Gracias Sandra por ayudarme pero he podido georefenrenciar bien la imagen.
Me he descargado la versión 1.9 alpha por que el ejemplo que me dijiste era en 
esta versión.
He hecho lo mismo que pone en el ejercicio y me solapaba un cuadrado gris 
encima de la ortofoto.
Cuando he elegido la opción afín en vez de polinomial con 7 puntos de control y 
un Rms de 0.22 la foto ha salido alejada del lugar al menos 7 o 8 Km.
 
Haber si podrías darme alguna opción mas.
 
Muchas gracias

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