Por si te sirve de algo, yo lo que suelo hacer es lo siguiente:
Por la noche cuando me voy hago que se 'baje' todo lo que tiene que
actualizarse:
apt-get update; apt-get -d -y dist-upgrade; poweroff
Luego al dia siguiente vuelvo a hacer el apt-get dist-upgrade (sin
opciones)
y sólo tienes que contestar a la configuración y esperar a que termine...
No me gusta que él haga de las suyas solito. Te muede machacar algún fichero
de configuración que has editado o cosas por el estilo.
Un saludo.
