Consegui arrumar, só que teve que ser na mão!!!

Como funcionava no IE 7 original mas não no IE 8 nem no IE 8 no modo
compatibilidade, que passa a ser versão IE 7 (que não funciona
exatamente como o IE 7 original). Tive que identifica quando era IE 8,
e quando era IE 7 original e IE 7 no modo compatibilidade!!!

Feito isso descontei o px do x e y, e tive que arrumar o Width e
Height que tbm estavam errado na versão IE 8 em geral!!!

Para identificar qual era a versão do IE e se estava em modo de
compatibilidade usei a seguinte função: (Essa função peguei do site da
Microsoft, só adicionei um if e else)

function getInternetExplorerVersion(){
  var rv = -1; //se retorno for -1 não é IE
  if (navigator.appName == 'Microsoft Internet Explorer')
  {
    var ua = navigator.userAgent;
    if ( navigator.userAgent.indexOf('Trident') > 0 ){ //usei o indexOf
('Trident') para diferenciar o userAgent do IE7 original e IE7 no modo
de compatibilidade, pois seus userAgent são quase iguais. Esse foi meu
criterio de diferenciação.
        return 8; // Se o navegador possuir 'Trident' em seu userAgent, é
IE 8, caso venha a existir um IE > que 8 é bom ver se essa regra vai
funcionar, só que até lá todo meu sitema já vai estar em flex ;)
    }else{
        return 7; // O navegador nao possui Trident em seu userAgent
    }
    var re  = new RegExp("MSIE ([0-9]{1,}[\.0-9]{0,})");
    if (re.exec(ua) != null)
      rv = parseFloat( RegExp.$1 );
  }
  return rv;
}

E a função que redimensiona o IFRAME ficou assim:

function moveIFrame(x,y,w,h) {

        if(getInternetExplorerVersion() > 7){ // se for navegador IE maior
que a versão 7 "ORIGINAL", ele corrige o erro
                var frameRef=document.getElementById("myFrame");
                frameRef.style.left=x - 9;
                frameRef.style.top=y - 4;
                var iFrameRef=document.getElementById("myIFrame");
                iFrameRef.width=w*(0.96);
                iFrameRef.height=h*(0.962);
        }else{
               var frameRef=document.getElementById("myFrame");
               frameRef.style.left=x;
               frameRef.style.top=y;
               var iFrameRef=document.getElementById("myIFrame");
               iFrameRef.width=w;
               iFrameRef.height=h;
        }
}


Esse é um daqueles enrolation que é necessário fazer, como não tenho
tempo para coisas mas elaboradas, foi isso que consegui...

Valeu pela força!!!

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