Faça links simbólicos no mods-enable apontando para os arquivos referentes
ao php que estão em mods-available, reinicie o apache e veja o que
aconteceu!

cd /etc/apache2/mods-enable
ln -s ../mods-available/php5.load
ln -s ../mods-available/php5.conf
/etc/init.d/apache2 reload



Podes usar os seguintes comandos

a2enmod Para activar modulo
a2dissite  Para desactivar modulo

no fundo o que estes dois comandos fazem é criar os links, mas se não der um
nome, ele lista todos os módulos disponíveis.

Boa sorte

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