Как вариант попробовать очистить винт форматированием средствами БИОС RAID и создания первого раздела виндой и пометки его как загрузочного (у знакомого была такая ситуация, только там не было линухов).
Он разбил винт акронисом, начал ставить винду, а она не грузиццо.. чего он только не делал, не грузится и все тут. пока он не полазил по биосу в параметрах рейд, в итоге случайно форматнул весь винт. Потом начал снова ставить винду и разделы уже бил установщиком (тобиш средствами уже самой винды) и вуаля! оно работает. я потом тоже столкнулся с похожей проблемой, и тоже вышел из положения путем создания виндового раздела средствами винды.
