Buenas : Puedes generar un nuevo XF86Config-4 con XFree86 --configure para tu configuración actual. Te generará un nuevo XF86Config-4 en el directorio /root, lo sustituyes en /etc/X11 y listos (o guardas el antiguo si te interesa y copias el generado).
Saludos Miquel (a.k.a Ktalŕ)