S vasim problemom Vam nikto neporadi, kym nebude jasne ci je problem na strane stahovania HTML stranky (mozete ju ulozit do suboru, aby to bolo jasne) alebo na strane MySQL (mozete skusit ulozit nejaky text s diakritikou).
Ja mam dojem, ze problem je opravdu v tom, jak Java pracuje s kodovanym > textem. Napriklad, kdyz si necham vypsat promennou (System.out.println) > (tj. Mezinarodni znak je interpretovan jako dva znaky). > Mali by ste dostat jeden znak.