Faça links simbólicos no mods-enable apontando para os arquivos referentes
ao php que estão em mods-available, reinicie o apache e veja o que
aconteceu!
cd /etc/apache2/mods-enable
ln -s ../mods-available/php5.load
ln -s ../mods-available/php5.conf
/etc/init.d/apache2 reload
Podes usar os seguintes comandos
a2enmod Para activar modulo
a2dissite Para desactivar modulo
no fundo o que estes dois comandos fazem é criar os links, mas se não der um
nome, ele lista todos os módulos disponíveis.
Boa sorte