Para solucionar este bug solo hace falta borrar la linea 357 del archivo /GDebi/GDebi.py en la cual se agrega la opción --always-ask-pass a el comando gksu. Atacho un parche que hace esto, pero debido a que no conozco cual es la forma correcta de generar parches para paquetes debian este puede estar mal formado. Si pudieras darme alguna url con información sobre como reportar bugs (y parches) a debian me seria útil.
diff -U 3 -H -d -r -N -- gdebi-0.3.3/GDebi/GDebi.py gdebi-0.3.4/GDebi/GDebi.py --- gdebi-0.3.3/GDebi/GDebi.py 2007-11-07 22:17:24.000000000 +0000 +++ gdebi-0.3.4/GDebi/GDebi.py 2007-12-18 21:03:34.000000000 +0000 @@ -354,7 +354,6 @@ os.execl("/usr/bin/gksu", "gksu", "--desktop", "/usr/share/applications/gdebi.desktop", "--message","<big><b>%s</b></big>\n\n%s" % (msg_hdr,msg_bdy), - "--always-ask-pass", "--", "gdebi-gtk", "--non-interactive", self._deb.file)