Коллеги Тут обнаружил удивительную вещь - при установке Debian создается в корне каталог /opt, как это по FHS и положено. Но этот каталог не принадлежит ни одному пакету.
Вот /bin, /lib, /run и /tmp - относятся к пакету base-files. А /opt возникает ниоткуда. Соответственно, если делаешь пакет, который ставится в /opt, он становится единственным его хозяином и при удалении этого пакета удаляется и сам /opt. На stackoverflow рекомендуют из postinst-скрипта своего пакета создать в opt какой-нибудь пустой файл-флаг, чтобы каталог после удаления пакета остался пустым и не был удален. Но это как-то криво. Интересно, на какой пакет стоит зафайлить баг. --