Ciao,
io avevo risolto utilizzando un vrt file:
http://osgeo-org.1803224.n2.nabble.com/gdal-dev-Modify-an-image-color-table-td5221037.html

oppure se le classi dei colori all'interno dell'immagine non sono
moltissime, puoi descriverle una per una sul map file tipo:

 CLASS
    NAME "NOME CLASSE"
    EXPRESSION ([pixel]=4) #QUI POUI INSERIRE UNA QUALUNQUE ESPRESSIONE
    COLOR 188 0 0 #COLORE RGB
  END

Ciao
m.s
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