> 50-synaptics.conf 50 - просто число от 01 до 99. Определяет, в каком порядке программе следует читать конфигурационные файлы (иногда данные в них могут противоречить друг другу)
Если файла /etc/X11/xorg.conf и папки /etc/X11/xorg.conf.d нет, то ничто не мешает их создать. Хотя в некоторых случаях лучше, чтобы они были созданы автоматически (например я считаю, что при использовании пропиетарных драйверов nvidia будет лучше установить и запустить nvidia-xconfig, а уже потом править клавиатурой получившийся файл xorg.conf)
