Как видно из /etc/inittab, для halt/reboot выполняются скрипт /etc/init.d/rc с аргументом 0 или 6. Это и есть штатный способостановки системы.
При чём тут inittab? В дефолтном jessie нет этого файла.Вызов /sbin/reboot эквивалентен "systemctl reboot", который стартует спец-юнит reboot.target.
