when I run gmx mdrun -v -deffnm 5e61_pr for pr.mdp file then there is an error of core dumped.Please suggest what should I do
Step 7, time 0.014 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 0.041436, max 2.491113 (between atoms 3683 and 3684) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 275 276 40.8 0.1007 0.1008 0.1010 406 407 73.1 0.1650 0.1005 0.1010 579 580 45.8 0.1009 0.1015 0.1010 619 620 62.3 0.1014 0.1015 0.1010 702 703 90.0 0.1212 0.1007 0.1010 763 764 34.5 0.1009 0.1008 0.1010 806 808 40.9 0.1010 0.1005 0.1010 958 959 40.1 0.1007 0.1010 0.1010 1075 1076 75.5 0.1025 0.0998 0.1010 1118 1119 56.6 0.1016 0.1012 0.1010 1302 1303 62.4 0.0998 0.1016 0.1010 1435 1436 90.0 0.1250 0.1002 0.1010 1547 1549 44.8 0.1010 0.1004 0.1010 1683 1684 61.4 0.0999 0.1012 0.1010 1803 1804 50.9 0.1011 0.1010 0.1010 1835 1836 90.0 0.1821 0.1110 0.1010 1886 1887 38.5 0.1008 0.1009 0.1010 1894 1895 34.6 0.1008 0.1008 0.1010 1950 1951 90.0 0.1439 0.0997 0.1010 1955 1956 38.9 0.1008 0.1010 0.1010 1966 1967 90.0 0.1169 0.1006 0.1010 2107 2108 90.0 0.1197 0.1002 0.1010 2195 2196 36.6 0.1008 0.1010 0.1010 2310 2311 46.0 0.1010 0.1015 0.1010 2334 2335 90.0 0.1770 0.1069 0.1010 2382 2383 33.3 0.1016 0.1010 0.1010 2483 2484 90.0 0.1013 0.1193 0.1010 2518 2519 79.8 0.1026 0.0994 0.1010 2611 2612 90.0 0.1360 0.1007 0.1010 2670 2671 37.9 0.1008 0.1008 0.1010 2683 2684 42.8 0.1007 0.1009 0.1010 2702 2703 90.0 0.1017 0.1043 0.1010 2726 2727 90.0 0.1226 0.1011 0.1010 2747 2748 40.2 0.1007 0.1011 0.1010 2782 2783 33.5 0.1010 0.1008 0.1010 2803 2804 34.6 0.1010 0.1010 0.1010 2878 2879 41.9 0.1010 0.1014 0.1010 2918 2919 85.5 0.1106 0.0995 0.1010 2958 2959 54.0 0.1015 0.1013 0.1010 3030 3031 38.9 0.1010 0.1010 0.1010 3118 3119 34.2 0.1009 0.1009 0.1010 3147 3148 67.8 0.1011 0.1017 0.1010 3155 3156 43.0 0.1006 0.1008 0.1010 3243 3244 69.1 0.1016 0.1013 0.1010 3507 3508 67.8 0.1009 0.1018 0.1010 3651 3652 48.7 0.1012 0.1016 0.1010 3662 3663 90.0 0.1071 0.1000 0.1010 3683 3684 90.0 0.1023 0.3526 0.1010 3734 3735 90.0 0.1015 0.1234 0.1010 3747 3748 53.8 0.1017 0.1006 0.1010 4043 4045 57.0 0.1010 0.1010 0.1010 4059 4060 50.4 0.1012 0.1016 0.1010 4099 4100 55.8 0.1013 0.1000 0.1010 4102 4103 63.3 0.1014 0.0999 0.1010 4158 4159 83.2 0.1038 0.0997 0.1010 Wrote pdb files with previous and current coordinates Step 8, time 0.016 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 4.360419, max 264.224396 (between atoms 3683 and 3684) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 275 276 42.7 0.1008 0.1012 0.1010 406 407 90.0 0.1005 0.1578 0.1010 579 580 53.1 0.1015 0.1010 0.1010 619 620 58.8 0.1015 0.1001 0.1010 702 703 90.0 0.1007 0.1220 0.1010 763 764 36.2 0.1008 0.1010 0.1010 806 808 39.5 0.1005 0.1010 0.1010 822 823 38.5 0.1010 0.1010 0.1010 958 959 41.9 0.1010 0.1014 0.1010 1075 1076 83.0 0.0998 0.1019 0.1010 1118 1119 54.3 0.1012 0.1002 0.1010 1142 1143 31.5 0.1009 0.1009 0.1010 1270 1271 37.2 0.1010 0.1010 0.1010 1278 1279 52.0 0.1010 0.1010 0.1010 1302 1303 59.8 0.1016 0.1012 0.1010 1435 1436 90.0 0.1002 0.1257 0.1010 1547 1549 44.1 0.1004 0.1011 0.1010 1683 1684 59.6 0.1012 0.1016 0.1010 1803 1804 51.3 0.1010 0.1004 0.1010 1835 1836 90.0 0.1110 0.1776 0.1010 1886 1887 40.0 0.1009 0.1013 0.1010 1894 1895 35.1 0.1008 0.1011 0.1010 1950 1951 90.0 0.0997 0.1473 0.1010 1955 1956 40.6 0.1010 0.1013 0.1010 1966 1967 90.0 0.1006 0.1207 0.1010 2035 2037 90.0 0.1010 0.1330 0.1010 2107 2108 90.0 0.1002 0.1237 0.1010 2195 2196 38.7 0.1010 0.1013 0.1010 2310 2311 56.6 0.1015 0.1010 0.1010 2334 2335 90.0 0.1069 0.1735 0.1010 2382 2383 31.5 0.1010 0.1008 0.1010 2483 2484 90.0 0.1193 0.1033 0.1010 2518 2519 90.0 0.0994 0.1049 0.1010 2611 2612 90.0 0.1007 0.1360 0.1010 2670 2671 40.6 0.1008 0.1011 0.1010 2683 2684 45.0 0.1009 0.1015 0.1010 2702 2703 77.6 0.1043 0.1010 0.1010 2726 2727 90.0 0.1011 0.1317 0.1010 2747 2748 41.8 0.1011 0.1014 0.1010 2782 2783 32.3 0.1008 0.1009 0.1010 2803 2804 33.3 0.1010 0.1008 0.1010 2878 2879 45.3 0.1014 0.1012 0.1010 2910 2911 30.6 0.1009 0.1010 0.1010 2918 2919 90.0 0.0995 0.1146 0.1010 2958 2959 51.7 0.1013 0.1003 0.1010 3030 3031 38.2 0.1010 0.1006 0.1010 3046 3047 31.3 0.1010 0.1010 0.1010 3118 3119 36.0 0.1009 0.1012 0.1010 3147 3148 68.8 0.1017 0.0999 0.1010 3155 3156 45.1 0.1008 0.1014 0.1010 3243 3244 70.9 0.1013 0.1000 0.1010 3403 3404 30.6 0.1009 0.1010 0.1010 3462 3463 31.1 0.1009 0.1011 0.1010 3507 3508 68.0 0.1018 0.0999 0.1010 3526 3527 47.8 0.1010 0.1010 0.1010 3651 3652 47.9 0.1016 0.1007 0.1010 3662 3663 90.0 0.1000 0.1099 0.1010 3683 3684 85.1 0.3526 26.7877 0.1010 3683 3685 43.9 0.1011 0.0986 0.1010 3734 3735 77.9 0.1234 0.1012 0.1010 3747 3748 51.9 0.1006 0.1006 0.1010 4043 4045 54.6 0.1010 0.1003 0.1010 4059 4060 49.4 0.1016 0.1006 0.1010 4075 4076 53.5 0.1010 0.1010 0.1010 4099 4100 59.1 0.1000 0.1026 0.1010 4102 4103 67.0 0.0999 0.1028 0.1010 4126 4127 34.2 0.1010 0.1010 0.1010 4158 4159 90.1 0.0997 0.1069 0.1010 step 8: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates Step 9, time 0.018 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 10.208127, max 618.581116 (between atoms 3683 and 3684) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 275 276 43.6 0.1012 0.1014 0.1010 406 407 82.1 0.1578 0.0999 0.1010 579 580 50.9 0.1010 0.1003 0.1010 619 620 57.9 0.1001 0.1015 0.1010 702 703 74.6 0.1220 0.1004 0.1010 763 764 38.0 0.1010 0.1013 0.1010 806 808 38.0 0.1010 0.1012 0.1010 822 823 39.5 0.1010 0.1007 0.1010 958 959 44.3 0.1014 0.1011 0.1010 1075 1076 73.6 0.1019 0.1004 0.1010 1118 1119 52.6 0.1002 0.1013 0.1010 1142 1143 34.0 0.1009 0.1010 0.1010 1270 1271 35.3 0.1010 0.1007 0.1010 1278 1279 48.2 0.1010 0.1004 0.1010 1302 1303 61.1 0.1012 0.1001 0.1010 1371 1373 68.4 0.1010 0.1010 0.1010 1435 1436 74.6 0.1257 0.1006 0.1010 1547 1549 44.1 0.1011 0.1014 0.1010 1683 1684 60.0 0.1016 0.1001 0.1010 1803 1804 53.0 0.1004 0.1014 0.1010 1835 1836 90.0 0.1776 0.1152 0.1010 1886 1887 44.4 0.1013 0.1013 0.1010 1894 1895 36.0 0.1011 0.1013 0.1010 1950 1951 69.5 0.1473 0.1002 0.1010 1955 1956 41.6 0.1013 0.1013 0.1010 1966 1967 74.3 0.1207 0.1004 0.1010 2035 2037 74.4 0.1330 0.1012 0.1010 2107 2108 74.0 0.1237 0.1005 0.1010 2195 2196 40.2 0.1013 0.1012 0.1010 2310 2311 53.4 0.1010 0.1003 0.1010 2334 2335 90.0 0.1735 0.1091 0.1010 2483 2484 89.9 0.1033 0.1203 0.1010 2518 2519 71.4 0.1049 0.0995 0.1010 2611 2612 76.1 0.1360 0.1007 0.1010 2670 2671 42.6 0.1011 0.1015 0.1010 2683 2684 46.0 0.1015 0.1011 0.1010 2702 2703 69.9 0.1010 0.1011 0.1010 2726 2727 78.9 0.1317 0.1009 0.1010 2747 2748 33.9 0.1014 0.1010 0.1010 2782 2783 31.3 0.1009 0.1011 0.1010 2803 2804 32.2 0.1008 0.1009 0.1010 2878 2879 43.7 0.1012 0.1006 0.1010 2910 2911 32.2 0.1010 0.1012 0.1010 2918 2919 69.7 0.1146 0.0999 0.1010 2934 2935 57.5 0.1010 0.1010 0.1010 2958 2959 50.3 0.1003 0.1011 0.1010 3030 3031 36.2 0.1006 0.1009 0.1010 3118 3119 36.8 0.1012 0.1013 0.1010 3147 3148 74.1 0.0999 0.1021 0.1010 3155 3156 47.0 0.1014 0.1012 0.1010 3243 3244 77.0 0.1000 0.1026 0.1010 3403 3404 31.4 0.1010 0.1011 0.1010 3462 3463 32.6 0.1011 0.1013 0.1010 3507 3508 72.0 0.0999 0.1019 0.1010 3526 3527 44.6 0.1010 0.1005 0.1010 3651 3652 45.8 0.1007 0.1006 0.1010 3662 3663 70.5 0.1099 0.1001 0.1010 3670 3671 89.9 0.1010 0.1849 0.1010 3681 3683 90.0 0.1332 0.1328 0.1335 3683 3685 89.9 0.0986 0.1713 0.1010 3694 3695 89.9 0.1010 0.1168 0.1010 3734 3735 90.0 0.1012 0.1217 0.1010 3747 3748 50.4 0.1006 0.1014 0.1010 4043 4045 52.3 0.1003 0.1015 0.1010 4059 4060 47.5 0.1006 0.1006 0.1010 4075 4076 52.4 0.1010 0.1002 0.1010 4099 4100 89.7 0.1026 0.1072 0.1010 4102 4103 59.8 0.1028 0.0992 0.1010 4115 4117 30.7 0.1010 0.1010 0.1010 4126 4127 31.7 0.1010 0.1008 0.1010 4158 4159 71.7 0.1069 0.0997 0.1010 step 9: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates Step 10, time 0.02 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 16.089568, max 974.978882 (between atoms 3683 and 3684) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 243 245 90.0 0.1010 0.1244 0.1010 275 276 43.0 0.1014 0.1007 0.1010 406 407 90.0 0.0999 0.1625 0.1010 475 476 30.2 0.1010 0.1011 0.1010 579 580 49.9 0.1003 0.1013 0.1010 619 620 59.3 0.1015 0.1014 0.1010 702 703 90.0 0.1004 0.1178 0.1010 763 764 41.8 0.1013 0.1012 0.1010 806 808 37.9 0.1012 0.1011 0.1010 822 823 40.7 0.1007 0.1009 0.1010 830 831 30.2 0.1010 0.1010 0.1010 958 959 42.1 0.1011 0.1006 0.1010 1075 1076 71.0 0.1004 0.1006 0.1010 1118 1119 50.3 0.1013 0.1014 0.1010 1142 1143 35.9 0.1010 0.1012 0.1010 1195 1196 90.0 0.1010 0.1158 0.1010 1270 1271 33.7 0.1007 0.1009 0.1010 1278 1279 47.0 0.1004 0.1013 0.1010 1302 1303 64.1 0.1001 0.1017 0.1010 1371 1373 62.5 0.1010 0.1002 0.1010 1435 1436 90.0 0.1006 0.1201 0.1010 1547 1549 45.3 0.1014 0.1008 0.1010 1683 1684 62.3 0.1001 0.1012 0.1010 1803 1804 53.7 0.1014 0.1016 0.1010 1835 1836 90.0 0.1152 0.1723 0.1010 1886 1887 43.6 0.1013 0.1006 0.1010 1894 1895 38.0 0.1013 0.1011 0.1010 1950 1951 90.0 0.1002 0.1386 0.1010 1955 1956 40.9 0.1013 0.1007 0.1010 1966 1967 90.0 0.1004 0.1161 0.1010 2035 2037 90.0 0.1012 0.1316 0.1010 2107 2108 90.0 0.1005 0.1194 0.1010 2195 2196 40.6 0.1012 0.1008 0.1010 2310 2311 52.0 0.1003 0.1015 0.1010 2323 2324 35.1 0.1010 0.1010 0.1010 2334 2335 90.0 0.1091 0.1699 0.1010 2446 2447 42.3 0.1010 0.1010 0.1010 2483 2484 90.0 0.1203 0.1028 0.1010 2518 2519 76.9 0.0995 0.1018 0.1010 2611 2612 90.0 0.1007 0.1313 0.1010 2670 2671 37.4 0.1015 0.1010 0.1010 2683 2684 43.7 0.1011 0.1005 0.1010 2702 2703 76.3 0.1011 0.1002 0.1010 2726 2727 90.0 0.1009 0.1298 0.1010 2747 2748 33.1 0.1010 0.1008 0.1010 2782 2783 30.9 0.1011 0.1011 0.1010 2803 2804 31.4 0.1009 0.1011 0.1010 2878 2879 42.1 0.1006 0.1009 0.1010 2910 2911 33.6 0.1012 0.1013 0.1010 2918 2919 90.0 0.0999 0.1092 0.1010 2934 2935 53.3 0.1010 0.1000 0.1010 2958 2959 48.2 0.1011 0.1014 0.1010 3030 3031 34.2 0.1009 0.1011 0.1010 3147 3148 68.4 0.1021 0.1005 0.1010 3155 3156 45.1 0.1012 0.1005 0.1010 3243 3244 69.5 0.1026 0.0997 0.1010 3363 3365 90.0 0.1010 0.1548 0.1010 3390 3391 90.0 0.1010 0.1165 0.1010 3403 3404 33.2 0.1011 0.1012 0.1010 3462 3463 33.7 0.1013 0.1011 0.1010 3507 3508 65.2 0.1019 0.1008 0.1010 3526 3527 43.5 0.1005 0.1011 0.1010 3531 3533 34.0 0.1010 0.1010 0.1010 3651 3652 44.5 0.1006 0.1013 0.1010 3662 3663 90.0 0.1001 0.1045 0.1010 3670 3671 77.1 0.1849 0.1015 0.1010 3681 3683 54.3 0.1328 0.1254 0.1335 3683 3685 43.1 0.1713 0.0944 0.1010 3694 3695 74.0 0.1168 0.1011 0.1010 3734 3735 80.0 0.1217 0.1000 0.1010 3747 3748 50.5 0.1014 0.1012 0.1010 3867 3869 74.6 0.1010 0.1010 0.1010 4043 4045 51.0 0.1015 0.1012 0.1010 4059 4060 45.9 0.1006 0.1014 0.1010 4075 4076 50.2 0.1002 0.1013 0.1010 4099 4100 81.6 0.1072 0.1010 0.1010 4102 4103 58.6 0.0992 0.1009 0.1010 4126 4127 30.0 0.1008 0.1009 0.1010 4158 4159 89.8 0.0997 0.1027 0.1010 step 10: Water molecule starting at atom 4871 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates Segmentation fault (core dumped) -- Gromacs Users mailing list * Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting! * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists * For (un)subscribe requests visit https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to gmx-users-requ...@gromacs.org.