Dear Justin, I try again by correcting the typo mistake I made, this time it gives the following type of out put;
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: max 224.227448 (between atoms 1932 and 1934) rms 4.182895 bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 198 200 49.7 0.1449 0.1615 0.1449 200 201 90.1 0.1090 1.2643 0.1090 200 202 46.8 0.1529 0.1690 0.1529 200 211 41.2 0.1522 0.1686 0.1522 264 265 70.9 0.1229 0.1349 0.1229 264 266 47.2 0.1335 0.1443 0.1335 266 267 66.8 0.1010 0.1148 0.1010 266 268 70.1 0.1010 0.1010 0.1010 407 408 32.7 0.1090 0.1091 0.1090 457 458 90.0 0.1080 0.1195 0.1080 910 912 51.3 0.1090 0.1088 0.1090 1001 1002 58.3 0.1090 0.1095 0.1090 1062 1065 90.0 0.1090 0.1098 0.1090 1249 1252 35.6 0.1509 0.1233 0.1510 1252 1253 38.8 0.1399 0.1381 0.1400 1252 1255 92.2 0.1399 0.5340 0.1400 1255 1256 89.8 0.1080 0.4882 0.1080 1255 1259 88.6 0.1400 1.2513 0.1400 1257 1261 84.5 0.1399 0.4295 0.1400 1259 1260 89.3 0.1080 1.0345 0.1080 1259 1261 90.2 0.1399 1.0302 0.1400 1261 1262 87.2 0.1364 0.3727 0.1364 1262 1263 89.3 0.0945 0.3040 0.0945 1926 1929 91.1 0.1529 0.1698 0.1529 1929 1930 91.1 0.1090 0.1885 0.1090 1929 1931 91.0 0.1090 0.2040 0.1090 1929 1932 90.2 0.1529 1.1270 0.1529 1932 1933 90.2 0.1090 1.0924 0.1090 1932 1934 90.0 0.1090 24.5498 0.1090 1932 1935 90.3 0.1463 1.1944 0.1463 1935 1936 92.0 0.1010 0.1697 0.1010 1935 1937 92.2 0.1340 0.1430 0.1340 2565 2566 90.0 0.1090 0.1235 0.1090 step 0Warning: 1-4 interaction between 196 and 201 at distance 1.104 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: max 10632.446289 (between atoms 1932 and 1933) rms 207.682693 bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 170 172 63.2 0.1335 0.1515 0.1335 172 173 41.5 0.1449 0.1423 0.1449 172 181 87.7 0.1449 0.2694 0.1449 173 174 38.5 0.1090 0.1401 0.1090 173 184 33.3 0.1522 0.1855 0.1522 175 178 64.7 0.1529 0.2016 0.1529 178 179 89.5 0.1090 0.1885 0.1090 178 180 89.9 0.1090 1.3654 0.1090 178 181 89.2 0.1529 0.2470 0.1529 181 182 76.8 0.1090 0.2233 0.1090 181 183 63.7 0.1090 0.2001 0.1090 200 201 90.3 1.2643 0.2235 0.1090 200 202 33.2 0.1690 0.1498 0.1529 200 211 31.1 0.1686 0.1533 0.1522 202 203 31.6 0.1045 0.1152 0.1090 202 204 44.7 0.1033 0.1210 0.1090 202 205 32.9 0.1481 0.1654 0.1529 211 213 32.6 0.1352 0.1395 0.1335 261 263 90.0 0.1083 0.4201 0.1090 266 267 37.3 0.1148 0.1001 0.1010 266 268 58.3 0.1010 0.1009 0.1010 455 456 89.9 0.1082 0.2429 0.1080 457 458 90.0 0.1195 0.2815 0.1080 910 912 42.3 0.1088 0.1093 0.1090 1001 1002 44.5 0.1095 0.1091 0.1090 1062 1065 90.0 0.1098 0.1777 0.1090 1212 1222 102.3 0.1522 0.2192 0.1522 1222 1223 102.5 0.1229 0.2490 0.1229 1222 1224 92.3 0.1335 0.9308 0.1335 1224 1225 94.2 0.1010 0.8418 0.1010 1224 1226 91.4 0.1449 5.3237 0.1449 1226 1227 90.9 0.1090 4.9695 0.1090 1226 1228 92.0 0.1529 5.0058 0.1529 1226 1243 90.1 0.1523 121.0580 0.1522 1228 1229 92.3 0.1090 1.2347 0.1090 1228 1230 92.0 0.1090 1.2312 0.1090 1228 1231 90.9 0.1510 1.2383 0.1510 1231 1232 105.8 0.1400 0.2522 0.1400 1231 1234 105.0 0.1400 0.2524 0.1400 1243 1244 90.2 0.1230 121.2270 0.1229 1243 1245 89.9 0.1339 121.7164 0.1335 1245 1246 90.8 0.1013 7.4736 0.1010 1245 1247 91.2 0.1461 9.3242 0.1449 1247 1248 88.4 0.1101 3.5300 0.1090 1247 1249 87.9 0.1400 13.9017 0.1529 1247 1264 86.2 0.1536 3.3652 0.1522 1249 1250 90.9 0.0909 11.7951 0.1090 1249 1251 80.9 0.0946 7.1358 0.1090 1249 1252 104.0 0.1233 3.9039 0.1510 1252 1253 92.6 0.1381 35.9373 0.1400 1252 1255 93.0 0.5340 91.0049 0.1400 1253 1254 104.9 0.1101 18.0069 0.1080 1253 1257 75.2 0.1594 38.5236 0.1400 1255 1256 88.3 0.4882 84.5694 0.1080 1255 1259 122.1 1.2513 81.3966 0.1400 1257 1258 136.3 0.1048 13.4286 0.1080 1257 1261 40.9 0.4295 104.5817 0.1400 1259 1260 154.1 1.0345 64.8333 0.1080 1259 1261 147.6 1.0302 99.2752 0.1400 1261 1262 55.7 0.3727 127.5117 0.1364 1262 1263 101.7 0.3040 30.3805 0.0945 1264 1265 86.7 0.1235 0.5055 0.1229 1264 1266 86.8 0.1340 0.7744 0.1335 1266 1267 85.1 0.1011 0.8284 0.1010 1266 1268 88.5 0.1450 5.9925 0.1449 1268 1269 88.5 0.1090 5.4408 0.1090 1268 1270 88.2 0.1529 5.9981 0.1529 1268 1283 89.4 0.1522 15.8593 0.1522 1270 1271 85.7 0.1090 0.9184 0.1090 1270 1272 87.5 0.1529 1.2168 0.1529 1270 1275 87.3 0.1529 1.0977 0.1529 1272 1273 84.9 0.1090 0.2857 0.1090 1272 1274 84.2 0.1090 0.2813 0.1090 1272 1279 84.1 0.1529 0.3192 0.1529 1275 1276 85.4 0.1090 0.3222 0.1090 1275 1277 85.1 0.1090 0.3207 0.1090 1275 1278 86.0 0.1090 0.3219 0.1090 1279 1280 51.4 0.1090 0.1699 0.1090 1279 1281 51.8 0.1090 0.1705 0.1090 1279 1282 52.3 0.1090 0.1712 0.1090 1283 1284 88.4 0.1229 16.0781 0.1229 1283 1285 90.5 0.1335 9.9876 0.1335 1285 1286 89.3 0.1010 5.9386 0.1010 1285 1287 87.9 0.1449 8.3253 0.1449 1287 1288 90.2 0.1090 2.4711 0.1090 1287 1289 91.1 0.1529 2.6692 0.1529 1287 1304 92.0 0.1522 2.6390 0.1522 1289 1290 88.4 0.1090 0.4779 0.1090 1289 1291 88.4 0.1090 0.4772 0.1090 1289 1292 85.5 0.1510 0.4855 0.1510 1304 1305 86.1 0.1229 0.4048 0.1229 1304 1306 88.9 0.1335 0.3301 0.1335 1306 1307 97.2 0.1010 0.1175 0.1010 1306 1308 121.5 0.1449 0.0475 0.1449 1308 1309 31.2 0.1090 0.1219 0.1090 1881 1882 90.0 0.1090 0.8050 0.1090 1920 1922 90.2 0.1343 0.1091 0.1335 1922 1923 100.6 0.1018 0.1702 0.1010 1922 1924 101.6 0.1465 1.2513 0.1449 1924 1925 94.4 0.1105 1.3178 0.1090 1924 1926 89.0 0.1493 16.6627 0.1529 1924 1944 111.3 0.1536 1.1692 0.1522 1926 1927 95.5 0.1036 11.7246 0.1090 1926 1928 86.7 0.1019 14.4924 0.1090 1926 1929 91.7 0.1698 85.0559 0.1529 1929 1930 89.7 0.1885 78.7063 0.1090 1929 1931 89.9 0.2040 81.0389 0.1090 1929 1932 93.4 1.1270 149.6392 0.1529 1932 1933 90.6 1.0924 1159.0457 0.1090 1932 1934 91.4 24.5498 118.7850 0.1090 1932 1935 92.5 1.1944 170.9541 0.1463 1935 1936 91.2 0.1697 63.3951 0.1010 1935 1937 82.3 0.1430 74.8514 0.1340 1937 1938 109.4 0.1385 8.0449 0.1340 1937 1941 60.5 0.1291 6.4124 0.1340 1938 1939 82.5 0.1007 7.9157 0.1010 1938 1940 67.1 0.1047 6.3013 0.1010 1941 1942 104.9 0.1049 9.1425 0.1010 1941 1943 117.2 0.1055 7.4587 0.1010 1944 1945 98.8 0.1239 0.2205 0.1229 1944 1946 101.3 0.1345 0.1932 0.1335 2549 2550 61.1 0.1449 0.0977 0.1449 2550 2551 84.2 0.1090 0.1008 0.1090 2550 2552 57.9 0.1529 0.0998 0.1529 2550 2561 36.1 0.1523 0.1861 0.1522 2561 2562 77.7 0.1230 0.1257 0.1229 2561 2563 88.9 0.1336 0.3782 0.1335 2563 2565 85.0 0.1448 0.4803 0.1449 2565 2566 89.5 0.1235 3.4698 0.1090 2565 2567 39.7 0.1529 0.1625 0.1529 2565 2576 59.5 0.1522 0.1316 0.1522 2567 2568 38.5 0.1090 0.0818 0.1090 Segmentation fault [EMAIL PROTECTED]:~/protein> Regards, Lal badshah Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com
_______________________________________________ gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting! Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to [EMAIL PROTECTED] Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php