Ciao,

>Buonasera.
>Qualcuno conosce un buon software per GNU/Linux, possibilmente presente già 
>nei repository debian (anche nei non-free, non mi importa) che mi 
>consenta di gestire un help desk?

Non credo sia pacchettizzato, ma io ho usato in passato con molta soddisfazione 
un ottimo sostituto del proprietario Jira, che è Redmine 
(https://www.redmine.org)
E' un vero e proprio project manager, con un ottimo sistema di ticketing per 
progetto. A te basterà creare un progetto "Help Desk" o qualcosa di simile e 
gestire i ticket (issues) al suo interno.
Occorre installare alcuni pacchetti di S.O., poi ti consiglio di installarlo 
facendo il checkout del codice sul repo git, in modo da poterlo mantenere 
aggiornato con un semplice git pull.

Procedura di installazione:
https://www.redmine.org/projects/redmine/wiki/RedmineInstall

Saluti
Lorenzo

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