Comigo aconteceu algo semelhante, não maximizava ao todo. Isso pode ser devido a algum skin swf que estejas usando como background do MDICanvas. Aconteceu comigo anteirormente, ou com a janela, caso as imagens dessa skin ultrapasse o tamaho do SWF.
Comigo o FlexMDI nunca apresentou esse tipo de problema. Caso estejas usando em porcentagem o MDICanvas para setar o tamanho, tente defini-lo por contraints (left, right, bottom e top) isso deve solucionar... Rodrigo Portillo 81 - 88369100www.portillodesign.com.br/tudoemuitosimples.
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