Dê uma olhanda no Runtime e Process
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String[] cmdArray = new String[3];
cmdArray[0] = "blablabla.exe";
cmdArray[1] = "parametro1";
cmdArray[2] = "parametro2";
try {          
     Process p = Runtime.getRuntime().exec(cmdArray);
     p.getInputStream().close();
     p.getOutputStream().close();
     p.getErrorStream().close();
    }catch (IOException ioe)
      {//Trata o erro}

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