Além de otimizar o acesso em disco aos arquivos pois não é necessário tanto
aninhamento no carregamento do arquivo.

é muito mais rápido acessar

/var/www/projetoX/css/style.css

ao invés de

/var/www/projetoX/system/application/css/style.css

É uma questão de lógica para algo óbvio, sem contar que abrirás N
possibilidades de falhas de segurança.

Como diria o caro amigo Guido van Rossum

"*Bonito é melhor que feio.
Explícito é melhor que implícito.
Simples é melhor que complexo.
Complexo é melhor que complicado.*"

-- 
Abraços......

Marcel Araujo
System Analyst
Manager at CodeIgniterBR
Developer jQuery/ExtJS/PHP/CodeIgniter/Zend
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