En su momento leí que esto era para ayudar a la ordenación de programas por número de versiones. una 5.1 será más moderna que 5.0.4 y al tener menor "tamaño" del nombre, la colocará antes.
No te ayudo en como solucionarlo, pero te cuento como lo solucioné yo, poniendo todos los nombres de ficheros del mismo tamaño. Prueba a ver si con ls -lv te lo ordena como el nautilus y quizá podamos entender por qué hace eso. No tengo linux (bueno sí, pero sin X) en el curro, pero lo miraré en casa, qué curioso esto... -- "... may the source be with you..."
