Cara, não sei se vai te ajudar, mas existe no comando "update-rc.d" o parâmetro "NN" que determinaquando o programa será executado. Número maiores indicam programas que serão executado mais para o final da inicialização do sistema. Corrijam-me se eu estiver errado. Dê uma olhado no manual do comando:
$ man update-rc.d 2009/8/31 Luciano Marques <luciano...@gmail.com> > Olá a todos, gostaria de saber como configurar a ordem dos programas que > iniciam automaticamente com a sessão do gnome. > > Grato, > > -- > Luciano Marques > Goiânia - GO > Brasil > --------------------------------------- Fabiano Santana