Aptitude install wine es la forma correcta. Ahora bien wine "emula" procesos w$ y como probablemente sabes si quiero correr un aplicativo necesita saber q depende p ello. En tu caso "mono" p ser mas preciso. Si haces wine notepad.exe casi con seguridad s ejecuta. Ahora si tu .exe depende de VB java o algún DLL se va a quejar. Que es el msj q t aparece. No se si fui explicativo.
Pd: espero q desde mi móvil no salga en html