On Sun, Oct 02, 2005 at 06:43:39PM +0200, Thomas Huriaux wrote : > Charles Plessy <[EMAIL PROTECTED]> (01/10/2005): > > On Tue, Sep 27, 2005 at 12:25:35AM +0900, Charles Plessy wrote : > > > Voici donc la nouvelle mouture, mise à jour à la version 1.55. > > > > Pas de réaction ? Dois-je passer en LCFC ? > > Hop. Après ceci, tu pourras surement passer au LCFC (c'est plus a toi de > juger du moment qui convient pour passer de rfrN a lcfc).
Allons donc pour le LCFC, et merci pour la rustine. J'ai tout accepté, j'ai rendu leur majuscule de début de phrase à fastDNAml et ps_scan, et j'ai rajouté une ligne #$Id:$ dans l'en-tête, parce que c'est déjà la foire sur mon disque dur... Maintenant que j'ai sué sang et eau sur la traduction de descriptions de paquets contenues dans la page (c'était, comment dire... « intéressant »), comment faire pour les ajouter aux traductions lues par dselect et compagnie ? J'ai vu dans un message passé il y a peu qu'il existe un fichier qui les rassemble toutes, dans un format assez simple. Suffirait-il que je les formate, et que je les envoie au propriétaire du fichier ? -- Charles
<define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie moléculaire et génétique</define-tag> #use wml::debian::translation-check translation="1.55" maintainer="Charles Plessy" #use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med" #$Id:$ ###################################################################### ## Available as an official Debian package ###################################################################### <h2> <a id="official-debs" name="official-debs"></a> <title-official-debs /> </h2> <project name="ARB" url="http://www.arb-home.de/"; license="<non-free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/arb";> La suite logicielle ARB contient divers outils graphiques pour la manipulation de banques de données de séquences et l'analyse de données. Une banque de données centrale d'alignements et tout type de données supplémentaires sont structurées selon des critères phylogénétiques ou définis par l'utilisateur. </project> <project name="BioPerl" url="http://www.bioperl.org/"; license="Licence Perl Artistic" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/bioperl";> Le projet Bioperl a pour but de rassembler des méthodes utilisées en routine en bio-informatique dans un ensemble de modules Perl de type CPAN, bien documentés et disponibles librement. </project> <project name="BioPython" url="http://www.biopython.org/"; license="<free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/python/python-biopython";> <p> Le projet Biopython est une association internationale de programmeurs d'outils libres en Python pour la bio-informatique. </p> <p> C'est une collaboration décentralisée pour écrire des bibliothèques en Python et des programmes qui répondent aux besoins présents et futurs en bio-informatique. </p> </project> <project name="BLAST2" url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/"; license="<free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/blast2";> Le célèbre programme d'alignement de séquences. Ceci est la version « officielle » numéro 2 du NCBI. Le programme blastall accepte en entrée une séquence nucléotidique ou protéique, la compare au contenu de banques de données, et renvoie à l'utilisateur un résumé des appariements. </project> <project name="Boxshade" url="http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html"; license="Domaine public" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/boxshade";> Boxshade lit un alignement de séquences (par exemple depuis ClustalW) et produit des fichiers qui peuvent être lus par des logiciels de traitements de texte (TeX avec xfig, Word et OpenOffice avec RTF). Le format PostScript est aussi disponible. </project> <project name="Bugsx" url="http://linux.tucows.com/preview/9082.html"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/math/bugsx";> <p> Faites évoluer des biomorphes avec des algorithmes génétiques. </p> <p> Bugsx est un programme qui affiche des biomorphes basés sur des représentations de séries de Fourier des fonctions sinus et cosinus, et qui vous permet de les manipuler à votre guise grâce à des algorithmes génétiques. </p> </project> <project name="ClustalW" url="ftp://ftp.pasteur.fr/pub/GenSoft/unix/alignment/ClustalW/"; license="<non-free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/clustalw";> Ce programme interactif en mode console permet l'alignement multiple de séquences nucléotidiques ou protéiques. Il reconnaît le format d'entrée ainsi que le type de séquence (acide nucléiques ou acide aminés). Il produit un alignement dans différents formats comme le format <a href="#phylip">PHYLIP</a>. </project> <project name="e-PCR" url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/sts/epcr.cgi"; license="Public Domain" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/ncbi-epcr";> Permet de tester la présence de séquences uniques d'ADN (STS, <i>sequence tagged sites</i>) dans une séquence génomique. e-PCR fonctionne en recherchant des sous-séquences très similaires à des amorces de PCR et correctement ordonnées, orientées et espacées, de manière à ce qu'il soit vraisemblable que l'on puisse obtenir un produit de PCR d'une taille cohérente (Schuler, Genome Research 7:541-50, 1997). </project> <project name="fastDNAml" url="http://geta.life.uiuc.edu/~gary/programs/fastDNAml.html"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/fastdnaml";> FastDNAml est un programme dérivé de la version 3.3 de DNAML écrite par Joseph Felsenstein (dans le cadre de sa suite PHYLIP). Les utilisateurs devraient consulter la documentation de DNAML avant d'utiliser ce programme. FastDNAml est une tentative de résoudre le même problème que DNAML, mais plus vite et en utilisant moins de mémoire, de manière à ce que des grands arbres et/ou un grand nombre de replicas « bootstrap » soient possibles. La principale modification de fastDNAml par rapport à DNAML 3.3 de PHYLIP est d'avoir été porté de PASCAL au C. </project> <project name="Fastlink" url="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBResearch/Schaffer/fastlink.html"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/fastlink";> Fastlink est beaucoup plus rapide que Linkage, dont il dérive, mais ne propose pas toutes ses fonctions. </project> <project name="Garlic" url="http://garlic.mefos.hr/garlic/index.html"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/testing/science/garlic";> <p> Garlic a été écrit pour l'analyse des protéines membranaires. Il permet aussi de visualiser les autres protéines, ainsi que d'autres objets géométriques. Cette version de Garlic reconnaît le format PDB version 2.1. Garlic peut aussi être utilisé pour analyser des séquences protéiques. </p> <p> Parmi ses fonctions : </p> <ul> <li> la position et l'épaisseur de la tranche sont visibles dans une petite fenêtre ; </li> <li> les liaisons atomiques et les atomes sont traités comme des objets indépendants pour l'affichage ; </li> <li> la couleur des atomes et des liaisons dépend de leur position. Cinq modes sont disponibles (comme pour la tranche) ; </li> <li> il est capable de représenter des images stéréographiques ; </li> <li> il est capable de représenter d'autres objets géométriques, comme une membrane ; </li> <li> l'information sur un atome est disponible en déplaçant le pointeur de la souris au-dessus. Pas besoin de clic, il suffit de déplacer le pointeur au-dessus ! </li> <li> il est capable de charger plus d'une structure ; </li> <li> il est capable de représenter les diagrammes de Ramachandran, les roues hélicales, les diagrammes de Venn, les profils d'hydrophobicité, et les moments hydrophobes ; </li> <li> l'invite de commande est disponible au bas de la fenêtre principale. Un message d'erreur et une ligne de commande peuvent être affichés. </li> </ul> </project> <project name="Glimmer" url="http://www.tigr.org/software/glimmer/"; license="Artistic" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/tigr-glimmer";> <p> Mis au point par le TIGR, ce programme détecte les séquences codantes chez les bactéries et les archées. </p> <p> Glimmer est un système pour découvrir des gènes dans l'ADN microbien, en particulier dans les génomes de bactéries et d'archées. Glimmer (<em>G</em>ene <em>L</em>ocator and <em>I</em>nterpolated <em>M</em>arkov <em>M</em>odel<em>er</em>) utilise les modèles de Markov interpolés (IMM) pour identifier les séquences codantes et les distinguer de l'ADN non codant. </p> </project> <project name="HMMER" url="http://hmmer.wustl.edu/"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/hmmer";> Hmmer est une suite logicielle qui utilise des profils de modèles de Markov cachés (profils HMM) pour modéliser la structure consensus primaire d'une famille de séquences protéiques ou nucléotidiques. </project> <project name="Loki" url="http://loki.homeunix.net/"; license="Modified BSD" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/loki";> Opère une analyse de liaison multipoint par une méthode utilisant des chaînes de Markov Monte Carlo (MCMC) sur des généalogies complexes et de grande taille. Pour le moment, le paquet ne propose que l'analyse de caractères quantitatifs, mais cette restriction sera levée dans une version future. L'estimation combinée du nombre de QTLs (<i>Quantitative Trait Loci</i>), de leur position et de leurs effets est faite par un saut réversible MCMC (RJMCMC). Il est aussi possible de faire des analyses de type « affected only IBD sharing ». </project> <project name="MOLPHY" url="http://ftp.cse.sc.edu/bioinformatics/molphy/"; license="<non-free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/molphy";> <p> ProtML est l'un des principaux programmes dans MOLPHY pour la production d'arbres phylogénétiques de séquence PROTéiques par la méthode du maximum de vraisemblance (<i>Maximum Likelihood</i>, ML). Parmi les autres programmes (écrits en C) : </p> <ul> <li>NucML : inférence d'arbre phylogénétiques de séquences nucléotidiques par la méthode du maximum de vraisemblance ;</li> <li>ProtST : quelques chiffres à propos d'une séquence protéique ;</li> <li>NucST : quelques chiffres à propos d'une séquence nucléotidique ;</li> <li>NJdist : Phylogénie <em>neighbor joining</em> à partir d'une matrice de distances.</li> </ul> <p> Utilitaires écrits en Perl : </p> <ul> <li>mollist : récupère une liste d'identifiants ;</li> <li>molcat : concatène deux séquences ;</li> <li>molmerge : fusionne deux séquences ;</li> <li>rminsdel : enlève les insertions et les délétions ;</li> <li>molinfo : récupère les sites variants ;</li> <li>inl2mol : Interleaved -> MOLPHY ;</li> <li>mol2phy : MOLPHY -> Sequential ;</li> <li>must2mol : MUST -> MOLPHY etc.</li> </ul> </project> <project name="NJplot" url="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html"; license="<free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/njplot";> NJplot trace des arbres phylogénétiques exprimés dans un format standard (comme par exemple le format utilisé dans le paquet Phylip). NJplot est particulièrement utile pour enraciner les arbres sans tronc générés par des méthodes de construction telles que la parcimonie, la distance ou la vraisemblance maximale. </project> <project name="PHYLIP" url="http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html"; license="<non-free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/misc/phylip";> PHYLIP (le Paquet pour l'Inférence PHYlogénétique) est un ensemble de programmes pour inférer des phylogenèses (dendrogrammes) à partir de séquences. Les méthodes incluses sont la parcimonie, la matrice de distance, et la vraisemblance, ainsi que le boostrap et les arbres consensus. Les types de données acceptés sont les séquences moléculaires, les fréquences de gènes, les sites de restriction, les matrices de distance et les caractères discrets 0/1. </project> <project name="PyMOL" url="http://pymol.sourceforge.net/"; license="<free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/pymol";> PyMOL est un système de représentation graphique incluant un interpréteur python. Il a été développé pour la visualisation en temps réel et la génération rapide d'images et d'animations de haute qualité. Il est modifiable et disponible librement pour tous, sous licence « python ». Bien que relativement récent, PyMOL peut être utilisé pour produire des images ahurissantes avec une facilité jamais atteinte auparavant. Il peut aussi effectuer d'autres tâches utiles, comme éditer un fichier au format PDB, pour vous aider dans vos recherches. </project> <project name="R/qtl" url="http://www.biostat.jhsph.edu/~kbroman/qtl/index.html"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/math/r-cran-qtl";> <p> R/qtl est un environnement interactif et extensible pour localiser des locus de caractères quantitatifs (QTLs en anglais) par des croisements. Il est disponible comme un paquet optionnel de la plate-forme statistique R (voir <url http://www.r-project.org/ />). Les utilisateurs pourront bénéficier d'une intégration sans effort des logiciels de localisation de QTLs dans un programme généraliste d'analyse statistique. </p> <p> La version actuelle de R/qtl inclut des outils pour l'estimation de cartes génétiques, l'identification d'erreurs de génotypage, la recherche de QTLs simples par balayage du génome et la recherche de QTLs doubles par balayage bidimentionnel du génome, par localisation d'intervalles (avec un algorithme EM), régression d'Haley-Knott et imputation multiple. Tout ceci peut être fait en présence de covariants (comme le sexe, l'âge ou le traitement). L'ajustement de modèles de QTLs d'ordre plus élevé sera implémenté bientôt, ainsi que des techniques sophistiquées de comparaison et de recherche de modèles. </p> </project> <project name="RasMol" url="http://www.umass.edu/microbio/rasmol/"; license="<free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/rasmol";> <p> RasMol est un programme de représentation graphique créé pour la visualisation de protéines, d'acides nucléiques et de petites molécules. Ce programme vise à afficher, enseigner et générer des images de haute qualité pour la publication. </p> <p> Les formats de fichiers reconnus actuellement sont entre autres celui de la banque de données de protéines de Brookhaven (PDB), Alchemy et Sybil Mol2 de Tripos, Mol de Molecular Design Limited (MDL) et XMol XYZ et CHARm du centre de calcul du Minesota (MSC). </p> <p> La molécule chargée peut être représentée sous forme de fil de fer, de cylindres attachés par des bâtons (<i>dreiding</i>), de traçages de carbones alphas, de sphères remplissant l'espace, de rubans macromoléculaires (solides à l'ombre lissée ou tresses parallèles), de liaisons hydrogènes et de surfaces de points. </p> <p> Malheureusement, RasMol n'est plus développé pour Linux, mais seulement pour Windows et Macintosh. Si vous voulez apporter votre aide, elle sera grandement appréciée. </p> </project> <project name="Readseq" url="ftp://ftp.bio.indiana.edu/molbio/readseq/version1"; license="<free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/readseq";> Lit et écrit des séquences nucléiques et protéiques dans divers formats. Les fichiers de données peuvent contenir plusieurs séquences. Readseq est particulièrement utile parce qu'il détecte automatiquement les formats et peut les convertir. </project> <project name="SeaView" url="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html"; license="<free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/seaview";> Un éditeur graphique de séquences. Seaview peut lire divers formats d'alignements (MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, NEXUS). Il permet d'éditer manuellement l'alignement, et aussi d'exécuter ClustalW pour améliorer l'alignement localement. </project> <project name="T-Coffee" url="http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/t-coffee";> T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee génère un alignement multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et les structures. </project> <project name="TeXtopo" url="http://homepages.uni-tuebingen.de/beitz/tte.html"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/textopo";> TeXtopo est un ensemble de macros pour LaTeX2e qui fournit deux nouveaux environnements : <ul> <li> L'environnement « textopo » est utilisé pour représenter les données sur la topologie des protéines membranaires dérivées de prédictions PHD, de la base de données SwissProt, ou de données entrées manuellement, contenant l'information sur la séquence et les domaines transmembranaires. </li> <li> L'environnement « helical wheel » dessine des domaines transmembranaires vus d'un côté ou de l'autre de la membrane cellulaire. </li> </ul> </project> <project name="TREE-PUZZLE" url="http://www.tree-puzzle.de/"; license="GPL" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/tree-puzzle";> TREE-PUZZLE (le nouveau nom de PUZZLE) est une console interactive qui implémente un algorithme rapide de recherche d'arbre, le « quartet puzzling », qui permet l'analyse de données volumineuses et qui assigne à chaque branche un estimateur de confiance. TREE-PUZZLE calcule aussi des distances paire à paire par vraisemblance maximale, ainsi que la taille des branches pour des arbres spécifiés par l'utilisateur. La taille des branches peut aussi être calculée sous l'hypothèse de l'horloge moléculaire. De plus, TREE-PUZZLE propose une nouvelle méthode, le « likelihood mapping », pour tester la valeur d'une branche interne sans calculer un arbre entier et pour visualiser le contenu phylogénétique d'un alignement de séquences. </project> <project name="Treetool" url="http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Registered/Option/treetool.html"; license="<non-free />" deb="http://packages.debian.org/unstable/science/treetool";> Treetool est un outil interactif d'affichage, d'édition et d'impression d'arbres phylogénétiques. Les arbres sont affichés à l'écran dans divers formats, et l'utilisateur peut modifier leurs format, structure et caractéristiques. Les arbres peuvent être visualisés, comparés, préparés pour l'impression, construit à partir d'arbres plus petits, etc. </project> ###################################################################### ## Available as an inofficial Debian package ###################################################################### <h2> <a id="inofficial-debs" name="inofficial-debs"></a> <title-inofficial-debs /> </h2> <project name="Bioconductor" url="http://www.bioconductor.org/"; license="GPL/LGPL" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/bioconductor/";> <p> Bioconductor est un logiciel libre à développement ouvert, pour fournir des outils pour l'analyse et la compréhension de données génomiques (bio-informatiques). </p> <p> Le cœur de l'équipe de Bioconductor est principalement basé à l'unité de Biostatistiques de l'Institut Dana Farber de recherche sur le cancer, de l'école de médecine de Harvard / école de santé publique de Harvard. D'autres membres viennent de diverses institutions étasuniennes et internationales. </p> <p>Les objectifs généraux du projet sont de :</p> <ul> <li> fournir l'accès à un grand nombre de méthodes statistiques et graphiques puissantes, pour l'analyse de données génomiques ;</li> <li> faciliter l'intégration des métadonnées biologiques dans l'analyse des données expérimentales, par exemple données sur la littérature provenant de PubMed, annotations provenant de LocusLink ; </li> <li> permettre le développement de logiciels extensibles, échelonnables et interopérables ; </li> <li> promouvoir une documentation de qualité et une recherche reproductible ; </li> <li> permettre l'apprentissage des méthodes informatiques et statistiques pour l'analyse des données génomiques. </li> </ul> </project> <project name="BioMart" url="http://www.ebi.ac.uk/biomart/"; license="GPL" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/martj/";> BioMart est un système d'intégration des données, simple et distribué, avec de puissantes possibilités d'interrogation. Le modèle de données de BioMart a été appliqué aux sources suivantes : les protéomes UniProt, la base de données de structures macromoléculaires (MSD), Ensembl, Vega et dbSNP. </project> <project name="Cluster3" url="http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm#ctv"; license="<non-free />" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/cluster3/";> Cluster3.0 est une version perfectionnée de Cluster, originellement écrit par Michael Eisen lorsqu'il était à l'université de Stanford. La principale amélioration est l'algorithme des k-means, qui inclut maintenant plusieurs essais pour trouver la meilleure agrégation. Ceci est crucial pour que l'algorithme des k-means soit fiable. La routine pour les cartes auto-organisées (SOM) a été augmentée pour inclure les géométries rectangulaires bidimensionnelles. La distance euclidienne et la distance de Manhattan ont été ajoutées aux mesures de similarité déjà disponibles. </project> <project name="EMBOSS" url="http://www.emboss.org/"; license="GPL/LGPL" deb="http://debian.bioinformatics.unsw.edu.au/packages/";> <p> <a href="http://www.emboss.org/";>EMBOSS</a> (« <em>E</em>uropean <em>M</em>olecular <em>B</em>iology <em>O</em>pen <em>S</em>oftware <em>S</em>uite ») est un nouvel ensemble de logiciels libres pour l'analyse de séquences spécialement écrits pour les besoins des biologistes moléculaires (comme chez <a href="http://www.embnet.org/";>EMBnet</a>). Les logiciels se débrouillent avec des données dans divers formats et permettent même de télécharger des séquences depuis la Toile de manière transparente. De plus, comme ce paquet est livré avec des bibliothèques très fournies, c'est aussi une plate-forme permettant à d'autre scientifiques d'écrire et produire des logiciels dans le véritable esprit du libre. EMBOSS intègre aussi dans un ensemble cohérent des logiciels et des outils disponibles autrement. EMBOSS brise la tendance historique vers la marchandisation des logiciels d'analyse de séquence. </p> <p>La suite EMBOSS</p> <ul> <li> fournit un ensemble complet de programmes d'analyse de séquence (une centaine) ; </li> <li>fournit des bibliothèques, AJAX et NUCLEUS ;</li> <li>intègre des paquets disponibles indépendamment ;</li> <li>encourage l'utilisation d'EMBOSS pour l'enseignement de l'analyse de séquence ;</li> <li>encourage les développeurs à utiliser les bibliothèques EMBOSS ailleurs ;</li> <li>fonctionne sur toutes les plates-formes Unix classiques, comme Linux, Digital Unix, Irix, Tru64Unix et Solaris.</li> </ul> <p> Avec EMBOSS, vous trouverez plus de cent programmes, couvrant les domaines suivants : </p> <ul> <li>l'alignement de séquence ;</li> <li>l'interrogation rapide de banques de données avec des patrons de séquence ;</li> <li>l'identification de motifs protéiques et l'analyse de domaines ;</li> <li>l'analyse de motifs de séquences nucléotidiques, par exemple pour identifier des îlots CpG ou des répétitions ;</li> <li>l'analyse de l'utilisation des codons dans les petits génomes ;</li> <li>l'identification rapide de motifs dans des grands ensembles de séquences ;</li> <li>des outils pour présenter les résultats en vue d'une publication ;</li> <li>et bien plus...</li> </ul> </project> <project name="Jmol" url="http://jmol.sourceforge.net/"; license="LGPL" deb="http://debian.wgdd.de/debian/dists/unstable/contrib/binary-all/science/";> Jmol est un visualisateur de molécules libre, pour les étudiants, les enseignants et les chercheurs en chimie et biochimie. Il fonctionne sur plusieurs plates-formes, comme Windows, Max OS X et les systèmes Linux/Unix. <ul> <li>JmolApplet est une applet pour navigateur web qui peut être insérée dans des pages web.</li> <li>L'application Jmol est une application Java indépendante qui est exécutée localement.</li> <li>JmolVieweer est une boîte à outils de développement qui peut être intégrée dans d'autres applications Java.</li> </ul> </project> <project name="Java TreeView" url="http://jtreeview.sourceforge.net/"; license="GPL" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/treeview/";> Java TreeView est un visualisateur modulaire pour données au format PCL ou CDT venant de puces à ADN. </project> <project name="PerlPrimer" url="http://perlprimer.sourceforge.net/"; license="GPL" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/perlprimer/";> PerlPrimer est une application graphique libre écrite en Perl pour choisir des amorces pour des PCR standard, à bisulfite, en temps réel et pour le séquençage. Son but est d'automatiser et de simplifier le procédé de choix des amorces. </project> <project name="Primer3" url="http://frodo.wi.mit.edu/primer3/primer3_code.html"; license="<free />" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/primer3/";> <p> Primer3 choisit des amorces pour des réactions de polymérisation en chaîne, avec les critères suivants : </p> <ul> <li>la température de fusion des oligonucléotides, leur taille, leur contenu en GC et la possibilité de former des dimères ;</li> <li>la taille du produit de PCR ;</li> <li>les contraintes positionelles dans la séquence source ;</li> <li>diverses autres contraintes.</li> </ul> <p> Tous ces critères peuvent êtres spécifiés comme des contraintes par l'utilisateur, et certains sont spécifiables comme les termes d'une fonction objective qui caractérise une paire idéale d'amorces. </p> </project> <project name="SMILE" url="http://www-igm.univ-mlv.fr/~marsan/smile_english.html"; license="GPL" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/smile/";> <p> SMILE est un outil qui infère des motifs dans un ensemble de séquences, d'après certains critères. Il a d'abord été créé pour inférer des sites remarquables comme les sites de fixation sur une séquence d'ADN. À partir de la version 1.4, il permet d'inférer des motifs écrits dans tout alphabet, même dégénéré, pour tout type de séquences. </p> <p> La spécificité de SMILE est de permettre de manipuler ce que l'on appelle des « motifs structurés », qui sont des motifs associés par des contraintes de distance. </p> </project> <project name="TeXshade" url="http://homepages.uni-tuebingen.de/beitz/txe.html"; license="GPL" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/texshade/";> TeXshade est un programme d'ombrage d'alignement écrit en TeX/LaTeX qui peut prendre en charge des alignements multiples de séquences aux formats .MSF ou .ALN. Il fournit en plus des algorithmes d'ombrage classiques d'autres modes mettant en valeurs des aspects fonctionnels, comme l'hydopathie, et une multitude de commandes pour contrôler la couleur, les styles, les annotations, les légendes, et permet même à l'utilisateur de définir des nouveaux modes d'ombrage. TeXshade combine la plus haute flexibilité et la qualité d'impression de TeX, pour un investissement en temps raisonnable. </project> ###################################################################### ## Not available as a Debian package ###################################################################### <h2> <a id="debs-not-available" name="debs-not-available"></a> <title-debs-not-available /> </h2> <project name="Cactus" url="http://www.cactuscode.org/Community/Biology.html"; license="GPL"> <p> Cactus est un environnement libre de résolution de problèmes créé pour les chercheurs et les ingénieurs. Sa structure modulaire permet d'effectuer facilement du calcul parallèle avec plusieurs architectures et permet aussi le développement collaboratif de programmes par plusieurs groupes. </p> <p> Cactus fournit un accès simple à beaucoup de programmes à la pointe du progrès développés par la communauté académique, comme la boîte à outils Globus Metacomputing, le système d'entrée-sortie parallèle de fichiers HDF5, la bibliothèque PETSc, le démêlage adaptatif d'enchevêtrements (« adaptive mesh refinement »), des interfaces web et des outils avancés pour la visualisation. </p> </project> <project name="Genographer" url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/"; license="GPL"> <p> Ce programme lit les données depuis un séquenceur ABI 3700, 3100, 377 ou 373, un CEQ 2000, ou un SCF, et les reconstruit sous forme d'une image de gel qui est redressée et redimensionnée. Des boîtes peuvent facilement être définies et visualisées comme des vignettes, ce qui donne un moyen assez rapide et facile d'évaluer un gel. </p> <p> Ce programme est écrit en Java et utilise l'API 1.3. Ainsi, il devrait fonctionner sur toute machine pouvant exécuter Java. </p> </project> <project name="GROMACS" url="http://www.gromacs.org/"; license="GPL"> <p> GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules. </p> <p> Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères. </p> <p> GROMACS propose tous les algorithmes que vous attendez habituellement d'une implémentation de dynamique moléculaire moderne (voyez le guide de référence en ligne ou le manuel pour plus de détails), mais il y a aussi quelques fonctions qui le distinguent de ses compétiteurs. </p> </project> <project name="PFTOOLS / Prosite Scan" url="ftp://us.expasy.org/databases/prosite/tools/ps_scan/sources"; license="GPL"> Ps_scan est un programme perl utilisé pour rechercher un ou plusieurs motifs, règles et/ou profils de PROSITE dans une ou plusieurs séquences protéiques au format Swiss-Prot ou FASTA. Il a besoin de deux programmes binaires de la boîte à outils PFTOOLS, qui sont aussi livrés avec les sources. </project> <project name="TM-align" url="http://www.bioinformatics.buffalo.edu/new_buffalo/people/zhang6/TM-align"; license="<free />"> TM-align est un programme d'alignement structural qui compare deux protéines de séquences différentes. TM-align va d'abord rechercher les résidus les plus équivalents dans les deux protéines, d'après la similarité de leurs structures, puis ensuite produit un score « TM ». </project> <project name="TreeView" url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/"; license="GPL"> Treeview X est un programme pour afficher des arbres phylogénétiques sur des plates-formes Linux et Unix. Il peut lire et afficher des arbres aux formats NEXUS et Newick (typiquement produits par PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE, et d'autres programmes). </project>
