Yo hice un programa en java, sin dependencias mas alla de la JRE que sirve para hacer backups y es muy sencillo.
Le indicas el directorio origen y el destino y lo que hace es copiar recursivamente los archivos y directorios del origen que no esten en el destino. En cuanto a los archivos que ya estan en el destino, solo los sobre escribe si su fecha es anterior a la del archivo origen. Si un archivo esta solo en el destino, lo ignora. El programa es muy facil de modificar si lo queres adaptar a tus necesidades, si queres lo subo a sourceforge. Faltaria agregarle poder realizar el mismo proceso con multiples directorios o leer linea de comando.
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