External Email - Use Caution just a kind reminder
many thanks > Il 15 maggio 2020 alle 1.05 std...@virgilio.it ha scritto: > > mri_binarize --i $SUBJECTS_DIR/mri/ThalamicNuclei.v10.T1.mgz > --replaceonly 8204 --replaceonly 8205 --replaceonly 8206 --replaceonly 8217 > --replaceonly 8218 --o $SUBJECTS_DIR/R-Intralaminar.mgz > > ERROR: Option 8205 unknown > > > mri_binarize --i $SUBJECTS_DIR/mri/ThalamicNuclei.v10.T1.mgz > --replaceonly 8204 --replaceonly 8205 --replaceonly 8217 --replaceonly 8218 > --o $SUBJECTS_DIR/R-Intralaminar.mgz > > ERROR: Option 8217 unknown > > > > Il 14 maggio 2020 alle 17.39 "Douglas N. Greve" > <dgr...@mgh.harvard.edu> ha scritto: > > > > Just add more --replaceonly args > > > > On 5/14/2020 10:38 AM, std...@virgilio.it mailto:std...@virgilio.it > > wrote: > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > Moreover, how can I merge, with mri_binarize, more thalamic > > > regions? > > > > > > e.g. 8204 8205 8206 8217 8218 > > > > > > > > > > > > > Il 13 maggio 2020 alle 23.03 "Douglas N. Greve" > > > <dgr...@mgh.harvard.edu> mailto:dgr...@mgh.harvard.edu ha scritto: > > > > > > > > It problably means that seg 8130 does not exist in the > > > > input mgz. Can you confirm that it does? > > > > > > > > On 5/13/2020 12:51 PM, std...@virgilio.it > > > > mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > > > > > indeed. I would like to merge two regions and > > > > > extract the fMRI time serie. if no difference is there, somewhat is > > > > > wrong. the L-VP file contains the same information of > > > > > ThalamicNuclei.v10.T1. > > > > > > > > > > thanks > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 13 maggio 2020 alle 17.02 > > > > > "Douglas N. Greve" <dgr...@mgh.harvard.edu> > > > > > mailto:dgr...@mgh.harvard.edu ha scritto: > > > > > > > > > > > > That means there is no difference > > > > > > > > > > > > On 5/13/2020 10:47 AM, std...@virgilio.it > > > > > > mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > is the command line ok? > > > > > > > > > > > > > > by running > > > > > > > > > > > > > > mri_binarize --i > > > > > > > ThalamicNuclei.v10.T1.mgz --replace-only 8130 8133 --o L-VP.mgz > > > > > > > > > > > > > > mri_diff --po > > > > > > > mri/ThalamicNuclei.v10.T1.mgz L-VP.mgz > > > > > > > > > > > > > > I obtain > > > > > > > diffcount 0 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 12 maggio 2020 > > > > > > > alle 0.53 std...@virgilio.it mailto:std...@virgilio.it ha scritto: > > > > > > > > > > > > > > > > by running > > > > > > > > mri_diff --po > > > > > > > > mri/ThalamicNuclei.v10.T1.mgz L-VP.mgz > > > > > > > > I obtain > > > > > > > > diffcount 0 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 11 > > > > > > > > maggio 2020 alle 19.18 "Douglas N. Greve" > > > > > > > > <dgr...@mgh.harvard.edu> mailto:dgr...@mgh.harvard.edu ha > > > > > > > > scritto: > > > > > > > > > > > > > > > > > > Try running this to see > > > > > > > > > if there is a difference > > > > > > > > > mri_diff --po > > > > > > > > > ThalamicNuclei.v10.T1.mgz Left-Ventroposterior.mgz > > > > > > > > > Sometimes it is not easy > > > > > > > > > to see a difference that is just a few voxels > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 5/11/2020 3:02 AM, > > > > > > > > > std...@virgilio.it mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > External > > > > > > > > > > Email - Use Caution > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > By visualizing the > > > > > > > > > > output by freeview, I found that it was the same of > > > > > > > > > > ThalamicNuclei.v10.T1.mgz. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 11 > > > > > > > > > > maggio 2020 alle 2.19 Bruce Fischl < > > > > > > > > > > fis...@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > mailto:fis...@nmr.mgh.harvard.edu > ha scritto: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Stefano > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > can you > > > > > > > > > > > elaborate? Why do you suspect there is an error? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cheers > > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > > On Mon, 11 May > > > > > > > > > > > 2020, > > > > > > > > > > > std...@virgilio.it mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Please, > > > > > > > > > > > > could you check the command line. > > > > > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > suspect that an error is there. > > > > > > > > > > > > Thanks. > > > > > > > > > > > > Stefano > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mri_binarize --i ThalamicNuclei.v10.T1.mgz > > > > > > > > > > > > --replace-only 8130 8133 --o > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Left-Ventroposterior.mgz > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 30 aprile 2020 alle 18.51 "Douglas N. Greve" > > > > > > > > > > > > < > > > > > > > > > > > > dgr...@mgh.harvard.edu mailto:dgr...@mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > ha scritto: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > You can use mri_binarize --i ThalamicNuclei.v10.T1.mgz > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --replace-only segid segidreplace ... --o newseg.mgz > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > > > > create a new segmentation with merged segments, then > > > > > > > > > > > > using > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > vol2subfield with the newseg seg as --sf > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 4/29/2020 7:57 PM, std...@virgilio.it > > > > > > > > > > > mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi list, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > vol2subfield --i fmcpr.nii.gz --reg register.dof6.lta > > > > > > > > > > > --sf > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ThalamicNuclei.v10.T1.mgz --stats stats.dat --avgwf > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > avgwf.dat --avgwfvol avgwfvol.mgz --o f2subf.nii.gz > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > extracts the time course from each thalamic > > > > > > > > > > > subregions. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > If I would like to merge multiple regions (e.g. --id > > > > > > > > > > > 8115 > > > > > > > > > > > > --id > > > > > > > > > > > > 8116) and extract a single time course from them, > > > > > > > > > > > > which > > > > > > > > > > > > is the way? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Stefano > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer mailing list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > Freesurfer > > > > > > > > > > > mailing list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The information in this > > > > > > > > > e-mail is intended only for the person to whom it is > > > > > > > > > addressed. 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