Hola. No tengo ni idea de lo que puede ser, pero asegúrate de que los enlaces simbólicos a las librerías OpenGL (/usr/X11R6/lib/libG* y /usr/lib/libG*) son todos correctos, porque yo más de una vez he tenido problemas con OpenGl por esa causa, y los síntomas eran que por ejemplo el salvapantallas se quedaba literalmente congelado y el ordenata totalmente pillado. Ya sé que seguramente no tenga nada que ver con lo que te pueda estar pasando, pero bueno, a ver si te ayuda.
Venga, espero que pronto tengas de nuevo tu sistema rulando. Saludos