Лично я схожую проблему решил путем использования соответствующего init-скрипта, который: 1. Запускал при старте системы приложение в фоне (с помощью утилилты screen). 2. Позволял управлять приложением во время его работы в фоне (start, stop, restart) 3. Перенаправлял stdout и stderr в соответствующий файл Примеров таких скриптов в сети полно.
-- С наилучшими пожеланиями, Сергей Сулимов