Exacto, el uso de inputenc (y de fontenc de paso) cuando trabajas con compiladores como latex y pdflatex te permite acentuar en español fácilmente como lo has hecho toda la vida y no en modo ascii con los comandos que usarías en caso contrario, como \'{\i} para quitar la cabeza de la i y ponerle tilde en LaTeX sin usar este paquete. Tristemente veo con horror que hay mucha gente que todavía se empecina en trabajar sin inputenc y es una verdadera monserga (por no decir una mala palabra). Esta es una sugerencia para trabajar con archivos de LaTeX en emacs, vim, kate, gedit, atom, sublime text o el editor que gustes usar. No tiene relación directa con tu problema de emacs que se lee algo extraño.
Pareciera ser que no estás trabajando correctamente con el buffer y se corrompió el archivo que mencionas, pero con todos los demás parece ser que la codificación de emacs no es correcta y le voy más a eso que a creer que te hackearon o que emacs tenga un bug que haga eso. Suerte