Ufffff la que se ha montado. Chicos, compañeros no os pongáis así. Siento haber generado este revuelo. Además no se si para nada, porque al final lo he implementado de otra forma.
La verdad es que el método de Java y RMI me parece un poco bruto, pero también es valido. O por lo menos también funciona. Yo para ejecutar un script optaría por otros métodos mas ligeros. Pero no quiero entrar en mas polémica. El caso es que al final son varios usuarios los que van a ejecutar los scripts, todos ellos desde windows (que poca fama tiene linux entre los no-informaticos), así que he decidido hacer una mini aplicación en python con sockets. Hay un servidor escuchando en el debian y luego en cada uno de los windows hay un cliente que autentica al usuario que ejecuta el script. Mas que nada es para que quede constancia de quien a ejecutado que, y así si falla algo queda reflejado en el log quien a hecho que. Me gustaría, si alguien me lo puede decir, que me indique si esto es muy costoso para la maquina. Aunque yo creo que no, total es una comunicación por sockets ligeritos. Lo único es que el servidor estara en marcha siempre esperando peticiones. Un saludo, y no os enfadéis.