un mio amico ha fatto questo schema, non e' solo una lista di programmi ma la sequenza di ricerca come vengono impiegati. Tuttavia le specifiche per licenze dei singoli tocchera che ce li vediamo noi.
cf De l?analyse de séquence à la modélisation structurale : Je m?intéresse à plusieurs protéines de la levure impliquée dans la réparation de l?ADN, qui jouent donc un rôle crucial dans le maintient de l?intégrité du génome. L?existence d?homologues de ces protéines chez l?homme constitue un enjeu important pour identifier des protéines dont le disfonctionnement pourrait être à l?origine des cancers. A partir d?une séquence, je réalise des recherches d?homologues avec les programmes publics Blast et Psi-Blast (Atschul) dans les bases de données publiques GenBank, EMBL, SwissProt. Je rassemble ainsi un groupe de séquences homologues que je cherche ensuite à aligner. Pour réaliser cet alignement multiple, j?utilise soit le programme public Clustal (cas simples) soit, dans les cas plus délicats, le programme public HMMER. Ces alignements doivent souvent être optimisés à la main. Les programmes publics BioEdit et SeaView s?avèrent excellents pour ce but. Grâce à ces alignements je peux identifier les homologues de ma protéine dans les différentes espèces et particulièrement chez l?homme. A partir de ces alignements multiples je cherche à construire un modèle structural de la protéine humaine. La modélisation par homologie ou la reconnaissance de repliement sont des méthodes en plein essor développées à cet effet. Pour la modélisation par homologie j?utilise le programme public Modeller (Sali) et les programmes publics d?évaluation Prosa2, Anolea. Je visualise les résultats avec le programme public SwissPDBViewer. J?exploite ensuite ces modèles avec le programme public de simulation de dynamique moléculaire Gromacs. Les programmes de reconnaissances de repliement illustrent parfaitement les avantages de l?ouverture des logiciels développés. Le meilleur d?entre eux est en fait l?assemblage raisonné d?un ensemble de six méthodes développées à travers le monde et reconnues comme les plus performantes. On appelle cela un metaserveur et il en existe actuellement trois publics, 3DJury, CBS et GeneSilico. A partir du modèle structural, je vais pouvoir analyser l?effet des mutations sur ma protéine soit au plan de sa stabilité avec le programme public que j?ai développé, FOLD-X, soit au plan de ses interactions avec ces partenaires grâce aux programmes publics d?amarrage moléculaire FT-Dock et Gramm. Cette analyse guidera des expériences pour mettre en évidence le rôle de cette protéine dans le maintient de l?intégrité du génome. Je connais un groupe aux Etats-Unis, celui de J. Skolnick (http://www.bioinformatics.buffalo.edu/current_buffalo/skolnick/) développant des méthodes de prédictions de structures qui pourraient se révéler extrêmement utiles pour la communauté scientifique (254 publications). Bien que les outils développés soient d?après leurs auteurs révolutionnaires, le brevet posé sur la plupart de ces applications fait que ces outils sont directement destinés au domaine commercial. Des programmes développés par J. Fetrow d?analyse des sites structuraux dans les protéines ou des programmes comme TOUCHSTONE ne sont pas disponibles à la communauté scientifique qui ne peut ni les évaluer, ni les utiliser pour faire progresser les connaissances. Cet exemple est certainement annonciateur de l?avenir d?une Europe où les brevets pourraient être déposés sur les logiciels et algorithmes. _______________________________________________ www.e-laser.org [EMAIL PROTECTED]
