Hi ALL, I am using GMX4.5.3. I have done a system, which include two graphenes and a CNT. I put two graphenes at both end of the CNT,and dig a hole to let water pass through CNT. I do not change any force fileld . I just treat all the carbon atoms as atoms in Benzene ring CA in AMBER03 force filed. But I find a problem, I must freeze all the carbon atoms in the graphenes, and then do the NVT equilibrium, so I can not do NPT equilibrium. If I use positon restraint instead of freezing the graphenes, the two graphenes will be blowing up., and a series of warnings about LINCS , and the simulation stop. I want to use positon restraint and do NPT equilibrium and MD. Anybody could help me, thanks a lot ! Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.114658, max 1.034921 (between atoms 670 and 672)
Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.111497, max 1.026519 (between atoms 1013 and 1014) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 1485 1487 37.5 0.1376 0.1519 0.1400 615 617 37.1 0.1376 0.1510 0.1400 1881 1882 37.0 0.1376 0.1516 0.1400 1487 1536 44.0 0.1375 0.1542 0.1400 1011 1012 37.3 0.1376 0.1513 0.1400 1534 1536 46.4 0.1355 0.1429 0.1400 1536 1538 38.6 0.1350 0.1439 0.1400 1440 1489 46.8 0.1356 0.1436 0.1400 1538 1540 93.6 0.1377 0.2631 0.1400 1489 1882 43.3 0.1376 0.1540 0.1400 1540 1542 92.7 0.1389 0.2830 0.1400 1489 1491 39.1 0.1350 0.1432 0.1400 1542 1591 40.8 0.1391 0.1742 0.1400 1491 1883 93.5 0.1378 0.2645 0.1400 1589 1591 38.0 0.1386 0.1267 0.1400 1495 1544 36.4 0.1386 0.1262 0.1400 617 666 42.7 0.1375 0.1533 0.1400 1544 1884 43.7 0.1391 0.1771 0.1400 664 666 45.7 0.1355 0.1426 0.1400 1883 1884 92.6 0.1390 0.2801 0.1400 666 668 38.1 0.1350 0.1437 0.1400 570 619 45.8 0.1356 0.1422 0.1400 668 670 93.6 0.1377 0.2647 0.1400 619 1012 43.1 0.1376 0.1534 0.1400 670 672 92.7 0.1389 0.2849 0.1400 619 621 38.9 0.1350 0.1446 0.1400 672 721 40.7 0.1391 0.1743 0.1400 621 1013 93.6 0.1377 0.2652 0.1400 719 721 37.7 0.1386 0.1269 0.1400 625 674 38.1 0.1386 0.1261 0.1400 674 1014 42.3 0.1391 0.1749 0.1400 1013 1014 92.6 0.1390 0.2837 0.1400 Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.040717, max 0.154305 (between atoms 1171 and 1172) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.039914, max 0.153441 (between atoms 207 and 255) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 1019 1021 58.5 0.1376 0.1350 0.1400 1021 1863 41.2 0.1379 0.1494 0.1400 1021 1023 48.2 0.1363 0.1476 0.1400 149 151 57.1 0.1376 0.1340 0.1400 151 993 41.4 0.1379 0.1493 0.1400 151 153 47.4 0.1363 0.1471 0.1400 1065 1067 54.9 0.1366 0.1379 0.1400 1067 1116 45.5 0.1359 0.1460 0.1400 1067 1069 40.4 0.1377 0.1498 0.1400 195 197 54.7 0.1367 0.1370 0.1400 197 246 44.8 0.1360 0.1461 0.1400 197 199 39.3 0.1377 0.1496 0.1400 Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.350444, max 2.603891 (between atoms 195 and 197) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 6.990928, max 43.715271 (between atoms 570 and 619) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 7.147569, max 45.401707 (between atoms 1534 and 1536) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 1479 1527 31.4 0.1179 0.1637 0.1400 1389 1391 71.8 0.1350 0.4267 0.1400 Step 1, time 0.002 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.763285, max 5.025195 (between atoms 1021 and 1023) 1481 1529 31.3 0.1249 0.5339 0.1400 519 521 72.3 0.1350 0.4389 0.1400 bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 1485 1530 49.6 0.1282 1.0915 0.1400 1387 1388 51.4 0.1359 0.0902 0.1400 1485 1487 167.0 0.1519 2.0332 0.1400 1391 1436 80.1 0.1309 1.4982 0.1400 1391 1393 88.3 0.1326 0.5765 0.1400 1019 1862 98.0 0.1295 0.3232 0.1400 1526 1527 34.4 0.1246 0.1778 0.1400 1433 1434 165.7 0.1203 0.1055 0.1400 1434 1482 40.6 0.1176 0.5757 0.1400 1019 1825 58.3 0.1215 0.8376 0.1400 1527 1528 170.7 0.1204 0.2215 0.1400 1435 1436 131.1 0.1276 1.1844 0.1400 1019 1021 83.5 0.1350 0.8187 0.1400 1528 1529 43.5 0.1176 0.6809 0.1400 1438 1440 177.0 0.1230 5.1067 0.1400 1021 1863 88.8 0.1494 0.6103 0.1400 1529 1530 168.5 0.1169 1.3879 0.1400 1482 1880 33.5 0.1249 0.4874 0.1400 1021 1023 91.3 0.1476 0.8435 0.1400 1532 1577 30.1 0.1257 2.7938 0.1400 1482 1483 169.1 0.1169 1.2944 0.1400 1023 1829 83.7 0.1382 0.1650 0.1400 1532 1534 177.5 0.1228 5.3314 0.1400 1483 1881 46.7 0.1281 0.9932 0.1400 1881 1882 172.0 0.1516 1.9302 0.1400 1023 1025 49.6 0.1413 0.2512 0.1400 1574 1575 48.5 0.1337 0.1306 0.1400 1025 1073 85.1 0.1276 0.0345 0.1400 515 563 32.2 0.1247 0.1713 0.1400 1575 1618 88.5 0.1358 0.0994 0.1400 1025 1027 80.1 0.1333 0.0533 0.1400 516 517 41.1 0.1338 0.1334 0.1400 1576 1577 131.1 0.1275 1.2980 0.1400 1788 1790 90.3 0.1381 0.2969 0.1400 517 518 87.1 0.1359 0.0842 0.1400 1577 1579 80.8 0.1308 1.6232 0.1400 1790 1792 103.8 0.1357 0.2724 0.1400 521 566 81.0 0.1308 1.5433 0.1400 1579 1619 73.2 0.1349 0.4541 0.1400 1823 1825 105.3 0.1462 0.5556 0.1400 521 523 91.1 0.1325 0.5368 0.1400 1579 1581 88.6 0.1325 0.5937 0.1400 1825 1827 117.5 0.1407 0.4434 0.1400 563 564 169.2 0.1205 0.1755 0.1400 611 659 33.6 0.1249 0.4947 0.1400 1827 1829 33.6 0.1365 0.1694 0.1400 564 612 42.1 0.1176 0.6306 0.1400 615 660 50.3 0.1281 1.0623 0.1400 565 566 130.3 0.1276 1.2238 0.1400 615 617 166.6 0.1510 1.9191 0.1400 1829 1831 55.8 0.1351 0.1567 0.1400 566 568 30.8 0.1257 2.6431 0.1400 657 658 167.1 0.1205 0.1320 0.1400 149 992 97.6 0.1290 0.2988 0.1400 568 570 177.7 0.1224 5.2017 0.1400 658 659 41.1 0.1176 0.6019 0.1400 149 955 60.9 0.1214 0.8035 0.1400 612 1010 32.4 0.1249 0.5033 0.1400 659 660 168.6 0.1169 1.2939 0.1400 149 151 83.9 0.1340 0.7746 0.1400 612 613 168.1 0.1169 1.3235 0.1400 662 707 30.9 0.1257 2.5734 0.1400 151 993 90.5 0.1493 0.5750 0.1400 613 1011 50.5 0.1282 1.0657 0.1400 662 664 176.5 0.1223 5.0492 0.1400 151 153 92.6 0.1471 0.8006 0.1400 1011 1012 167.9 0.1513 1.9635 0.1400 704 705 32.8 0.1338 0.1212 0.1400 705 748 61.2 0.1359 0.0863 0.1400 1346 1395 74.2 0.1360 0.2742 0.1400 153 959 84.1 0.1381 0.1502 0.1400 706 707 130.7 0.1276 1.1804 0.1400 1346 1348 34.4 0.1376 0.2141 0.1400 1395 1397 79.3 0.1347 0.4566 0.1400 707 709 80.8 0.1308 1.4999 0.1400 153 155 45.2 0.1415 0.2565 0.1400 1397 1446 89.0 0.1343 0.9345 0.1400 709 749 72.5 0.1349 0.4317 0.1400 155 203 99.5 0.1276 0.0478 0.1400 1397 1399 85.1 0.1349 0.3439 0.1400 709 711 89.9 0.1325 0.5441 0.1400 155 157 93.6 0.1333 0.0498 0.1400 1401 1450 54.0 0.1374 0.2443 0.1400 918 920 90.8 0.1382 0.2798 0.1400 1534 1583 52.0 0.1223 5.6454 0.1400 920 922 104.7 0.1357 0.2547 0.1400 476 525 72.2 0.1360 0.2444 0.1400 1536 1538 146.9 0.1439 4.0687 0.1400 953 955 104.0 0.1462 0.5364 0.1400 476 478 35.1 0.1376 0.2155 0.1400 1538 1587 97.2 0.1168 2.3675 0.1400 955 957 113.5 0.1408 0.4615 0.1400 525 527 76.4 0.1347 0.3822 0.1400 1538 1540 107.3 0.2631 1.3397 0.1400 957 959 36.8 0.1365 0.1813 0.1400 527 576 88.4 0.1343 0.8131 0.1400 1540 1542 91.4 0.2830 1.5083 0.1400 1542 1591 47.5 0.1742 0.0730 0.1400 1581 1625 79.6 0.1338 0.5697 0.1400 959 961 49.4 0.1351 0.1574 0.1400 527 529 82.5 0.1349 0.2827 0.1400 1581 1583 74.1 0.1321 1.7137 0.1400 531 580 58.5 0.1374 0.2546 0.1400 1583 1585 139.8 0.1340 1.5345 0.1400 1393 1442 74.1 0.1322 1.7255 0.1400 1029 1076 49.0 0.1256 0.1066 0.1400 1585 1629 83.6 0.1349 1.0030 0.1400 1393 1395 79.7 0.1339 0.5695 0.1400 1073 1864 90.7 0.1291 0.2130 0.1400 1585 1587 57.1 0.1299 1.8389 0.1400 1440 1442 52.1 0.1223 5.5106 0.1400 1075 1865 35.9 0.1267 0.0498 0.1400 1587 1589 114.3 0.1331 1.0997 0.1400 1442 1444 139.4 0.1340 1.5489 0.1400 1075 1076 115.1 0.1201 0.0385 0.1400 1589 1633 92.7 0.1402 2.2340 0.1400 159 206 44.1 0.1257 0.0985 0.1400 1589 1591 65.9 0.1267 0.5204 0.1400 203 994 92.7 0.1291 0.2153 0.1400 1444 1493 58.6 0.1299 1.9270 0.1400 1629 1631 88.7 0.1356 0.9324 0.1400 205 206 83.7 0.1200 0.0370 0.1400 1444 1446 82.9 0.1349 1.0158 0.1400 1631 1669 89.7 0.1375 0.4131 0.1400 307 999 30.3 0.1291 0.1382 0.1400 1446 1448 88.5 0.1358 1.0992 0.1400 1631 1633 87.8 0.1391 2.2511 0.1400 1448 1497 87.2 0.1390 2.1974 0.1400 664 713 51.5 0.1224 5.4072 0.1400 1448 1450 88.9 0.1376 0.5572 0.1400 666 668 148.3 0.1437 3.7818 0.1400 1489 1491 145.4 0.1432 3.8969 0.1400 668 717 95.5 0.1162 2.3934 0.1400 1491 1883 100.9 0.2645 2.0845 0.1400 668 670 110.3 0.2647 0.9706 0.1400 1491 1493 96.0 0.1164 2.2482 0.1400 670 672 90.7 0.2849 1.5286 0.1400 1493 1495 109.2 0.1328 1.4087 0.1400 672 721 45.2 0.1743 0.0778 0.1400 1495 1544 74.3 0.1262 0.8060 0.1400 711 755 78.6 0.1338 0.5179 0.1400 1495 1497 92.4 0.1400 2.3267 0.1400 711 713 71.7 0.1322 1.6380 0.1400 1544 1884 78.4 0.1771 0.2799 0.1400 713 715 147.0 0.1340 1.4125 0.1400 1883 1884 90.3 0.2801 1.9063 0.1400 715 759 81.6 0.1348 0.7846 0.1400 523 572 72.1 0.1321 1.6333 0.1400 715 717 52.8 0.1299 1.6634 0.1400 523 525 79.1 0.1338 0.5007 0.1400 717 719 113.2 0.1331 1.2119 0.1400 570 572 51.5 0.1223 5.5090 0.1400 719 763 92.8 0.1402 1.9643 0.1400 572 574 150.7 0.1340 1.4616 0.1400 719 721 69.5 0.1269 0.6187 0.1400 574 623 44.4 0.1303 1.3643 0.1400 759 761 87.5 0.1356 0.8902 0.1400 574 576 79.9 0.1347 0.7032 0.1400 761 799 87.4 0.1375 0.4630 0.1400 576 578 88.0 0.1358 0.9618 0.1400 761 763 87.0 0.1390 2.0329 0.1400 578 627 86.2 0.1390 1.9707 0.1400 1623 1661 35.1 0.1376 0.2155 0.1400 578 580 87.7 0.1376 0.5068 0.1400 1623 1625 73.6 0.1360 0.2658 0.1400 619 621 168.5 0.1446 3.4129 0.1400 1625 1627 79.1 0.1346 0.4335 0.1400 621 1013 100.8 0.2652 1.7090 0.1400 1627 1665 85.4 0.1349 0.3156 0.1400 621 623 103.1 0.1174 2.2688 0.1400 1627 1629 89.0 0.1342 0.8318 0.1400 623 625 148.3 0.1332 0.6227 0.1400 1667 1669 41.7 0.1375 0.2186 0.1400 625 674 83.2 0.1261 1.0069 0.1400 753 791 35.2 0.1376 0.2159 0.1400 625 627 92.3 0.1400 2.1331 0.1400 753 755 71.1 0.1360 0.2405 0.1400 674 1014 87.5 0.1749 1.2579 0.1400 755 757 75.8 0.1347 0.3708 0.1400 1013 1014 97.4 0.2837 2.5659 0.1400 757 795 82.2 0.1349 0.2692 0.1400 757 759 87.3 0.1342 0.7470 0.1400 797 799 54.7 0.1375 0.2507 0.1400 1017 1065 106.6 0.1338 0.1458 0.1400 1061 1063 77.2 0.1460 0.2084 0.1400 1063 1112 85.7 0.1405 0.2229 0.1400 1063 1065 58.5 0.1256 0.4063 0.1400 1065 1067 84.3 0.1379 0.5012 0.1400 1067 1116 98.6 0.1460 0.4245 0.1400 1067 1069 96.7 0.1498 0.2611 0.1400 1071 1120 99.3 0.1289 0.1420 0.1400 1108 1110 77.7 0.1378 0.0875 0.1400 1110 1159 59.9 0.1352 0.1267 0.1400 1114 1163 39.6 0.1341 0.1612 0.1400 1114 1116 42.4 0.1356 0.1093 0.1400 1118 1167 132.3 0.1315 0.0428 0.1400 1118 1120 111.4 0.1256 0.0891 0.1400 1165 1167 30.3 0.1322 0.1480 0.1400 147 195 108.3 0.1336 0.1425 0.1400 191 193 98.7 0.1459 0.2857 0.1400 193 242 107.2 0.1410 0.2737 0.1400 193 195 60.9 0.1254 0.4570 0.1400 195 197 84.0 0.1370 0.5045 0.1400 197 246 99.3 0.1461 0.4259 0.1400 197 199 97.3 0.1496 0.2516 0.1400 201 250 99.4 0.1287 0.1533 0.1400 238 240 87.6 0.1379 0.0804 0.1400 240 289 61.1 0.1353 0.1209 0.1400 240 242 31.3 0.1361 0.1770 0.1400 244 293 40.3 0.1342 0.1654 0.1400 244 246 44.5 0.1355 0.1119 0.1400 248 297 131.4 0.1314 0.0452 0.1400 248 250 113.4 0.1255 0.0859 0.1400 295 297 30.1 0.1322 0.1497 0.1400 Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Warning: 1-4 interaction between 1389 and 1442 at distance 2.034 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size ------------------------------------------------------- Program mdrun, VERSION 4.5.3 Source code file: pme.c, line: 534 Fatal error: 3 particles communicated to PME node 7 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x. This usually means that your system is not well equilibrated. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- "Player Sleeps With the Fishes" (Ein Bekanntes Spiel Von ID Software) [2]+ Exit 255 mdrun -deffnm nvt Zhongjin He -- gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting! Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-requ...@gromacs.org. Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists