diamoci un occhiata , deicidiamo insieme quali togliere e quali aggiungere.
C'è da inziare a scrivere una presentazione sul cd.
e da decidere come strutturare il cd.
SEcondo me in giro c'è dell'altro ancora piu sconosciuto, cerchiamo di diffondere una sorta di chiamata tra amici e parenti per vedere se escono fuori altri programilli....???
****MOLSCRIPT
Permette di generare una rappresentazione grafica di una molecola a partire da un template PDB (file format protein data bank). Genera output di differenti formati imagine (JPEG,EPS,PNG,GIF,SGI) e input per altre utility (render: RASTER3D, VRML 2.0, Iteractive OpenGL)
download: http://www.avatar.se/molscript/ Academic License for free. Richiede di essere citato in pubblicazioni.
****RASTER3D
Permette di fare un render, cioe' crea immagini di alta qualita'. Si usa in combinazione con altri programmi di visualizzazione molecolare.
Free non credo che sia sotto GPL. Richiede citazione in articoli. download: http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html
****RASMOL
visualizzatore grafico di molecole. Rapido e leggero, gestisce bene anche 40,000 atomi. Consiglio di usarlo per generare file di input da usare con molscript. E' open source. Comunque e' sotto copyright. download: http://www.rasmol.org
****VMD
Uno dei migliori visualizzatori e manipolatori di molecole. Ottimo sopratutto per proteine e DNA. Genera imagini, permette di visualizzare e creare film. download: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ distribuzione gratis e con sorgenete. Copyright. Richiede citazione in articoli.
****MOLMOL
E' un buon visualizzatore e manipolatore di molecole.
Utile per alcuni calcoli (esempio confronto di strutture di proteine e proprieta' interne).
download: http://www.mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/
Distribuito gratuitamente e con codice ma sotto copyright. Citazione richiesta.
****Jmol
Visualizzatore di molecole e esportatore di immagini. Interessante la versione che dovra essere rilasciata. Perche' funzionera come un plug-in alterantivo a rasmol/chimie (il quale e' un visualizzatore di molecole molto molto in voga per visualizare al volo molecole in rete senza scaricare il src in locale) Download: http://www.openscience.org/jmol/ GPL
****ORAC
Motore di dinamica molecolare. Uno tra i piu' efficienti. Versione seriale e parallela. Gira su una svaria di macchine. Per i PC la versione parallela per cluster ha ancora qualche problemino. F90 e F77 ( e mo tutti a dire che si deve scrivere in C++). Include moltissime utility di analisi che possono essere estese a piacimento senza rischio di fare danni al motore di dinamica. Usa potenziali standard (CHARMM22 e precedenti o AMBER) download: lo do io il src perche' e' il codice che uso, c'e' comunque una versione ufficiale. free distribution e open source (non so se e' sotto GPL ma mi informo)
****DL_PROTEIN
Motore di dinamica Molecolare. Un po piu' immediato per un neofita. download: come sopra, ma chiedo il sito credo GPL
*****Pymol
negli ultimi tempi. e fa pure i filmini in modo semplice. mai usato personalmente ma tutti me lo consigliano. dovro testare. download: http://pymol.sourceforge.net/ open source non GPL
***** pajek Analysis and Visualization of Large Networks i http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/ _______________________________________________
Roba di density functional theory, proprieta' elettroniche e proprieta' ottiche.
PROGRAMMI DI CALCOLO
****Abinit
http://www.abinit.org/ (Density functional Theory) roba GPL
****PWscf
PWscf (Plane-Wave Self-Consistent Field) is a set of programs for electronic structure calculations within Density-Functional Theory and Density-Functional Perturbation Theory, using a Plane-Wave basis set and pseudopotentials.
PWscf is released under the GNU General Public License.
http://www.pwscf.org/
****Octopus serve per il calcolo di proprieta' ottiche. http://www.tddft.org/octopus codice per Time-dependent DFT GPL
****Opendx, non e' di facile utilizzo, http://www.opendx.org/index2.php Open source
****Openbabel
che e' un convertitore di formati da quello che vuoi a quello che vuoi pdb/mol2/xyz a tanti altri. http://openbabel.sourceforge.net/
*** xmakemol te lo danno con la distribuzione red hat,
*****Grace http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ Visualizzazione grafica e analisi di dati. GPL
* Requisiti
Grace richiede X Window, disponibile su tutti (o quasi) i sistemi UNIX, nei piu' recenti sistemi Apple, e nei sistemi Windows dotati di X Window server (Exceed, Cygwin etc).
* Download UNIX ftp://plasma-gate.weizmann.ac.il/pub/grace/src/grace-5.1.13.tar.gz ftp://rpmfind.net/linux/Mandrake-devel/contrib/SRPMS/grace-5.1.13-1mdk.src.rpm ftp://rpmfind.net/linux/Mandrake-devel/contrib/i586/grace-5.1.13-1mdk.i586.rpm
WINDOWS http://mirror.mcs.anl.gov/cygwin/release/grace/grace-5.1.12-1-src.tar.bz2 http://mirror.mcs.anl.gov/cygwin/release/grace/grace-5.1.12-1.tar.bz2
* Tutorial http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/Tutorial.html
****Librarian Creazione di librerie di articoli in formato PDF con annotazioni http://bioinformatics.org/librarian/ GPL
* Requisiti OS: Windows98/XP, UNIX/Linux, Mac OS X, Solaris (not tested) Apache PHP4.1 MySQL * Download http://bioinformatics.org/librarian/counter.php?file=4 * User's guide http://bioinformatics.org/librarian/counter.php?file=3
********E-Cell:
This is portable and stable branch of the E-CELL project. Linux, Solaris, and MS-Windows versions are under developping. You will be able to run ecell2 not only in interactive mode but also in batch mode.
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=49
********G-Language:
language Genome Analysis Environment (G-language GAE) is a software package aiming to provide a generic development and analysis environment for the analysis of complete genomes.
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=133
*******Genpak:
is a set of simple tools for manipulation of nucleic and protein sequences, written in ANSI C. The programs are supposed to be small, efective, use the Unix pipe/redirect and have a GUI via WWW/CGI.
License: GNU General Public License en http://bioinformatics.org/project/?group_id=16
********Genquire:
Browsing and Annotation of complete or incomplete genomes. Live GUI-manipiulation of the underlying database (with write access).
License: BSD License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=99
******Ghemical:
is a freeware molecular modelling package. There are graphical user interfaces for GLUT-library and for GNOME. Both quantum-mechanical and forcefield-based methods are supported, and it is also possible to add new methods.
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=41
******MeltSim:
DNA melting simulator based on the algorithms of Poland, Scheraga, Fixman and Friere. Developed by Blake et al since 1980. More recent porting work done by Bizzaro.
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=32
*******MuGeN:
is a package for interactively exploring multiple annotated genomes simultaneously, possibly mixed with computational analysis results. Map information can be loaded from various sources, and resulting images can be exported in different formats.
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=108
********PCalc:
is a software designed to help molecular biologists in routine procedures of concentrations calculus in PCR, like calculus of primer concentration, calculus of annealing temperature (DNA/DNA and DNA/PNA), MW primer calculation and mass units convers
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=62
*********Polyxmass:
is a software suite for (bio)polymer mass spectrometry that is Free Software developed on GNU/Linux. It allows the definition of polymer chemistries and the simulation/analysis of mass spectrometric data obtained on (bio)polymers.
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=195
*********Sight:
to create and connect agents for automatic genomic data mining for individual purposes. No programming skills are required, but very strong support for programmers is implemented.
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=210
*********WinBLAST:
WinBLAST is a Windows graphical front-end for NCBI BLAST. It is written completely in C#, utilizing Microsofts latest .NET framework. WinBLAST will run on any Windows machine that supports Microsoft .NET framework. WinBLAST has an intuitive user inter
License: GNU General Public License
http://bioinformatics.org/project/?group_id=285
_______________________________________________ www.e-laser.org [EMAIL PROTECTED]
