>> Cosa hai usato per impostare il tema "adwaita" delle GTK3 ?

> assolutamente nulla... non ho fatto modifiche, anche perché
> normalmente non uso gnome/GTK3



Prova a impostare da shell il tema, ovvero:

export GTK_THEME=Adwaita

e da lì lancia una applicazione GTK3 e vedi se funziona.
Se ti funziona imposti il tema in maniera definitiva:
nel file: 
$HOME/.config/gtk-3.0/settings.ini
nella sezione [Settings]
gtk-theme-name = Adwaita

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