ll /usr/local/share/mysql/my*

se for instalação nova e não tem nada apague como disse o colega , o
script de inicialização cria pra vc os diretorios , se criou na mão
ajuste para o usuario mysql , nunca tive esse problema ai mas use
inicialmente um dos my.cnf listados como inicio , sempre rolou comigo
innodb, vc tambem pode apontaro diretorio para um outro local no
rc.conf;

mysql_enable="YES"
mysql_dbdir="/srv/mysql"


Abraços

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