Pelo que eu entendi ele não está encontrando uma referência a janela1 por
isso que ele informa:

TypeError: Error #1009: Não é possível acessar uma propriedade ou um
método de uma referência de objeto nula. ( Quem é janela1? )

Se fosse eu instanciava um objeto janela1 em janela2 e passava o (this) por
parâmetro ao criar uma nova janela2:

mais ou menos assim:

var janela2: Janela2 = new Janela2();
janela2.janela1 = this; // this no caso é a janela 1 onde estou atualmente.
PopUpManager.createPopUp(janela2);

pra quê isso?

para você consiga disparar o evento na janela1

dispatchEvent(new Event(formPesquisaDeArquivos.EventoMonitor)); // creio que
isso é para causar algum efeito na janela 1
PopUpManager.remove(this); // this aqui referencia janela 2, logo, fecha
janela 2


Espero ter ajudado!

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