Alessandro,
grazie per la correzione.
L'errore causava una errata dichiarazione di tabelle che in spatialite equivale a d avere sempre risultato vuoto.

se si riscrive la query semplicemente omettendo del tutto la
ORDER BY si scopre invece che la query torna a funzionare a tutta
manetta (proprio come avveniva con le vecchie versioni di sqlite).
tempi oggettivi misurati:

  con ORDER BY: circa 3 minuti
senza ORDER BY: poco meno di 10 secondi :-D

organizzandola con una subquery che esegua il lavoro spaziale e una query che esegue solamente l'ordinamento, il query planner non dovrebbe far eseguire l'ordinamento prima del filtraggio con l'indice spaziale.

select
    z."Tuscan Local Council",
    z."Tuscan County",
    z."Neighbour LC",
    z.County,
    z.Region,
    z.geometry
from
    (
        SELECT
            lc1.lc_name AS "Tuscan Local Council",
            c1.county_name AS "Tuscan County",
            lc2.lc_name AS "Neighbour LC",
            c2.county_name AS County,
            r2.region_name AS Region
        FROM
            local_councils AS lc1,
            local_councils AS lc2
            JOIN counties AS c1 ON (c1.county_id = lc1.county_id)
            JOIN counties AS c2 ON (c2.county_id = lc2.county_id)
            JOIN regions AS r1 ON (r1.region_id = c1.region_id)
            JOIN regions AS r2 ON (r2.region_id = c2.region_id)
        WHERE
            r1.region_name LIKE 'toscana'
            AND r1.region_id <> r2.region_id
            AND ST_Touches(lc1.geometry, lc2.geometry)
            AND lc2.ROWID IN (
                SELECT ROWID FROM SpatialIndex
WHERE f_table_name='DB=main.local_councils' AND search_frame=lc1.geometry
            )
    ) as z
ORDER BY z.county_name, z.lc_name;

Andrea.

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