Yo antes editaba el .fig (es fácil porque es texto), lo vuelves a cargar y asunto resuelto. Ahora lo hago directamente: pulsa seguido (no a la vez) Alt, la vocal que quieres acentuar, el acento (ojo, el correcto es ' no el normal). Eso me funciona en el xfig 3.2.
Saludos! RS