Problema resuelto: He instalado otra VM con la misma versión de kernel, he montado el disco de la que no me arranca desde ese sistema, chroot /mnt y luego mkinitrd -o /boot/initrd.img.2.6.8-2-686. No tengo ni idea de porque el initrd que me funcionaba en la maquina fisica no me funciona en la VM, pero con esto ha funcionado y ya puedo hacer mis pruebas en la VM antes de tocar el servidor productivo.
Un saludo
