Perfecto, gracias por la excelente explicación. Finalmente he optado por ubicar programas como el Azureus en /usr/local/bin para que sean accesibles a todos los usuarios, gracias por la recomendación. Puesto que ese directorio ya está contemplado en el PATH de KDM me funciona sin haber tenido que hacer enlaces en Xsession.d. No obstante lo he probado y funciona, aunque no me hace falta de momento pues todos mis scripts de ~/bin/ son para ejecutar desde consola ya que son pequeñas utilidades que he creado para cosas pequeñas y nunca tendré que ejecutarlas desde el menú de KDE.
En cuanto a lo de los subdirectorios, finalmente he optado por copiar toda la carpeta Azureus a /usr/local/bin y crear aquí mismo un script que se introduzca en Azureus para ejecutar "azureus" (que debe estar dentro de la carpeta Azureus para que funcione, ni si quiera poniendo un enlace a él funciona si es fuera de la propia carpeta, supongo que será normal pues necesita de los ficheros ubicados en el mismo sitio que él). Así pues, muchas gracias de nuevo. Un saludo.