlos.hernandezcastell...@gmail.com>)
 escribi�:

 > Saludos,
 >
 > tengo una base de datos con tres variables: especie,
 tratamiento y
 > abundancia.
 >
 > Quiero hacer comparaciones m�ltiples con Tukey.
 > Ya hab�a usado el comando TukeyHSD(aov(x~y)).
 >
 > La cuesti�n esque ahora tengo varios niveles del
 factor especie y varios
 > niveles del factor tratamiento.
 > Si hago TukeyHSD(aov(abundancia~especie:tratamiento))
 me salen todas las
 > comparaciones posibles, pero yo s�lo estoy interesado
 en que para cada
 > especie (i.e. para cada nivel del factor especie) me
 salgan las
 > comparaciones de los datos de abundancia para cada par
 de tratamientos
 > (niveles del factor tratamiento).
 >
 > Una soluci�n laboriosa ser�a partir el documento
 original en tantos como
 > especies, pero seguro que alguien me puede sugerir una
 soluci�n m�s
 > inteligente.
 >
 > Saludos y gracias,
 >
 >
 > --
 > **
 >
 > *Carlos Hern�ndez-Castellano*
 >
 > Environmental Scientist
 >
 > Student, MSc Terrestrial Ecology and Biodiversity
 Management
 >
 > Research Collaborator at Centre of Ecological Research
 and Forestry
 > Applications (CREAF)
 >
 > Ecology Unit - Department of Animal Biology, Plant
 Biology and Ecology;
 > Faculty of Sciences, Autonomous University of Barcelona
 (UAB)
 >
 > 08193 Bellaterra, Spain
 >
 > Email: 
 > carlos.hernandezcastell...@gmail.com
 >
 > [[alternative
 HTML version deleted]]
 >
 > ___
 > R-help-es mailing list
 > R-help-es@r-project.org
 > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
 >

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--
Pedro Concejero
BI & Big Data - Internal Exploitation - Telef�nica I+D
E-mail: 
pedro.concejerocer.

Re: [R-es] Comparaciones múltiples

[Carlos Hernández-Castellano]

Muchas gracias!

2015-03-29 0:31 GMT+01:00 Víctor Granda García :

> Hola Carlos.
>
> La orden TukeyHSD tiene un parámetro "which" que te permite indicar para
> que variable explicativa quieres las comparaciones.
>
> Mira la ayuda de TukeyHSD con '?TukeyHSD' donde tienes un ejemplo, aunque
> en tu caso sería algo parecido a esto:
>
> modelo <- aov(abundancia~especie:tratamiento)
> TukeyHSD(modelo, "tratamiento")
>
> Espero que te sirva, un saludo.
>
> El sáb., 28 de marzo de 2015 a las 23:10, Carlos Hernández-Castellano (<
> carlos.hernandezcastell...@gmail.com>) escribió:
>
>> Saludos,
>>
>> tengo una base de datos con tres variables: especie, tratamiento y
>> abundancia.
>>
>> Quiero hacer comparaciones múltiples con Tukey.
>> Ya había usado el comando TukeyHSD(aov(x~y)).
>>
>> La cuestión esque ahora tengo varios niveles del factor especie y varios
>> niveles del factor tratamiento.
>> Si hago TukeyHSD(aov(abundancia~especie:tratamiento)) me salen todas las
>> comparaciones posibles, pero yo sólo estoy interesado en que para cada
>> especie (i.e. para cada nivel del factor especie) me salgan las
>> comparaciones de los datos de abundancia para cada par de tratamientos
>> (niveles del factor tratamiento).
>>
>> Una solución laboriosa sería partir el documento original en tantos como
>> especies, pero seguro que alguien me puede sugerir una solución más
>> inteligente.
>>
>> Saludos y gracias,
>>
>>
>> --
>> **
>>
>> *Carlos Hernández-Castellano*
>>
>> Environmental Scientist
>>
>> Student, MSc Terrestrial Ecology and Biodiversity Management
>>
>> Research Collaborator at Centre of Ecological Research and Forestry
>> Applications (CREAF)
>>
>> Ecology Unit - Department of Animal Biology, Plant Biology and Ecology;
>> Faculty of Sciences, Autonomous University of Barcelona (UAB)
>>
>> 08193 Bellaterra, Spain
>>
>> Email: carlos.hernandezcastell...@gmail.com
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
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>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>


-- 
*​*

*Carlos Hernández-Castellano*

Environmental Scientist

Student, MSc Terrestrial Ecology and Biodiversity Management

Research Collaborator at Centre of Ecological Research and Forestry
Applications (CREAF)

Ecology Unit - Department of Animal Biology, Plant Biology and Ecology;
Faculty of Sciences, Autonomous University of Barcelona (UAB)

08193 Bellaterra, Spain

Email: carlos.hernandezcastell...@gmail.com

[[alternative HTML version deleted]]

___
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R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

[R-es] comparaciones múltiples

[Miguel Lázaro]

Hola a todos,
yo he tenido el mismo problema y después de hablar con mucha gente que a su vez 
habló con mucha gente, he optado por la solución laboriosa y parto la matriz 
general en tantas matrices como niveles tenga el factor -una vez la interacción 
es significativa. Es un procedimiento laborioso pero incontestable para 
cualquier revisor, creo. 
Saludos
Miguel

El dom, 29/3/15, r-help-es-requ...@r-project.org 
 escribió:

 Asunto: Resumen de R-help-es, Vol 73, Envío 42
 Para: r-help-es@r-project.org
 Fecha: domingo, 29 de marzo, 2015 11:00

 Envíe los mensajes para la lista
 R-help-es a
     r-help-es@r-project.org

 Para subscribirse o anular su subscripción a través de la
 WEB
     https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

 O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto
 "help" en
 el asunto (subject) o en el cuerpo a:
     r-help-es-requ...@r-project.org

 Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo
 a:
     r-help-es-ow...@r-project.org

 Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor,
 edite la
 linea del asunto (subject) para que el texto sea mas
 especifico que:
 "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor,
 incluya en
 la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que
 está
 respondiendo.


 Asuntos del día:

    1. Re: Uso de R a través de Telegram
 (Pedro Herrero Petisco)
    2. Comparaciones múltiples (Carlos
 Hernández-Castellano)
    3. Re: Comparaciones múltiples (Víctor
 Granda García)


 --

 Message: 1
 Date: Sat, 28 Mar 2015 12:06:35 +0100
 From: Pedro Herrero Petisco 
 To: Ruben Tobalina Ramirez 
 Cc: Lista R 
 Subject: Re: [R-es] Uso de R a través de Telegram
 Message-ID:
    
 
 Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"

 Muchas gracias por compartir, la verdad es que está muy
 chulo :-)
 El 28/03/2015 09:29, "Ruben Tobalina Ramirez" 
 escribió:

 > Buenas,
 >
 > He descubierto y queria compartirla con vosotros. La
 verdad es que
 > tiene buena pinta, es curiosa, pero no sé si tiene
 mucha utilidad.
 > Tele R es una "app" para usar R a través de Telegram.
 Básicamente
 > envias el código de R a una cuenta de Telegram que
 esta conectada a un
 > servidor en la nube con R y te envia a tu telefono los
 resultados,
 > vamos como si tuvieses R en tu móvil. Os envio su werb
 por si os
 > interesa: http://telemath.altervista.org/TeleR.html
 >
 > y existe lo mismo para Octave:
 >
 > http://nbviewer.ipython.org/github/CAChemE/lightning-talks/blob/master/2015-02/TeleOctave.ipynb
 >
 > Un saludo
 >
 > Rubén
 >
 > ___
 > R-help-es mailing list
 > R-help-es@r-project.org
 > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
 >

     [[alternative HTML version deleted]]



 --

 Message: 2
 Date: Sat, 28 Mar 2015 23:10:04 +0100
 From: Carlos Hernández-Castellano
     
 To: r-help-es@r-project.org
 Subject: [R-es] Comparaciones múltiples
 Message-ID:
     
 Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"

 Saludos,

 tengo una base de datos con tres variables: especie,
 tratamiento y
 abundancia.

 Quiero hacer comparaciones múltiples con Tukey.
 Ya había usado el comando TukeyHSD(aov(x~y)).

 La cuestión esque ahora tengo varios niveles del factor
 especie y varios
 niveles del factor tratamiento.
 Si hago TukeyHSD(aov(abundancia~especie:tratamiento)) me
 salen todas las
 comparaciones posibles, pero yo sólo estoy interesado en
 que para cada
 especie (i.e. para cada nivel del factor especie) me salgan
 las
 comparaciones de los datos de abundancia para cada par de
 tratamientos
 (niveles del factor tratamiento).

 Una solución laboriosa sería partir el documento original
 en tantos como
 especies, pero seguro que alguien me puede sugerir una
 solución más
 inteligente.

 Saludos y gracias,


 -- 
 *?*

 *Carlos Hernández-Castellano*

 Environmental Scientist

 Student, MSc Terrestrial Ecology and Biodiversity
 Management

 Research Collaborator at Centre of Ecological Research and
 Forestry
 Applications (CREAF)

 Ecology Unit - Department of Animal Biology, Plant Biology
 and Ecology;
 Faculty of Sciences, Autonomous University of Barcelona
 (UAB)

 08193 Bellaterra, Spain

 Email: carlos.hernandezcastell...@gmail.com

     [[alternative HTML version deleted]]



 --

 Message: 3
 Date: Sat, 28 Mar 2015 23:31:44 +
 From: Víctor Granda García 
 To: Carlos Hernández-Castellano
     ,
 r-help-es@r-project.org
 Subject: Re: [R-es] Comparaciones múltiples
 Message-ID:
     
 Content-Type: text/plain; charset="UTF-8"

 Hola Carlos.

 La orden TukeyHSD tiene un parámetro "which" que te permite
 indicar para
 que variable explicativa quieres las comparaciones.

 Mira la ayuda de TukeyH

Re: [R-es] Comparaciones múltiples

[Víctor Granda García]

Hola Carlos.

La orden TukeyHSD tiene un parámetro "which" que te permite indicar para
que variable explicativa quieres las comparaciones.

Mira la ayuda de TukeyHSD con '?TukeyHSD' donde tienes un ejemplo, aunque
en tu caso sería algo parecido a esto:

modelo <- aov(abundancia~especie:tratamiento)
TukeyHSD(modelo, "tratamiento")

Espero que te sirva, un saludo.

El sáb., 28 de marzo de 2015 a las 23:10, Carlos Hernández-Castellano (<
carlos.hernandezcastell...@gmail.com>) escribió:

> Saludos,
>
> tengo una base de datos con tres variables: especie, tratamiento y
> abundancia.
>
> Quiero hacer comparaciones múltiples con Tukey.
> Ya había usado el comando TukeyHSD(aov(x~y)).
>
> La cuestión esque ahora tengo varios niveles del factor especie y varios
> niveles del factor tratamiento.
> Si hago TukeyHSD(aov(abundancia~especie:tratamiento)) me salen todas las
> comparaciones posibles, pero yo sólo estoy interesado en que para cada
> especie (i.e. para cada nivel del factor especie) me salgan las
> comparaciones de los datos de abundancia para cada par de tratamientos
> (niveles del factor tratamiento).
>
> Una solución laboriosa sería partir el documento original en tantos como
> especies, pero seguro que alguien me puede sugerir una solución más
> inteligente.
>
> Saludos y gracias,
>
>
> --
> **
>
> *Carlos Hernández-Castellano*
>
> Environmental Scientist
>
> Student, MSc Terrestrial Ecology and Biodiversity Management
>
> Research Collaborator at Centre of Ecological Research and Forestry
> Applications (CREAF)
>
> Ecology Unit - Department of Animal Biology, Plant Biology and Ecology;
> Faculty of Sciences, Autonomous University of Barcelona (UAB)
>
> 08193 Bellaterra, Spain
>
> Email: carlos.hernandezcastell...@gmail.com
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[R-es] Comparaciones múltiples

[Carlos Hernández-Castellano]

Saludos,

tengo una base de datos con tres variables: especie, tratamiento y
abundancia.

Quiero hacer comparaciones múltiples con Tukey.
Ya había usado el comando TukeyHSD(aov(x~y)).

La cuestión esque ahora tengo varios niveles del factor especie y varios
niveles del factor tratamiento.
Si hago TukeyHSD(aov(abundancia~especie:tratamiento)) me salen todas las
comparaciones posibles, pero yo sólo estoy interesado en que para cada
especie (i.e. para cada nivel del factor especie) me salgan las
comparaciones de los datos de abundancia para cada par de tratamientos
(niveles del factor tratamiento).

Una solución laboriosa sería partir el documento original en tantos como
especies, pero seguro que alguien me puede sugerir una solución más
inteligente.

Saludos y gracias,


-- 
*​*

*Carlos Hernández-Castellano*

Environmental Scientist

Student, MSc Terrestrial Ecology and Biodiversity Management

Research Collaborator at Centre of Ecological Research and Forestry
Applications (CREAF)

Ecology Unit - Department of Animal Biology, Plant Biology and Ecology;
Faculty of Sciences, Autonomous University of Barcelona (UAB)

08193 Bellaterra, Spain

Email: carlos.hernandezcastell...@gmail.com

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