Les partitions FAT(16) sont bien limitées à 2 Go, mais pas avec FAT32. 
Les partitions NTFS ne sont pas nativement accessible en dos, mais il existe un utilitaire (ntfd4dos) permettant d'accéder en RW, mais il est introuvable
 
De même les partitions FAT FAT32 sont directement accessible par linux, quant aux partitions NTFS elles le sont uniquement en lecture.
Les permissions sont mieux gérées avec des partitions NTFS.
 
Enfin pour plus d'info:
    http://www.thundercloud.net/information-avenue/ntfs-vs-fat32/
 
 

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