Dear all, I am trying to simulate protein in urea box using "amber99sb-ildn" force field.when i do the energy minimization step with emtol 1000 it shows many lincs warning then i increase the emtol to 1500 minimization occur in 1 step but in pr run it shows segmentation fault as- step 13: Water molecule starting at atom 12818 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. 1909 1911 90.5 0.1010 6.9898 0.1010 1843 1845 90.1 0.1335 0.7170 0.1335 2426 2424 89.0 0.1010 1.3001 0.1010 3834 3832 30.3 0.1011 0.1011 0.1010 3975 3973 90.8 0.1020 3.5240 0.1010 3974 3973 93.5 0.1037 0.6352 0.1010 1845 1847 89.5 0.1010 1.1038 0.1010 2425 2424 89.4 0.1010 2.2398 0.1010 3840 3842 86.6 0.1010 0.4727 0.1010 3840 3841 72.6 0.1010 0.0943 0.1010 4302 4301 39.8 0.1010 0.1010 0.1010 1845 1846 89.9 0.1010 2.4267 0.1010 3020 3019 89.0 0.1229 2.5234 0.1229 1909 1910 90.5 0.1010 7.4258 0.1010 3723 3724 88.8 0.1229 0.2757 0.1229 4348 4347 89.5 0.1229 0.6861 0.1229 1850 1848 90.0 0.1010 2.6093 0.1010 3024 3019 87.5 0.1335 1.4130 0.1335 1912 1914 92.9 0.1010 1.9229 0.1010 3723 3728 40.0 0.1335 0.1390 0.1335 4352 4347 89.0 0.1335 0.5260 0.1335 1849 1848 90.0 0.1010 2.2107 0.1010 3021 3019 89.4 0.1335 2.6444 0.1335 3080 3075 62.9 0.1336 0.1403 0.1335 3082 3080 88.5 0.1011 0.1289 0.1010 3081 3080 89.9 0.1011 1.6887 0.1010 4349 4347 85.8 0.1341 0.0908 0.1335 1843 1848 89.2 0.1335 0.7476 0.1335 3023 3021 89.4 0.1010 5.1859 0.1010 3728 3730 90.1 0.1010 2.8064 0.1010 3728 3729 90.3 0.1010 1.1145 0.1010 3723 3725 95.0 0.1335 0.1466 0.1335 3725 3727 89.7 0.1010 2.5135 0.1010 3725 3726 89.5 0.1010 1.5862 0.1010 3913 3912 78.0 0.2808 0.1013 0.1010 4127 4125 90.0 0.1010 3.2749 0.1010 4126 4125 90.0 0.1010 3.4106 0.1010 3078 3077 71.1 0.1007 0.0834 0.1010 1847 1845 89.5 0.1010 1.1038 0.1010 1846 1845 89.9 0.1010 2.4267 0.1010 3348 3347 31.4 0.1229 0.1454 0.1229 3349 3347 86.4 0.1335 0.2715 0.1335 3351 3349 90.0 0.1010 3.8643 0.1010 4354 4352 89.9 0.1010 1.4920 0.1010 3022 3021 69.0 0.1010 0.1722 0.1010
step 13: Water molecule starting at atom 19622 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. 2378 2376 89.7 0.1010 1.7581 0.1010 3350 3349 89.9 0.1010 0.4917 0.1010 4353 4352 89.9 0.1010 2.7233 0.1010 3026 3024 120.8 0.1010 3.7674 0.1010 2377 2376 89.9 0.1008 3.4398 0.1010 3324 3323 95.3 0.1229 0.2979 0.1229 3323 3328 60.3 0.1335 0.1799 0.1335 3025 3024 89.8 0.1010 3.2735 0.1010 2371 2376 87.9 0.1336 0.6651 0.1335 3972 3971 88.6 0.1416 2.6683 0.1229 3976 3971 82.7 0.2058 16.5778 0.1335 3973 3971 94.1 0.1492 2.8224 0.1335 3978 3976 76.6 0.1818 16.0156 0.1010 3977 3976 90.0 5.4502 248.0255 0.1010 4351 4349 89.7 0.1060 1.6853 0.1010 2372 2371 89.7 0.1229 1.2811 0.1229 2371 2372 89.7 0.1229 1.2811 0.1229 3328 3330 90.4 0.1010 2.4729 0.1010 3328 3329 90.3 0.1010 3.4044 0.1010 2371 2376 87.9 0.1336 0.6651 0.1335 2371 2373 89.0 0.1335 1.0416 0.1335 4350 4349 89.8 0.1013 2.1256 0.1010 3327 3325 93.4 0.1010 0.4147 0.1010 2376 2378 89.7 0.1010 1.7581 0.1010 2373 2375 89.6 0.1011 2.9293 0.1010 3234 3232 89.9 0.1010 3.5885 0.1010 3233 3232 89.9 0.1010 3.0155 0.1010 3227 3232 89.1 0.1335 0.7809 0.1335 3227 3228 87.5 0.1229 0.1716 0.1229 3227 3229 87.3 0.1335 0.2695 0.1335 3229 3231 89.3 0.1010 0.6305 0.1010 3229 3230 89.8 0.1010 1.9634 0.1010 4305 4304 32.9 0.1008 0.1009 0.1010 3561 3560 34.3 0.1010 0.1010 0.1010 3836 3835 86.5 0.1229 0.5365 0.1229 3840 3835 88.6 0.1335 1.1454 0.1335 3835 3837 88.6 0.1335 1.2985 0.1335 3837 3839 88.6 0.1010 0.8127 0.1010 3837 3838 88.2 0.1010 0.6595 0.1010 3723 3724 88.8 0.1229 0.2757 0.1229 3728 3723 40.0 0.1335 0.1390 0.1335 3725 3723 95.0 0.1335 0.1466 0.1335 3727 3725 89.7 0.1010 2.5135 0.1010 3726 3725 89.5 0.1010 1.5862 0.1010 3730 3728 90.1 0.1010 2.8064 0.1010 3729 3728 90.3 0.1010 1.1145 0.1010 3740 3739 89.4 0.1229 0.8769 0.1229 2376 2377 89.9 0.1008 3.4398 0.1010 2373 2374 89.9 0.1010 3.1833 0.1010 3326 3325 90.8 0.1010 1.8066 0.1010 3744 3739 89.9 0.1335 2.8404 0.1335 2373 2371 89.0 0.1335 1.0416 0.1335 1908 1907 92.0 0.1229 3.3603 0.1229 3449 3448 90.0 0.1044 0.1239 0.1010 3741 3739 87.2 0.1335 0.9979 0.1335 2375 2373 89.6 0.1011 2.9293 0.1010 1912 1907 92.1 0.1335 3.2085 0.1335 3228 3227 87.5 0.1229 0.1716 0.1229 3227 3232 89.1 0.1335 0.7809 0.1335 3743 3741 90.2 0.1010 1.9862 0.1010 1909 1907 92.4 0.1335 2.8016 0.1335 2374 2373 89.9 0.1010 3.1833 0.1010 3232 3234 89.9 0.1010 3.5885 0.1010 3232 3233 89.9 0.1010 3.0155 0.1010 3229 3227 87.3 0.1335 0.2695 0.1335 3231 3229 89.3 0.1010 0.6305 0.1010 3230 3229 89.8 0.1010 1.9634 0.1010 3560 3561 34.3 0.1010 0.1010 0.1010 3172 3171 89.1 0.1229 1.8214 0.1229 3176 3171 90.9 0.1335 3.6835 0.1335 3173 3171 86.8 0.1335 1.7813 0.1335 3175 3173 99.7 0.1010 0.3723 0.1010 3174 3173 92.0 0.1010 1.8602 0.1010 3178 3176 89.6 0.1010 13.5133 0.1010 3177 3176 88.3 0.1010 2.6361 0.1010 3490 3488 61.1 0.1019 0.1001 0.1010 3506 3504 62.3 0.1001 0.1020 0.1010 3116 3115 88.8 0.1229 0.4402 0.1229 3120 3115 90.0 0.1335 0.5524 0.1335 3117 3115 82.8 0.1335 0.2489 0.1335 3119 3117 31.8 0.1010 0.1259 0.1010 3118 3117 34.5 0.1010 0.1223 0.1010 3122 3120 85.9 0.1010 0.2776 0.1010 3121 3120 119.1 0.1010 3.5355 0.1010 3589 3590 37.2 0.0995 0.1009 0.1010 3592 3594 76.3 0.2306 0.1015 0.1010 step 13: Water molecule starting at atom 15707 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. 3742 3741 90.3 0.1010 1.3761 0.1010 1911 1909 90.5 0.1010 6.9898 0.1010 2820 2819 93.6 0.1229 0.1882 0.1229 3842 3840 86.6 0.1010 0.4727 0.1010 1910 1909 90.5 0.1010 7.4258 0.1010 2824 2819 89.7 0.1335 0.3039 0.1335 3841 3840 72.6 0.1010 0.0943 0.1010 1912 1914 92.9 0.1010 1.9229 0.1010 2821 2819 84.6 0.1335 0.1386 0.1335 1923 1924 38.9 0.1229 0.1316 0.1229 1912 1913 95.5 0.1010 1.0391 0.1010 4004 4003 89.2 0.1229 0.6499 0.1229 1923 1925 32.8 0.1335 0.1338 0.1335 2713 2712 78.7 0.1019 0.1004 0.1010 4008 4003 88.4 0.1335 0.2378 0.1335 1925 1927 89.9 0.1010 1.7174 0.1010 2709 2711 47.8 0.1006 0.1009 0.1010 3330 3328 90.4 0.1010 2.4729 0.1010 3329 3328 90.3 0.1010 3.4044 0.1010 3323 3328 60.3 0.1335 0.1799 0.1335 3323 3324 95.3 0.1229 0.2979 0.1229 3325 3327 93.4 0.1010 0.4147 0.1010 3325 3326 90.8 0.1010 1.8066 0.1010 4005 4003 88.5 0.1335 0.7968 0.1335 1925 1926 89.1 0.1010 0.0985 0.1010 step 13: Water molecule starting at atom 4667 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. 4007 4005 89.9 0.1010 1.6885 0.1010 2712 2713 78.7 0.1019 0.1004 0.1010 2711 2709 47.8 0.1006 0.1009 0.1010 2826 2824 104.1 0.1010 0.2124 0.1010 2825 2824 91.4 0.1010 2.1142 0.1010 4006 4005 90.0 0.1010 2.8577 0.1010 4010 4008 89.7 0.1010 3.8945 0.1010 4009 4008 89.3 0.1010 1.3050 0.1010 3772 3771 89.6 0.1229 0.7077 0.1229 step 13: Water molecule starting at atom 11183 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. 3776 3771 89.0 0.1335 0.5022 0.1335 3773 3771 86.2 0.1335 0.3640 0.1335 3778 3776 89.8 0.1010 3.6930 0.1010 3777 3776 88.9 0.1009 0.1931 0.1010 4172 4171 68.6 0.1229 0.1187 0.1229 4176 4171 91.0 0.1335 0.2675 0.1335 4173 4171 89.6 0.1335 0.2976 0.1335 4175 4173 90.0 0.1010 3.2713 0.1010 4174 4173 90.0 0.1010 2.6987 0.1010 4178 4176 89.6 0.1010 0.5865 0.1010 4177 4176 89.9 0.1010 3.6148 0.1010 3746 3744 89.4 0.1010 2.3745 0.1010 3745 3744 89.7 0.1010 5.5164 0.1010 4248 4243 92.0 0.1335 0.8513 0.1335 4245 4243 90.2 0.1335 1.1166 0.1335 4250 4248 90.0 0.1010 4.1474 0.1010 4249 4248 90.1 0.1010 3.4663 0.1010 3852 3851 94.8 0.1229 0.3110 0.1229 3856 3851 87.7 0.1335 0.2355 0.1335 3853 3851 98.2 0.1335 0.3382 0.1335 3855 3853 43.3 0.1010 3.6650 0.1010 3854 3853 88.2 0.1010 0.3390 0.1010 3858 3856 108.0 0.1010 0.1709 0.1010 4247 4245 90.7 0.1010 1.3392 0.1010 4246 4245 90.5 0.1010 1.8016 0.1010 step 13: Water molecule starting at atom 18938 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Segmentation fault (core dumped) Here is my em.mdp and pr_nvt.mdp file- ;^M ; User spoel (236)^M ; Wed Nov 3 17:12:44 1993^M ; Input file^M ;^M cpp = /usr/bin/cpp^M define = -DFLEX_SPC^M constraints = all-bonds integrator = steep ^M nsteps = 50000 ; Energy minimizing stuff^M emtol = 1500^M emstep = 0.01^M nstlist = 1^M nstcomm = 100^M ns_type = grid^M rlist = 0.8 ^M coulombtype = PME^M rcoulomb = 0.8^M rvdw = 0.8 pbc = xyz fourierspacing = 0.12^M fourier_nx = 0^M fourier_ny = 0^M fourier_nz = 0^M pme_order = 4^M ewald_rtol = 1e-5^M optimize_fft = yes^M Tcoupl = no^M Pcoupl = no^M gen_vel = no^M ~ PR_NVT.MDP- ;^M ; User spoel (236)^M ; Wed Nov 3 17:12:44 1993^M ; Input file^M ;^M title = Yo^M cpp = /usr/bin/cpp^M define = -DPOSRES^M constraints = all-bonds^M constraintalgorithm = LINCS^M integrator = md^M dt = 0.002 ; ps !^M nsteps = 50000 ; total 10 ps.^M nstcomm = 1000^M nstxout = 1000^M nstvout = 1000^M nstfout = 0^M nstlog = 10^M nstenergy = 10^M nstlist = 10^M ns_type = grid^M rlist = 0.8 coulombtype = PME^M rcoulomb = 0.8 rvdw = 0.8 fourierspacing = 0.12^M fourier_nx = 0^M fourier_ny = 0^M fourier_nz = 0^M pme_order = 4^M ewald_rtol = 1e-5^M optimize_fft = yes^M ; Berendsen temperature coupling is on in two groups^M Tcoupl = V-rescale^M tc-grps = System ^M tau_t = 0.1 ^M ref_t = 300 ^M ; Energy monitoring^M energygrps = System^M ; Pressure coupling is off^M Please help me to get out of this . Thanks in advance. -- Gromacs Users mailing list * Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting! * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists * For (un)subscribe requests visit https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to [email protected].
