Tenho clientes que querem ter o mesmo sistema em Flex, em desktop
porque nem sempre tem acesso a internet.Preciso para quando tiver
acesso a internet sincronizar bancos de dados.

Já vi exemplo usando o Google Gears(tbm usa SQLite) e SQLite
puramente.

http://coenraets.org/blog/2008/05/insync-automatic-offline-data-synchronization-in-air-using-lcds-26/
http://coenraets.org/blog/2007/06/flex-and-google-gears-sales-force-automation-application-with-offline-capabilities/

Ambos usam SQLite, seria possível fazer usando outro banco como o
MySQL, ou essa é uma característica do SQLite (não conheço seu
funcionamento)
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