Ciao Marco,
io ho lanciato con QGIS 2.14 per win10 il comando UNION (e non altri perché
tu hai parlato di questo) tra i due shp e ho ottenuto un file multiparts (le
isole di un arcipelago sono spesso un poligono multiparts, composto da vari
poligoni). Non se il multiparts sia il risultato da te voluto; se non lo
fosse da QGIS (Vector > Geometry Tools) puoi fare da multiparts a
singleparts.

A me non risultano doppioni o errori.

Ci vuoi inviare uno screeshot o il tuo file di output e ci indichi gli ID
dei poligoni con errori?

Saluti

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Andrea Borruso

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