Analizando un poco de todas las sugerencias, veo que hay muy pocas
opciones para software que no sea de matemática o las materias
tradicionales. No me entiendan mal, deseo explicarme mejor con respecto
a esto y además otras sugerencias en cuanto al SO.

* Instalaría un Edubuntu de 64 bits LTS (para aprovechar la potencia de
las netbooks), pero aqui el tema es que manejador de escritorio
colocaría. Yo prefiero el GNOME 2 a Unity o Gnome 3, pero he visto a mis
alumnos de 1er año (ex 7mo grado de las escuelas primarias)
desenvolverse sin problemas en este nuevo entorno, en realidad al que
mas le cuesta es a mi.
* Aplicaciones de Dibujo sencillas y prácticas: Gimp, TuxPaint.
* Diseño 3d: Blender (es sorprendente las cosas que los chicos pueden
hacer con un poco de guia del docente)
* Diseño: Inkscape, gCAD3D, Sk1 (alguno de ellos o todos)
* Sonido: Audacity, Conversores de formato de sonido, editor de
partituras.
* Video: VLC, un grabador de video de escritorio, Pitivi
* Programación: Gambas, FreePascal, Un IDE para php, java, python, etc.
Un editor hexadecimal, Kturtle.
* Virtual Box OSE
* LibreOffice, Freemind, Planner o GantProyect, Scribus, Dia, Gscan2Pf
* Simuladores y diseñadores de circuitos eléctricos/electrónicos
* Software de química, tabla periódica.
* Software de física.
* Internet: Wireshark, Firefox, Thunderbird
* Varios: editores pdf.

Eso del lado de GNU/Linux

Del otro lado, lo mismo pero en aplicaciones GPL en caso de no encontrar
un equivalente directo. Me sumo a LibreOffice, VLC (no portable), UN
ANTIVIRUS DECENTE, y sobre todo clamo por esto WINDOWS XP y no 7, es una
tortura para la máquina el tratar de trabajar con las aplicaciones
cuando se hace uso intensivo de ellas, ya se que me van a decir que el
XP ya no tiene soporte, pero hay que afinar demasiado a 7 para hacerlo
que consuma menos recursos y sobre todo que pueda compartir archivos de
forma transparente con máquinas que poseen XP o una distribución
GNU/Linux. 
La ultima, un gestor de base de datos (si está libreoffice no hay
problema), caso contrario incluyan algo (aunque sea Access)

Saludos a todos y gracias por haber llegado hasta este renglón. 

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