Bonjour à tous, Trois petites modifications dans la page biologie moléculaire du projet debian-med (c'est moi qui les ai proposées en anglais, je dois être maso ;)
Je joins le diff français en fichier attaché et le diff anglais dans le corps du message. C'est du jargon assez hermétique, n'hésitez pas à critiquer si ça ressemble trop à du n'importe quoi. J'ai profité de l'occasion pour remplacer « visualisateur » par « visionneuse », le premier me semblant un peu barbare. J'hésite à transformer tous les « visualiser » par « visionner », ou alors seulement quand le programme ne possède pas de fonctions d'édition avancées. Qu'en pensez-vous ? -- Charles > revision 1.59 > date: 2006/04/10 14:52:53; author: toddy; state: Exp; lines: +36 -11 > Added new projects: Muscle, Dialign. Moved Treeview into unofficial > section > ============================================================================= > Index: english/devel/debian-med/microbio.wml > =================================================================== > RCS file: /cvs/webwml/webwml/english/devel/debian-med/microbio.wml,v > retrieving revision 1.58 > retrieving revision 1.59 > diff -u -r1.58 -r1.59 > --- english/devel/debian-med/microbio.wml 27 Mar 2006 20:49:22 -0000 > 1.58 > +++ english/devel/debian-med/microbio.wml 10 Apr 2006 14:52:53 -0000 > 1.59 > @@ -1,7 +1,7 @@ > <define-tag pagetitle>Debian-Med: Molecular Biology and Medical > Genetics</define-tag> > # Note to the translators: Please do *not* translate the following line. > #use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med" > -# $Id: microbio.wml,v 1.58 2006/03/27 20:49:22 toddy Exp $ > +# $Id: microbio.wml,v 1.59 2006/04/10 14:52:53 toddy Exp $ > > ###################################################################### > ## Available as an official Debian package > @@ -266,6 +266,18 @@ > </project> > > > +<project name="Muscle" > + url="http://www.drive5.com/muscle/" > + license="Public Domain" > + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/muscle"> > + MUSCLE is a multiple alignment program for protein sequences. MUSCLE > + stands for multiple sequence comparison by log-expectation. In the > + authors tests, MUSCLE achieved the highest scores of all tested > + programs on several alignment accuracy benchmarks, and is also one of > + the fastest programs out there. > +</project> > + > + > <project name="NJplot" > url="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html" > license="<free />" > @@ -649,6 +661,17 @@ > </project> > > > +<project name="TreeView X" > + url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/" > + license="GPL" > + deb="http://mentors.debian.net/debian/pool/main/t/treeviewx/"> > + TreeView X is a program to display phylogenetic trees on Linux and Unix > + platforms. It can read and display NEXUS and Newick format tree files > + (such as those output by PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE, and other > + programs). > +</project> > + > + > ###################################################################### > ## Not available as a Debian package > ###################################################################### > @@ -678,6 +701,18 @@ > </project> > > > +<project name="Dialign" > + url="http://dialign.gobics.de/" > + licence="LGPL"> > + DIALIGN2 is a command line tool to perform multiple alignment of > + protein or DNA sequences. It constructs alignments from gapfree pairs > + of similar segments of the sequences. This scoring scheme for > + alignments is the basic difference between DIALIGN and other global or > + local alignment methods. Note that DIALIGN does not employ any kind of > + gap penalty. > +</project> > + > + > <project name="Genographer" > url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/" > license="GPL"> > @@ -720,14 +755,4 @@ > whose sequences can be different. TM-align will first find the best > equivalent residues of two proteins based on the structure similarity > and then output a TM-score. > -</project> > - > - > -<project name="TreeView" > - url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/" > - license="GPL"> > - TreeView X is a program to display phylogenetic trees on Linux and Unix > - platforms. It can read and display NEXUS and Newick format tree files > - (such as those output by PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE, and other > - programs). > </project>
--- microbio.wml_old 2006-04-12 00:47:29.000000000 +0900 +++ microbio.wml 2006-04-13 09:16:23.000000000 +0900 @@ -1,6 +1,6 @@ <define-tag pagetitle>Debian-Med : Biologie mol�culaire et g�n�tique</define-tag> -#use wml::debian::translation-check translation="1.58" maintainer="Charles Plessy" +#use wml::debian::translation-check translation="1.59" maintainer="Charles Plessy" #use wml::debian::debian-cdd CDD="Debian-Med" #$Id: microbio.wml,v 1.7 2006/03/27 20:55:43 toddy Exp $ @@ -305,6 +305,17 @@ </ul> </project> +<project name="Muscle" + url="http://www.drive5.com/muscle/" + license="Public Domain" + deb="http://packages.debian.org/unstable/science/muscle"> + MUSCLE est un programme pour l'alignement multiple de s�quences prot�iques. + MUSCLE est un acronyme anglais signifiant � comparaison de s�quences + multiples par log-expectation �. Dans des tests mesurant la qualit� des + alignements et effectu�s par ses auteurs, MUSCLE a obtenu les meilleurs notes + parmi tous les programmes compar�s. C'est aussi l'un des plus rapides. +</project> + <project name="NJplot" url="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html" @@ -626,10 +637,11 @@ url="http://jmol.sourceforge.net/" license="LGPL" deb="http://debian.wgdd.de/debian/dists/unstable/contrib/binary-all/science/"> - Jmol est un visualisateur de mol�cules libre, pour les �tudiants, les enseignants - et les chercheurs en chimie et biochimie. Il fonctionne sur plusieurs plates-formes, - comme Windows, Max OS X et les syst�mes Linux/Unix. - <ul> + Jmol est une visonneuse de mol�cules libre, pour les �tudiants, les + enseignants et les chercheurs en chimie et biochimie. Il fonctionne sur + plusieurs plates-formes, comme Windows, Max OS X et les syst�mes + Linux/Unix. +<ul> <li>JmolApplet est une applet pour navigateur web qui peut �tre ins�r�e dans des pages web.</li> <li>L'application Jmol est une application Java ind�pendante qui @@ -643,7 +655,7 @@ url="http://jtreeview.sourceforge.net/" license="GPL" deb="http://bioinformatics.pzr.uni-rostock.de/~moeller/debian/treeview/"> - Java TreeView est un visualisateur modulaire pour donn�es au format PCL ou + Java TreeView est une visionneuse modulaire pour donn�es au format PCL ou CDT venant de puces � ADN. </project> @@ -714,7 +726,15 @@ et la qualit� d'impression de TeX, pour un investissement en temps raisonnable. </project> - +<project name="TreeView X" + url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/" + license="GPL" + deb="http://mentors.debian.net/debian/pool/main/t/treeviewx/"> + Treeview X est un programme pour afficher des arbres phylog�n�tiques sur + des plates-formes Linux et Unix. Il peut lire et afficher des arbres aux formats + NEXUS et Newick (typiquement produits par PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE, + et d'autres programmes). +</project> ###################################################################### ## Not available as a Debian package @@ -746,6 +766,16 @@ </p> </project> +<project name="Dialign" + url="http://dialign.gobics.de/" + licence="LGPL"> + DIALIGN2 est un outil en ligne de commande pour effectuer des alignements + multiples de s�quences prot�iques ou nucl�otidiques. Il construit les + alignements � partir de paires continues de segments similaires dans les + s�quences. Le syst�me de notation des alignements est diff�rent entre DIALIGN + et les autres m�thodes globales ou locales. Notez que DIALIGN n'utilise pas de + p�nalit�s d'insertion ou d'extension. +</project> <project name="Genographer" url="http://hordeum.oscs.montana.edu/genographer/" @@ -787,13 +817,3 @@ �quivalents dans les deux prot�ines, d'apr�s la similarit� de leurs structures, puis ensuite produit un score � TM �. </project> - - -<project name="TreeView" - url="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/treeviewx/" - license="GPL"> - Treeview X est un programme pour afficher des arbres phylog�n�tiques sur - des plates-formes Linux et Unix. Il peut lire et afficher des arbres aux formats - NEXUS et Newick (typiquement produits par PAUP*, ClustalX, TREE-PUZZLE, - et d'autres programmes). -</project>